Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ACTTATTTACCACCTTATCTACTCGCATTGTGCCTAGTATGTGAAACACATTTTGTCGTACTTCCCACTATTAGAATTTTTGCCAATAGCGGCTATTATCCTGCACCTACCCGCATTGTGCCTAGTACGTGAAACACATTTTGTCGTGCTTTACAGTTTACTCTACATACCCCTCTCTTCCTCAAACCTCACCTCTTTATTTCGAAAGTCTTGCCACCACCACACTCTACTGGTGAAAGCTCTAACTAGCGCCGAGCACAACAATGGCGCTACTTGCTAGCCCTTTCCTCCTCTCTCCTTCAACCATTCGCAGATTCAACCCTCTGATTTACTCTCATCGTCGCTTTGTCAACAAAGTCTCCTCTGTTCAATTATCTAATTTCAAGCGTCGGCTTTTCTCCGGTATTTTTATTTCAGAAATTTCTGCTTACATTGGTTCTAATTTTGTGTATCTTTTATCTAATTTTATTTGAAATTGATGTTTTGATTGCAGTTTCAGCTTCGCAGAATGACGTGTTTACCTCGCCGGATGTTGCGAAAACGTTTGATTTTGAATGGGAGGAGCGCATTTACAATTGGTATTTCTCTTTCTTTTGAATTAACCATTAATTTTATTATTGAGAAGCACAGATATACACATTTTTCTATTATTATCTCTTTCTATGTTAATGCAACAATATTATTGCTAACGTGCTAATGTATCAGAAACCATTAACAACAGTTTTCTAATTTAGTTTCATTTTTTCTTGTATTCTGTGAGTCATAACCATTCATTTGCCGAATTTTAATTTTCGTATAGTAATTGGTCTATGTAATGCACAATAGTTGTAGATGAGACGAGGGAATGGGGAATGAGTTGCTCGTTAATTAGAGATTTAGAATCGAAAGAAGTTTGGTTGACCCTTGGCCTTAGGAATTAGGATCACCAACTTATTGTCAATACAAAAGCTTGGTAATTTCTCCCTGCATCACTAAATAATATTTCGTACTCTGTATGCCACATTTGATTGAAGGACATTTTTAAGGAATTTGGTTGAAACACCACAAGTCCATAATTATCCTTTTTATTTGAGGTTTAATATCTTTACCATGACAACTTAGATATCTATATGTCTTGCTTTTCTAATTTGTTGGATAAAGTACGATTTTTGATGTTTGAATTTTCTTCTTACTTGCTTGTTTATGTGGAAAACTTATCTTTGTCACCGATAATCAGTTATGTATCTTATTGATCCGTGCAACAGTATGGTTCTTCTTTACTAAGCTTAATGTCTTTTTTTTTTAGTTAGCACGTTTTTGGCACTCGCTTGAGTGAGTTTTTCTGTGGTTTTAGCTTGTGGTAATGTCAGGAATTGCTTTTTATGCGATTCAATTCCTAACTTGTTTAGGATTTGTGTTTCGTGATTTTCTGTTTTTGAGTTTTCTAGTGCCCAAGTCATTTAAGATTTTCATTTTCTAATTAAATTCGTTTTTTATTTGTTAAGCCTAGTTTCGGTCGATTATGATCCCAAGTTGTACTAGGAGTAGGACTTGGATTGGAGTTTCCTAGTCCAAATATGTTTGTCTTTTCTAGCCTATTTTAAGGCCACAAAATGAATCAAAGAAATCAGAGATTTGAATTGAGTTAAAAATTGAGCGTTTTCTTATTGATTTGTTTAATCGAACTTCACTTGTCTGGCTGTGAATATCTTCTGGCTGCGGCTAGGAAGAGACATCTCGTCTTGCGGGATTGAGATCTATCCATCTACTATCTATCGACTATCTATCCTCCATATAAACACACGTCCTCCCTCCACCCTCCATAGCTTTAGTGCATATTCGTCCTAAATACCACTCTGTTTAGCTATCATTGGTTAGATCTTAGTTTCTGATTTGAGTTCTCTTTCCCGTGATTAAATTCACATCACTTATACTCTCTACTCATAGTTTTGGGAGCTATCATCATGTAGTGCGGCTAGCCGCCTGTTACAAAAGTTAAGAATAGCTTCGAATGTCAGGAAATTCTTTAGATATTCTAGTAATGCAATATGTCTATGCTGGAGATTTTTCCCCTTCCCTTTGTCTGCACCAAAATAATTGCATAAGAAATGTTGTTTTCACGCACTAAAATTTTTGCGAAATTGCAAGGGTTAGGGAATACCTAAGAAAACTTGGAGGAAGTTGGTTGAGCACGATATGAGCTTTCTTGGGATTGAGCAAAATATGGCGTTGGATAGGACAGAATGGAGGGAGAGAATATACATTGATGACTTCATTTGACTTACACAACTTCCATTTTTGACTTTTCTTACTTTTATTTATTTATTTATGTTATTTATTTTTTTTTACTTTTTTTTGAAATGTACTTATTTTACTTATTTATTTATGATAAACTTTACTTATTTTTATTATCCCTTATAATATTTTTTCTGTAATATATATATATATATTTTTTATTTTATTTTTTATTATCCCTTATAATATTTTTTCTATAATATATATATATTTTCCCTTATCTTACTTTCATTAATTCCACTTTCTCCCTCTTCCTTGTTTATTCTTTTAACTTCCCGCTTCTTTTTGGTTTGATCGGTGACAATGACGATATCCTACGACGATTAATGTTAGCCGACCCCAAAATATTTTGGGACTAAGGCTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTATAACCAATGATCAACATGTACTGGAAAGTAAAAGTGCAGAGGTAGAAATTGTAGAAAATCTCAAAAAGGTCCTTACTGTATTACATATTTCTCGCTGCAATGTTGGGGTGCCAACTGCCGGTTGAGAGGGTTGAGAGGCAGCCTGTTAATCATTTGGGTTTGCCTCTTGGAGGTAATCCACGTTCCACTTCTTTTTGGGCACCGGTACTTTCTTAGATTTCAACCAGGATTTCAAGCTGACTTGAAGTTTGAAAGAGTGATAGATAGAACTCTACAAAGGTTTCAACTCGACTGACCATCCATCAAGCATATCATAGAGCAAGTATCTCATGTTTTCTTTAGTTAGGGTCTCCTCAAGAGCTTTATGTAATACCTGTATTTACCAAAATCTAGAAAGATAAAGTACAGTGTTTCCTACATGTATCAAGCCATGACCTCCCAAAATGCGGACTATTTTCCCCTTAACTTGTAACGCCCCGACTTCTAATCAATATTATTAAGTTACTTAATGCATAATTAGCAGTGGAACCATGGTGTAAAAACCCGCCCGAGTTAACTCGTATCGCCCAAGTTAACAAGGTTTTGGAGGCTGGCGATACGAGATATCCCGAGTTGTAAAGGTGTTTTTAAAAACGGCGAGATCTCGGCCAGTTCAACCGATCCGAACGAATTTTGTCCGCATTAAACGTTATAAACCTCACATCTACTCGGTTTTTAGCCGAATTCCCCATGTTTTCGACAAAAAGAAAGGGAAAAAGGAAAGAAATGGAGGAACTCCATTGAAATAGAGTAGAGAACTCTATTTTCAAATCTAAAACAAGAGAGGAGAGAGAAGGTAGACAAATGAATTCATTTTAATTATGTCACGTGTACGGTTTAGGGGAGGGGGACTAGGGTAGGTAGTGAATGGGGCTGACGTCGGGCTTCTTTTTCAAATTTCAAATTTCAAATTTCAAATTCCTACCCGACAACCGCGACACGGTCCGCGACTAACGCATCATTTCCGTTACCGAGACTCCGTGACCGATTCCGCGACCGTGACCGTTACCGCATTTTTTATCTATGAGTGGAACCCTAGTTTAGTCGGTGCGCCATATGCCGTACCTCTCTATTGAGAGATACAAGGCGTATAATTCATAAATAAACAATTATTAAGAATAATAAAACATAAGACTCGTGATATTAACTAAATTGTCATAATACAAATTAACTATTAAAGTTAACTTATTCAGCTACATAACCTTGCTTTAACTGATGCGTCCTCACCACTAACCCATCCCGTTGTCCTCTTCAGTACCTAAAACCAAAAACAACATCATGAGCCGAGGCTTAGTAACAACTACTCTAACAGTGTAAATTCATTTCAATTCATTTTTACAGACGTAGGACGTCTCCCACAGTCCCACCACCAGATCGTACCATCATAATAAGACAGAAAAAGACGATACCCATCACGGCGTAGCGGGGTATGAGGTTACGTGCACGACCATAATCAGAATAGAAGATATCATAATAATACTACCAGGACCTTGTCTTTCTTTTTTCATTATCATGTTAACATTTCATAATCATAAATCATGCTTCGTAAAGCTCATTAAAATCATTCATACCCTCTCCCTTCCAGAATAGTTTTTACAGTTATCAAGGCACATAGTTTTAGGAGATAAGTTGTTTGGTTATCAAATATTATTGTATTAGAAAAGTAGATGGGGAAGTAGATAGTGGGGTATTATTTTATTGAAAAGTAGATAGTGTAGTGTTTATTTTGATGCAATGTGAGAGAGAGTGAGACCCTAGCTTTTTGGTAGTGAAAATCCCAAAATAGAAGTGTAAAAACTAATCGGATGAAAAGGGAAAGTGTAAGAATATTATGGCCGGAGGGATTACTTTCCTAAAATCATAATTGAAATCAAAAGAGCATCTCGTAATCCAATAAAAATTATATCATAAACATGGTTATAAATCATAAACCATTTCTCATATTCATAAATCATTTCCATAAACGCGTTTGTGAAGGGGATCGTGGGTGTTAGCAATAGATATTACCTCAGACCTCAGTTTATAATATTAGCACTCGTTTTCCTTACTTTCGATGGACCGTTCTTCTTGAGCTCCAAGGACCGCTTCTTGTTATTGAATATTTATAATATTAATAACTCAATTGAATTAATAAAATGATTTGTAAAATAACATTATCCTTTTTACTTTTTGAAATTTGTTAATTCGTAAATTATATAATAATTAACCATCAAAGTAATAATAGAAGCATTTTAATACTCTTTTCAAACTTATAATTTAATAAGCGTCACATTCTTGTTGATAATAATAATAATAATA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MALLASPFLLSPSTIRRFNPLIYSHRRFVNKVSSVQLSNFKRRLFSVSASQNDVFTSPDVAKTFDFEWEERIYNWWESQGYFKPNLDQGGDPFVISMPPPNVTGSLHMGHAMFVTLEDIMVRYHRMKGRPTVWIPGTDHAGIATQLVVERMLASEGIKRADIGRDEFVNHIWKWKEKYGGTITNQIKRLGASCDWTREHFTLDERLSRAVIEAFVRLHEKGLIYQGSYMVNWSPNLQTAVSDLEVEYSEEPGALYHIKYRVAGGSREDYLTIATTRPETLFGDTAIAVNPEDERYAKYVGCQAIVPMTYGRHIPIIADKFDRLKMKDTEKIGDFVGKPSEISSKSAALGEEIEEPKMVKKFMSSLPRKKFIHIVASLEQVLDLNQTSFEDIIGRIIAYELVKRKKSNRKITVNSCMPTLNYDNPLKTTMEVTEEEDKGVGFNGEYSDNGASNHMSENRFFFLDLDETVTGKVRFADGSRIDIKGKSSIQFVFKDGKKKVLNNVYYIPDLKSNIVSLGQATKTGCEVRMKEDLLMLYDRFDLLMLYDLDETVTGKVRFGDDSRIDIKGKSSIQFVFKDGKKKVLNNVYYIPDLKSNIVSLGQADVKYE Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
