Spo16896.1 (mRNA) | SpinachBase

Overview


Name	Spo16896.1
Type	mRNA
Organism	Spinacia oleracea (Spinach)
Description	Photosystem I assembly protein Ycf4
Location	SpoScf_00194 : 617268 .. 655110 (-)
Sequence length	321

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDSexon

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ACAAGAAATAGGAAAACAAGGAACAAACGAAAGGAATCTACAATTCCGCTTCTACCTATAAGTTTATGTTTAAAGAAAAGTAACCTAGCAATCGAACTTCCTTGGTATCATATACCGCTTGAGGTTCTTACTTCGGTAATAACTCAAATATTGGAAGCTAGGCTACACTAATGGCCTACAAGTAGGAAATGAAGCATGGCAATGCTACATTAGTTGTAGGGTCATATGGTTTGTTTTAAGTCCTTTCAAGGCTGGAACTTAATGGCTATTTTGTTCCACAATCAGCATACCTAAATTTCTGTTTTCAAACACAGAAAGACTCACATTCAAGAAAAACAAAAACAATGTTTATTTGTTTATTTGGATGAAATGGTCATTAACGGGTTGAGTCAATATTCTTGATTAAAATAAACAACTCTTTAACAATAAGAACTTTACTAGGTTCAAATCAATCTCTTGATTTGAGTTCCACTAACCTTTGGCATTGTTACTTAGACCATATCAACAAGTTAACATTCAAAATCTCTATTTTGATGGAATTTTGAAAGTTGATTGATTTCTAGATCATTCAAGACAAGCTAGTCTTACTTGTTGAAAGTAACAAAAGATATGAACTATTGTTAGAACGCCTAGACGATAGAGTTCAAAGCTAAAGAAAGAGATTTTATGACTTTATTATTTCACCTAGATTTGAGTGAATATTGGTTTATTTACTCAAAGTGATATAAGTTTGAATCTGTTTGGCTAGTTCAAAGATTCAGAAGTATAAATCCCACTTGGCCATAAATCATAAAGATCTAGGTTAGATCATGTTGATGATTACTTAAGTCAAGAATGATCATCAATGATTGTCTGTAGTAAATTCACAATCTAGTTCCATAAGATATGGCATATCTAAGTTGGAATGATCGAAGTCAATTAGTACTTGATTCGATCAATGATGAATGATAAAGAATTTTCCTATAATTTCTAAACAAAATGCTCAACTACCACCAAACTAAACCAAATTCGTCAAAGCTATTGAAAAGTAATCTCAGAATATCTTTTCATAATATATATCTAAAGAGTTGCTAAACTTAGTGGGAGCTTAGTCTTTGTTATTTAACAAACTAAGGCCCAAGTATAGATATATGTTTCATTGTGATTTATTCAAATGAGACACAAGGGTATTGTTTCTACCACGATTTTTTTTTTTTTGAGAACATAATGTTTGTTTGCTCGAAATAATGTCCTTTTGGAGATTCGTTTCCAAAATGACAGGTGGGAGAAAATAGACCTCGAAAGTCTTCGAGGCGAACAAAAAACATAAACGGACATTCCGGAGGCTTTTCGAAGTTCTTTAGAAAATCCGAACACGTATTCTTTAAGGACTTTAGAAGTGGCTTTTAAATAATAGACATCTCTTAGAAGAATTTACAAGTGCTTCAAGGAGAACAGAATATTCAAAGGACTTTCAAGTGGCTATTGATATTCTATTGTTTCATGTTCTATACCCAAGTAGGCATAGAGTTCAGGTCACTGAATCTATGCGATTCTTCTATTAGATAGTGAAGAAACCTACAACTTGCAGTCAAACTATTATCATGTAGATTAATGAGTTTGTGACCTGTAAGAAAGCTATGACGAAACCCAGATTCCCTAAAATGGTTAGAGGCCACATATAGACTCAAATGTTTTAAATGGTTAGAGGCCTTAAAACATACTCAATGTTTTGATGACAAAATTGAAATTTTGTTGATTTGCAAGAATAGTTTCACACCTATTGGTTGCAAGTTTGTTTTTAAGGATAAAAACCATCAAACATGAAATTGTGTTCACACACAAAGCTAGATTAGTTGCTAAAGGTTACAAGCAAATTCATGGATTGTGTTGAAACCTCATGCATAATCGTAATGCTCAAGTCTATAAATCAAGCAATGATTGCATATTGGTATATATGGCAATTGGATGACAAAATAATTCCTCAATCAAATGTTGGAATAAACTATGTACATGGTATGTCATAGGATTTGTGGATCCAAATAAATGCTTGAAAAGAATAGCTAGCTTATGAAATCTAAGTACAGATTTAAGCAAGCAATTGGGAATTAGAAATGTATTTTAGTCAAGCTAATAAGTATTTTATTTTCATAAAATGTACATGATTCTTATAGATATATAAGAAGTTTAGTGGGAGTACATAAAACTTAATTGGTCCTATGTGTATCACACACATATCTCTCTATTGTGAAATGACATTCAAATGCTAATGACTTAGATTTGAAATTATTCATCAATGATGGACCATGGCGAAACTTAGTACATACTGGGTATTAAGATCTATTTACAAAGATCTTATAACATTGTTTTGGATTAAGTAATGGCATTTACTAAATCAAACACGAAAGACTCCTTAGGAGATATTCGACCCATGTGAATAAATCTAAGTAAAGAATGTTTGAACTATGTATAAGAATTTACTAAGTTAAACATCAAAGGATCTAAATGAGATTCTTCACTTATATTATATGTCAAAGAATTTAGCTGGATTCAGTATCTGCTGAAATTGAATGAGCTAAAGTTACATGGATAGAATTCAATTGGGAATTATTCTGCAAACGAATTTATCATGTATGATATAATATAAGGATCGCCAAAATGTATCGTATGGCTTTAGGCATGACGAACACATACCAATCTCTATTGATCTAAGTGAAGATCAACTAGATTGAGATCAAGGAGAACTTATGGTACTGGAAAAGGTACATAAGAATAGTTCTTGATTCAAGGAAATAAAGATATGCTAAATATTGATGCTACACGCATAAACACTAGGCAAAGGATCAAGCAAGATCCCTTGGAGTTAACCATTGACAAGGACGAGCTAAAGAGCATTGTGTTTTGAAATGGCAACATGGATTGGAGACCATGAGTTGTTGCGTGGGAAATTAAAAAGATACAGCTGGAAAGTCTTCCACATATCTGTGAACTGCTTGGATAAGTAAATCCAACCAAAGCATCACTAGCAACCTAAACAGTTGAAGTAAAAGTACTTATTGCCTAAGAAGCAATAAAACAGAGTTGTTTATATTAATGAGTTCTTCATTGAACTTGGGAAGATCACATGTCAATTGACTTAATGGTTCTTCATTGCAAAATGCGTAGAACCACTAATGTAGCAAAGAAAGACTAGATCACAAAATAAACATCCTCAAAAGATCTTATCATCATATCTCGAAGAACATTCGATGAAAAGGATATTAAGATTGGCAAAGCATGATAACTAAACCTATGCAACAAGTGAGAAGCAACACTCACGTTGTAGCACTGGAAATCAAGCATAGCTTTGAATTCCATGAACTGTTTTAAAGATGGGTTTGAGGCCCATGGTTGTAAAACATTAGGGTTGAACATTTATCATATATGAAATGTATTTTCATATTCCATTTAATCTTGGTTTAGTATTAAATGATGAGTCCCTTCAAATTTGACGATATATTCAAGATAGACTGTCAGGACCAGTCCTGTGACTAAGAAATGTCTATCAAGTGAACTTGAATGTCAAAAGCTGAAAATGGTCCCTGGTCGGAGTTTTCTATAAAGATGGACGCATAGAAAACGTTAGACGACTAGAATGCAAGATGACTAGTAGTTCTGTTTCTTGAACTATGTGGACATGGAAATATCGTAATCATTTGCATAGATACTTACTTTGGGAAGACTAGTATCGGATAGACCTATGAAAATTTACTGTAAGAGATAAAAATCTTTCATAAGTAAATTTCATTAAAATTATTAGACACTAAATCCTCAATACCTGAGTGATTTGAGATTACTTGTTTGAGAACTGCTTACTTTGACGTTGACCAACCGCCGCACCGTAAAAGGAGGCTATAAAGGCAACGCTCAGGTAATCACCTATCAAACGAAGTCTAATCTCAAGATCGCAAGATTGGGATTGTCCTAAAGACTTGTTCTTGTTCTTGTTCGNTTCGGGCGCAGCTAGGGAGGGCACGCTACAAAGTGTATGCATCTGAATTATGCTAAATGATTATGTGTAAATAATATGTTTCCTGGCTTTATGTTTTTTCCGCATGATTTATGTTTATTCATATGTATCATAACCTAACAGTTGGTAGATCAAAGTACGATCGAAATTATGTGGCTTGGGATGATTGAGAGAGTTGCATGCTTTCGTATTTCGAACTACTTTACTTAATACTTTAATTATGTTTGAATTCGTTAAACTTTTTATACTTTGGTTTTTGGGCCGTCATGGTTCCAATTTTTAGGAGGCCTCGATATTTAATTAATTATATTTTTTAAAAGTTAGTTGACATTAAATTCCGCTGCGTAATTCTGGTACTAGCCTTAACCGTTATCACGGTGGCGGTAATACTTTAGTAATTCCTTTATTTTAAGTTGGAAAATGGTTTTATAAAAGCAAGGAATTATTAGGGTGTTACAGGTGTATATAATGATTTTATTTTGAGCGTCATTTGCTTCTCCCTCGAATTTGCTTGAAATCTCAAAAAAAATAAAATAAAAATCGTGATTATTCGTCTTTTCAAATATGTTGCATTATTCGTCAAATATTAGTATTTTCTGAGTGATTATGACAATAAAATGGAAAAAAGAGAATCATTTTCATAGGTTTAGTGGTGGTTTTTGGAGTGAAAATTTTGAGGAGAGAGAAAATGAAATTACAAATTTCTGTTTTTATACGACTTATAAGCGTAATTTATTTTTTTTCCAAAAAAATATATACGCTATTTTTATTGCACTTCATTAAGGGGGAGGGTAGAGTTGGGATACACCAATAGATGTGTTGAAGATGGTTGCAAGATGTAAAGAAGGCCCTTACTACAGCCCATTCTTGCAGCCCATCAGAAGTGCAAGCAAACGGCAGCAGCAAAGAATCAGTGACATCACTGTCACATGATCCCAAATATTTCATTCTCAGTACAATGTTGTTTTGTCTTTTCCTCTAAGAAATTTCTAGGAATGTGAGCCAATGATTAGCTTTCATCTTGTGTGAGAATCTGATAGCTAAGAAACCCTAATGTGGCCTTACTATATAAACATGTATTGTACACATTCCAAAATCAAAATGAGAATGAGAGAAATATTTTGTTGAAAGAATTCTTGCATTAACAGTTTAATGTTCATATTACTGCTTGTTCATTTTCTGTTAATCATCATGGTATCAGAGCTACGGTTCATAAAAATCCAATCTTTCAACCTATCTTGGTAAGGAAAACACAGATATCTTCAAATACAGTGAGCTCATTCCTCAAAAATCTCATCTTTAATCCTTTAAAATAGAAAACACTGTTTCAGCTATGGTTACAATAGATCCATCTAGTCACTTGTATCTTCACACCTCTGATGGCACTCAGTTTGCAAACATAGAGAAGCTTCAAGGATCTACAAACTACAGATCTTGGAAGCGTTCTATGGAAATTGCTTTGGCTTCAAAACGGAAGCTTGGATTTGTTACAGGTGCATACAAGAAAGATGAAGACCCAACAAAGGCTGAACATTGGGAAATTTTTTTTTTTGATAAGCAAGTAGTATATTAGATTATCAAACAATTACAATGTAAAAGCCAAGAGGACAGACCCTCAGGCAGCCAGAACAAACTGGCTAAACAAACCCACTACCCTGCTAACAGGGTTGAAAACCACACATGATCCCTATTGCTAACAGCTTTAGGCATCACACCATTCACTCTAGTACAAACAGTTTGAAAGATACTATTGCAGACCCTATCAATGCTTCTGATTTGTGAATTCCACATTGCATTGTTTCTTTCAGTCCAGATGTGATACACCACACTCATAGCAAGAGTAGAGAGCACACCCCTCCTAAATTTAGTAATTCTCCTTCTGAGTATCCATTGTAAAACACCAGAGAGAGAAGTAGGAGCATTTTGCATACCAGTCATGTTGGAGCAAACCAACCAGCATCTAGCACTAAATTGGCACTCAAAGAATAAGTGCTTGTGAGTCTCAACAGCAGAACCACACAGGAAGCATAGACTGTCATTACTGATTCCCATTTTCAGTAATCTATCTTTAGTGTTGAGTCTCTCCAGCATAGCCAGCCAGGAGATAAATCTATGTTTAGGGATGCTCAATCTGTCCCATACAGCATTGGTCCAATGCACTTTGCAAACCACATGAGCCAAGCACAGATATGCATCTCTAATGCAGTATTTGAGCATAGAACTCAGCTGCACTTCAGTCAAGTATTTTTTCATCCATTCCTTCACAGTAGAGATTGCTCTCCAATACCAACTATCACCCACCTTTGGGACATAATCCCACCAGTTCTTGTCTTTTATATACACAGTGTTCACCCACCTCACCCACATGTTATCTTTTTTAGTGGCAATCATCCACACATGTTTTGCCATTGCAGCAACATTCCACAATTTCAGATTAATGAGACCAAGCCCACTCTCCTTTTTAGATTTACAAATTGAACCCCAAGCAACCTTGCCAGGGCCAGCAGCATCTGCATTGCCTTTCCACAGAAAATTCCTGCATATGGTGTTGATATCATCATACACCCTTTTTGGCAACACCATGATCTGAGACCAATAAGACTGCAGAGTCATTAGGACAGAATTGACCAAAGTGAGTCTTCCAGCAAATGACATGTTTCTGGAACTCCATATCTTAATTCTAGCACACATGTTTTCTACTATTTTTTCATATTCCCCAACTCTGATTTTCTTAGAACAGATAGGCAAGCCAAGGTATCTAAAAGGAAATTTCCCTTTTGAGAAACATGTCATATCCAAAATTCTCTGAATGTTGGAATCAGTCATGCCTGTGCAGTATACAGAAGTTTTAGAAGGGCTAGCTTGCAACCCTGTCAGCTTAAAACCTTGCATCAGTAGTAAGACAGATTTAAAACCCCCTTTGCAACACAAAAGAGGTCATCAGCAAAACATAAATGATTCAACTTTGACCCCTTGCATCTGGGATGAAAGTTAAAATCCTTCTTTTCCCCTACCACCTTCAAAATTCTAGATAAATATTCAATGCATAGCATAAACAGGAGGGGTGAAAGAGGATCACCTTGTCTCAAACCTCTCTTGCCTTCAAAAAAACCATGGAGAGAACCATTAATAGCCAAAGAAAACCTGGGTGATCTGACACATTGCATTATAAGCTTTATAAAATGAGCAGGAAACTTGAGAGCAACCATCATTTCATCCACAAAATCCCACTCAACTGTATCATATGCTTTCTGTAAATCAAGTTTGATGAGGCAGCTTGCAGAGCTGTTTTTCCTTTCATAGCCTTTAACCAAATCCNGTATATGGGTAGAATTTATAACGGGATCTCGAAAAATAAGTAATTTCTGCTGGGCCTTTATACTTTTTTTAGGTTCATCAGGATTTTTATTGGTTGGAATTTCCAGCTATCTTGGTAAGAATTTTATATCTTTATTTCCCCCCCAGCAAATTCTTTTTTTTCCACAAGGGCTGGTGATGTCTTTCTATGGGATTGCAGGCCTCTTTATTAGCGCCTACTTGTGGTGTGCAATTTCATGGAATGTAGGTAGTGGTTATGATCGATTCGATAGAAAAGAAGGAATAGTCTGTATTTTTCGTTGGGGATTCCCTGGAAAAAATCGTCGCATCTTCTTCCGATATCTTATAAAAGATATTCAGTCTATTAGAATAGAACTTAAAGAGGGTATTTATACTCGTCGTGTCCTTTATCTGGAAATCAGAGGTCAAGGAGCCATTCCTTTGACTCGTACTGATGAGAATTTGACTCCACGAGAAATGGAACAAAAAGCGGCTGAATTGGCCTATTTCTTGCGTGTACCAATTGAAGTATTTTGA