Homology
BLAST of Spo13622.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731319206|ref|XP_010670136.1| (PREDICTED: valine--tRNA ligase, mitochondrial isoform X2 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 590.5 bits (1521), Expect = 3.300e-165 Identity = 282/321 (87.85%), Postives = 303/321 (94.39%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731319204|ref|XP_010670135.1| (PREDICTED: valine--tRNA ligase, mitochondrial isoform X1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 590.5 bits (1521), Expect = 3.300e-165 Identity = 282/321 (87.85%), Postives = 303/321 (94.39%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731417446|ref|XP_010660308.1| (PREDICTED: valine--tRNA ligase, mitochondrial [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 541.2 bits (1393), Expect = 2.300e-150 Identity = 252/316 (79.75%), Postives = 286/316 (90.51%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. NCBI nr
Match: gi|296087130|emb|CBI33504.3| (unnamed protein product [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 540.0 bits (1390), Expect = 5.200e-150 Identity = 252/315 (80.00%), Postives = 285/315 (90.48%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. NCBI nr
Match: gi|590651897|ref|XP_007033012.1| (ATP binding,valine-tRNA ligase isoform 1 [Theobroma cacao]) HSP 1 Score: 540.0 bits (1390), Expect = 5.200e-150 Identity = 252/318 (79.25%), Postives = 286/318 (89.94%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A061EFZ2_THECC (ATP binding,valine-tRNA ligase isoform 3 OS=Theobroma cacao GN=TCM_019154 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 540.0 bits (1390), Expect = 3.600e-150 Identity = 252/318 (79.25%), Postives = 286/318 (89.94%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A061EGZ7_THECC (ATP binding,valine-tRNA ligase isoform 1 OS=Theobroma cacao GN=TCM_019154 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 540.0 bits (1390), Expect = 3.600e-150 Identity = 252/318 (79.25%), Postives = 286/318 (89.94%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: D7TSN2_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_14s0006g00860 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 540.0 bits (1390), Expect = 3.600e-150 Identity = 252/315 (80.00%), Postives = 285/315 (90.48%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A067KDU4_JATCU (Uncharacterized protein OS=Jatropha curcas GN=JCGZ_13438 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 537.0 bits (1382), Expect = 3.100e-149 Identity = 247/316 (78.16%), Postives = 283/316 (89.56%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: D7TF60_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_13s0047g01050 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 536.2 bits (1380), Expect = 5.200e-149 Identity = 250/316 (79.11%), Postives = 285/316 (90.19%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: SYVM2_ARATH (Valine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial 2 OS=Arabidopsis thaliana GN=EMB2247 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 505.8 bits (1301), Expect = 6.800e-142 Identity = 241/315 (76.51%), Postives = 274/315 (86.98%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: SYV_LARHH (Valine--tRNA ligase OS=Laribacter hongkongensis (strain HLHK9) GN=valS PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 322.4 bits (825), Expect = 1.100e-86 Identity = 149/263 (56.65%), Postives = 197/263 (74.90%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: SYV_ACIAD (Valine--tRNA ligase OS=Acinetobacter baylyi (strain ATCC 33305 / BD413 / ADP1) GN=valS PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 319.3 bits (817), Expect = 9.000e-86 Identity = 151/271 (55.72%), Postives = 201/271 (74.17%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: SYV_NITEU (Valine--tRNA ligase OS=Nitrosomonas europaea (strain ATCC 19718 / NBRC 14298) GN=valS PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 318.5 bits (815), Expect = 1.500e-85 Identity = 153/266 (57.52%), Postives = 194/266 (72.93%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: SYV_PSEAE (Valine--tRNA ligase OS=Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) GN=valS PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 316.6 bits (810), Expect = 5.800e-85 Identity = 146/252 (57.94%), Postives = 189/252 (75.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G16715.1 (ATP binding;valine-tRNA ligases;aminoacyl-tRNA ligases;nucleotide binding;ATP binding;aminoacyl-tRNA ligases) HSP 1 Score: 505.8 bits (1301), Expect = 3.800e-143 Identity = 241/315 (76.51%), Postives = 274/315 (86.98%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G14610.1 (valyl-tRNA synthetase / valine--tRNA ligase (VALRS)) HSP 1 Score: 266.2 bits (679), Expect = 5.100e-71 Identity = 131/267 (49.06%), Postives = 176/267 (65.92%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G49030.1 (tRNA synthetase class I (I, L, M and V) family protein) HSP 1 Score: 115.5 bits (288), Expect = 1.100e-25 Identity = 71/226 (31.42%), Postives = 115/226 (50.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo13622.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G20980.1 (Gag-Pol-related retrotransposon family protein) HSP 1 Score: 52.0 bits (123), Expect = 1.500e-6 Identity = 27/84 (32.14%), Postives = 46/84 (54.76%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo13622.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo13622.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo13622.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo13622.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 4
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
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