mRNA sequence

ATGTTTCTCCGTTTTTCTCCTACTTCCGTTCGTAGTGGTTATGATCGATTCGATAGAAAAGAAGGAATAGTCTGTATTTTTCGTTGGGGATTCCCTGGAAAAAATCGTCGCATCTTCTTCCGATATCTTATAAAAGATATTCAGTCTATTAGAATAGAACTTAAAGAGGGTATTTATACTCGTCGTGTCCTTTATCTGGAAATCAGAGGTCAAGGAGCCATTCCTTTGACTCGTACTGATGAGAATTTGACTCCACGAGAAATGGAACAAAAAGCGGCTGAATTGGCCTATTTCTTGCGTGTACCAATTGAAGTATTTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGTTTCTCCGTTTTTCTCCTACTTCCGTTCGTAGTGGTTATGATCGATTCGATAGAAAAGAAGGAATAGTCTGTATTTTTCGTTGGGGATTCCCTGGAAAAAATCGTCGCATCTTCTTCCGATATCTTATAAAAGATATTCAGTCTATTAGAATAGAACTTAAAGAGGGTATTTATACTCGTCGTGTCCTTTATCTGGAAATCAGAGGTCAAGGAGCCATTCCTTTGACTCGTACTGATGAGAATTTGACTCCACGAGAAATGGAACAAAAAGCGGCTGAATTGGCCTATTTCTTGCGTGTACCAATTGAAGTATTTTGA

Protein sequence

MFLRFSPTSVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEIRGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Type
Spo16896	Spo16896	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo16896.1	Spo16896.1-protein	polypeptide

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo16896.1.CDS.2	Spo16896.1.CDS.2	CDS
Spo16896.1.CDS.1	Spo16896.1.CDS.1	CDS

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo16896.1.exon.2	Spo16896.1.exon.2	exon
Spo16896.1.exon.1	Spo16896.1.exon.1	exon

Homology

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Match: gi|11497539|ref|NP_054947.1| (photosystem I assembly protein Ycf4 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 198.0 bits (502), Expect = 8.400e-48
Identity = 96/98 (97.96%), Postives = 97/98 (98.98%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902176660|gb|KNA08809.1| (hypothetical protein SOVF_159340 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 194.9 bits (494), Expect = 7.100e-47
Identity = 94/98 (95.92%), Postives = 95/98 (96.94%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 22  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 81

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAEL YFLRVPIE F
Sbjct: 82  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELTYFLRVPIEAF 119

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Match: gi|372000971|gb|AEX65540.1| (photosystem I assembly protein Ycf4, partial (chloroplast) [Portulacaria afra])

HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 3.500e-46
Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIF R+LIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFLRFLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTDENLTPRE+EQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAIPLTRTDENLTPREIEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Match: gi|372000975|gb|AEX65542.1| (photosystem I assembly protein Ycf4, partial (chloroplast) [Portulaca oleracea])

HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 3.500e-46
Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIF R+LIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFLRFLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTDENLTPRE+EQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAIPLTRTDENLTPREIEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Match: gi|372000965|gb|AEX65537.1| (photosystem I assembly protein Ycf4, partial (chloroplast) [Maihuenia poeppigii])

HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 3.500e-46
Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIF R+LIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFLRFLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTDENLTPRE+EQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAIPLTRTDENLTPREIEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QNH0_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_159340 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 194.9 bits (494), Expect = 5.000e-47
Identity = 94/98 (95.92%), Postives = 95/98 (96.94%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 22  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 81

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAEL YFLRVPIE F
Sbjct: 82  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELTYFLRVPIEAF 119

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: H2BCE9_MAIPO (Photosystem I assembly protein Ycf4 (Fragment) OS=Maihuenia poeppigii GN=ycf4 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 2.500e-46
Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIF R+LIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFLRFLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTDENLTPRE+EQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAIPLTRTDENLTPREIEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: H2BCF2_PORAR (Photosystem I assembly protein Ycf4 (Fragment) OS=Portulacaria afra GN=ycf4 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 2.500e-46
Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIF R+LIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFLRFLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTDENLTPRE+EQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAIPLTRTDENLTPREIEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: H2BCF4_POROL (Photosystem I assembly protein Ycf4 (Fragment) OS=Portulaca oleracea GN=ycf4 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 2.500e-46
Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIF R+LIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFLRFLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTDENLTPRE+EQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAIPLTRTDENLTPREIEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K0K8G5_9CARY (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Haloxylon persicum GN=ycf4 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 192.2 bits (487), Expect = 3.200e-46
Identity = 94/98 (95.92%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIV IFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVYIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTDENLTPRE+EQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAIPLTRTDENLTPREIEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: YCF4_SPIOL (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Spinacia oleracea GN=ycf4 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 198.0 bits (502), Expect = 5.300e-50
Identity = 96/98 (97.96%), Postives = 97/98 (98.98%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: YCF4_CARCL (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Carpobrotus chilensis GN=ycf4 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 191.0 bits (484), Expect = 6.500e-48
Identity = 91/98 (92.86%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIF R+LIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFLRFLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPLTRTD+NLTPRE+EQKAAELAYFLR+PIEVF
Sbjct: 147 RGQGAIPLTRTDDNLTPREIEQKAAELAYFLRIPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: YCF4_GOSHI (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Gossypium hirsutum GN=ycf4 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 187.2 bits (474), Expect = 9.300e-47
Identity = 88/98 (89.80%), Postives = 95/98 (96.94%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIF R+L+KDIQSIRIE+KEGIY RRVLY+EI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFLRFLMKDIQSIRIEVKEGIYARRVLYMEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGA+PLTRTDENLTPRE+EQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAVPLTRTDENLTPREIEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: YCF4_GOSBA (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Gossypium barbadense GN=ycf4 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 187.2 bits (474), Expect = 9.300e-47
Identity = 88/98 (89.80%), Postives = 95/98 (96.94%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIF R+L+KDIQSIRIE+KEGIY RRVLY+EI
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFLRFLMKDIQSIRIEVKEGIYARRVLYMEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGA+PLTRTDENLTPRE+EQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAVPLTRTDENLTPREIEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: YCF4_SOLBU (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Solanum bulbocastanum GN=ycf4 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 186.0 bits (471), Expect = 2.100e-46
Identity = 87/98 (88.78%), Postives = 95/98 (96.94%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIF R+LIKDIQS+RIE+KEGIY RRVLY++I
Sbjct: 87  NVGSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFLRFLIKDIQSVRIEVKEGIYARRVLYMDI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQG+IPLTRTDENLTPRE+EQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGSIPLTRTDENLTPREIEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

[Close]

BLAST of Spo16896.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: ATCG00520.1 (unfolded protein binding)

HSP 1 Score: 166.0 bits (419), Expect = 1.300e-41
Identity = 80/98 (81.63%), Postives = 88/98 (89.80%), Query Frame = 1


		  
Query: 9   SVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEI 68
           +V SGYD FDRKEGIV IFRWGFPGK+RRIF R+ +KDIQSIRIE+KEG+  RRVLY+EI
Sbjct: 87  NVGSGYDLFDRKEGIVRIFRWGFPGKSRRIFLRFFMKDIQSIRIEVKEGVSARRVLYMEI 146

Query: 69  RGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF 107
           RGQGAIPL RTDEN T RE+EQKAAELAYFLRVPIEVF
Sbjct: 147 RGQGAIPLIRTDENFTTREIEQKAAELAYFLRVPIEVF 184

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
BLAST of Spo16896.1 vs. TAIR (Arabidopsis)

BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 5


Match Name	E-value	Identity	Description
gi\|11497539\|ref\|NP_054947.1\|	8.4e-48	97.9	photosystem I assembly protein...	[more]
gi\|902176660\|gb\|KNA08809.1\|	7.1e-47	95.9	hypothetical protein SOVF_1593...	[more]
gi\|372000971\|gb\|AEX65540.1\|	3.5e-46	94.9	photosystem I assembly protein...	[more]
gi\|372000975\|gb\|AEX65542.1\|	3.5e-46	94.9	photosystem I assembly protein...	[more]
gi\|372000965\|gb\|AEX65537.1\|	3.5e-46	94.9	photosystem I assembly protein...	[more]

BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 5


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A0K9QNH0_SPIOL	5.0e-47	95.9	Uncharacterized protein OS=Spi...	[more]
H2BCE9_MAIPO	2.5e-46	94.9	Photosystem I assembly protein...	[more]
H2BCF2_PORAR	2.5e-46	94.9	Photosystem I assembly protein...	[more]
H2BCF4_POROL	2.5e-46	94.9	Photosystem I assembly protein...	[more]
A0A0K0K8G5_9CARY	3.2e-46	95.9	Photosystem I assembly protein...	[more]

BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 5


Match Name	E-value	Identity	Description
YCF4_SPIOL	5.3e-50	97.9	Photosystem I assembly protein...	[more]
YCF4_CARCL	6.5e-48	92.8	Photosystem I assembly protein...	[more]
YCF4_GOSHI	9.3e-47	89.8	Photosystem I assembly protein...	[more]
YCF4_GOSBA	9.3e-47	89.8	Photosystem I assembly protein...	[more]
YCF4_SOLBU	2.1e-46	88.7	Photosystem I assembly protein...	[more]

BLAST of Spo16896.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ATCG00520.1	1.3e-41	81.6	unfolded protein binding	[more]

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
IPR003359	Photosystem I Ycf4, assembly	PRODOM	PD003698		coord: 9..103 score: 1.0
IPR003359	Photosystem I Ycf4, assembly	PFAM	PF02392	Ycf4	coord: 9..104 score: 4.4
None	No IPR available	PANTHER	PTHR33288	FAMILY NOT NAMED	coord: 10..106 score: 1.5

GO Annotation

GO Assignments

This mRNA is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0015979	photosynthesis
cellular_component	GO:0016021	integral component of membrane
cellular_component	GO:0009522	photosystem I
cellular_component	GO:0009579	thylakoid
cellular_component	GO:0009535	chloroplast thylakoid membrane