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Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TTTTGATTCCCAAAATTGTACTATAGAATATTGGTGGTCCGTTTACCTCCCCCAACCAACAATTTTCCATCGCTCAAACCCCCATTTTCCTGTCCAATTGCTCATAACATGCCCAAGTATCTAAGAATTTGTAGTCTTCCCAAACACTAGAAAAAACTCTTTCAAAGACTAGAAAAACCCTCTTTTCATGGAAACCCCAAAATCATCAACTTGTTCTTCTCCAATTGTTAAGCAGCCAACGCTAACACCAAAAGCCATAATTTACCAGAAATATGCGAATAAAGCAAGCTATAAAATTGAGGAAATTCTAGGACAATCTTCTCAAAATGGGTGCCCTGGATTGGCTGTTTCTCAAAAGGGTCCTTCCCTTTTCCGCTGTCACTTGGAACTCCCGGATTTTTCCATTGTTTCACAACCCTGTAAGAAGAAGAAGGAAGCTGAGCAGTTGGCTGCATTAATGGCTTTACAGAAGGTTTTTTTTTTTGTTTCTTTCTTCTGCTTTACCTTTTAATTTTGTGTGGATGCCCGTTTCGATTCTTTGGTATACTTGTTGATATTGTAATTTGAACTAATAATTTAATGCTATTGCATGTCTGTTGTGTGAGGGAAGACAAGCTGTTTGAACTACTATGCTTGGAGTAACTGGTAACAGTTCGATTAGGGAAATGCGAACAAAAAAAAAAACCCAAATCCCTTCCCTTCCCTATCTTAAACAGTGTATTAACAATGTTGTTATTTTTCTTGTGTTCAGTTACATATGTTAATGATTTTGGGAATGATGGTCAGGAAATTTCACATGTTAATGTTGATCGAGAGATCAGTGAGATGTTATACACAGTAGGTATACATGTGTGAATTGTCTCATAATGGAGAAGAGGAGGGCAATAACCACAGTTGTGATATAGATGTACAATGGATTAGAGGGGATGGGATGTTTAGTCTTGAAATGCCACAAAGGTTCATTTATTAGATCATTGAATCATTGTTTGGTCTACCGTACCAATGCTGAATCATTATTGGTTTTCGGTTTTCTTATGCGTGATGCCATGAGAGATATGCTCTCATATGATTGTGACAAATGGTGTATTTGAAAGAGGTCGTTTAGTTAGGGTTTTGGGCAAAATACTCTCAGAAAGGGCAGATATTATTCCAAATACACCCTTGTAAAACTAGCCAAACCTGGTCAAAATTTCCACTCAAATTTGGACATCAACACCTAGATAATTAAGATTAACTGACTTATTATTTTAGTTGCAACCCAATTATTACAGGTCTTGTGATCTTATTCAGCAAGAAAAAGCAAGATAAATCCTACATACAGAAGGAAATACAATTGTTGAATCCAAAACCAAGCCTAATAACAACCAACTCCACATCTTTACAATCTGCTTGCCTACCCATTTATTGCATCAAATTGGCTCCACTTACCAACTTTCTGCTTTGAGCATCAAGAGGGTCTACCATTCTACTTCATACAGCCATGTACTCGTCCAAAGCATCTGAAACTACGCATACATCCAACTTAGAGGTCAGTCCCTAGATCCATGCCATCTTTTCATAAGAGATCAATTGAGTGCCATTTTAGGATGAATACTTGAGAACCTGTCCCAATGCTGCTTTTACTTTTGCTTCTTATTTCTGCAAAGAAGCTGTTCATTATGTAAGGTGGTCTGATTAGCTTTTCGTAAATGACAAGCTAACACGGGGTTAGAAAATATTAGATGATGGCTGACAGTCTAAGAGTGGCACATGTTCTTTGCAGAGAAAGGTTCTTTTTGGAAAGGTTAATATGGCGACATGTATCTTTCCTAAGCAACATATTTGACGATGTTGATTTAGCCAAGTTGTTGAATGCACTTGCGCCATGTGGTAATTTTTTTATGTTCCAGGTTAGGTGATACTCGGCAAAAGAGTAAGTGGGACCAGTGTATGAAAAGGCGCGCCTACGTGCTAGGCGATTAGGGGCAAGCGATTTTTTTTTTTCTAGGCGAGGCAGGTTTGAGGCGCATTTCAGTCAGTTTTTTAAAACTTTATACAGTGCACCTCGCTTCAATGAGGCGCACTGGCACATCTAGACTTAGCAAGACCCCTATCGCCTTGGTGCCCTTTGAGCCTTTTTTATACATTGACACACATCACATCAACCACCTTATAAAGTGAAAAGAATATCTCTTTCTGTTACCAAATGGTTTTGGGGTGTTACCTTTGATTTTTTTTCTTAATGGACAACCTGACTAAATAAATATTGAAATTCATATTTATTATGTTTTTTTGGGGGAGGGGTAAGAAAAAAAAGAAAAGGATAAAATCACTACACTAACCAAATTCTTTCTCATAGTAAATAAATTTACTTTCCCTTGAGCGGATAGCGGGAATCGAACCCGCGTCTTCTCCTTGGCAAAGAGAAATTTTACCATTCGACTATATCCGCATTTTTTCCTTCTTGAGAAGGAATATGTACCTGTATATACATGAATATATAATATATATCTGGATGATATTTGTGTAGAGTCGGACCAGATACTCTCTTCAAGTCGATTCCGATTAAATTCTTAATTTCTTTNGGCAAAGAGAAATTTTACCATTCGACTATATCCGCATTTTTTCCTTCTTGAGAAGGAATATGTGCTTAATCATTTGAAACAACCAATTTTTAGAATTTCTGACCTTCTAAGATACTCTTTTTTTTTTATAGGGTATTTGTAATTTTTGGGATAAATCAATGAACAGGCAAGTAAAAGACGAAGGACAAAAAACTTGATTAAGTATTCACAAAGTAAAAAATCAAGGTTGTCAATCCTGGACCTCACAAAAGTTTCATTAAAATTGAACAATCATTAAAATTAACGTTCACAAAGATGCAAATAGGGGAGAGAGTATCTAATATAGATAATGATAGGCAAAAGTTGCTTTTACAAGATAAATTCTCCCCTTTTATGGGGTGACTACCACCTCTTAGGCTACCCTAGAATCTTAGATAACTACTAACTAGAGCCCTTAGATTATAGTTGAACACCAGGACTAGCTCATTAATTGCAATAAGAAATAGTTAAAATATCATGTAGCAGACTCGCCGCAGGGTAATGCTTCCCCAAGCAGGTCGAGGAAAACGATCATCTTGAAAGGCTGAAAATGTAGCTTCCCGAAGCGGGACATTTACCCCGGGTGCTCTAGGAAACACAATTATTCCCCTTAACAACTTCTATAAAAATCCCCATAGCCTAATTATTTACATAGAAATTTCTTCCAACTTTTTCTTATGCTTCAATATTATTTCTTTACCTTCCAAAGTAACACAGGCTTTATTGAAAGCATTAAAGAGTAATTGCTCGAGGCTTGGGACGGTCAAACCCGTAGGTTGACCACCCAAATATCCTCCATTAAAGCCCAACAAACTACCATATGGTCCACTAGCCATGACACTTGGCGGTCTATGGCTTCCACATCCACCAAGTGAAATGCTCTTGCATCACAACCTCTCAAAATTTATTGATTTTAGAAGAATTATTGCTAAAATTACGACCTCTTTTACCCGGACTTTGTAAAATTGCCCACATACCCGTGTCGGTACGACCCAACTGACTCGAGTATGAAATCCGGGTCGGATACTCCATTTGCCACTCAGACACTGCTGGCTGAGGAAGACTTAAATGAAGATAGAGGTAGAGGGGAAGAGGAAGAGAAAAGGAGGAGAAAGAGTGATCGCGTGACAATGGTAAGGGAAGAAAAGGAGTTACCAATGACTTATGTCTTTGCACCTCTGTTTTCTCTTTCCTCTTTCTTTCTTTCACGTGGCTGGCGGCCCGACAGAGGTAAGGGAAGAGAAGGAGTTGTCAAAGGCGGGGGGTTAGATCTTATTAGGTTGATTTAAAACAATTTTTGGGCTTTGAGTTGAGGCCCAAAACAGTAATTTTTGTTAGTTACTTAGGCTTTTGTTTACTCTTTTGTTTCTATGTACTATAGCGCCTAACAAAAAGAACAACAACAAATTACAAATTATTAATATTCTTGCTTTTTTCATTAATTTAAAACTAAATAAGATTTTAAAAATTTTATAACCAATAATTTCCGTGTCCCCGTGCCCGTGTCCAAATATTGGACAGAGTCCATGTGTCCTAATTTTTTAGGATTTCTGTACTGGACTCTTGGACCCATACCCATACCCGACACTCCTATACGAGTCCGGGTAACATAGATTACGACTAAAGGTAAGATATATTCAAAAGAGATTTCTATATGTAAATATGTTGCTAATTGTGATCAGTTCTTTTGCTGATTGAAGCCACTAAAATAACGTTGGTAATTTGCAGATAAGATGAATGAAATAAATTGAAGGGCGAAGAGAAAAAAGTTTCATAAATGCTCCTCTTCCTCTCACAGAATACCTTTAGTTTCTGCATGATATAAGGAAAAACAGATAAATATATGAATTATCTGTAGTTGAGGATGCATCGGGGAAAAAGTCTGTGAAATGAGCATATAATAATATTTTCCCTGAATTGCCGTCCTTACCTTTTTGGCCTTCGCCTGCCTATTTGTTTTGAATATTTTTTAAGCAAAATTCTGATAAATTTCCCTTCCTGCCCAACTCAGCCTCCTTTGAAGCTTTGTTCAAGTTGTTCAGTTTATCTGTTTACTCTTTAGCATCCACATAAATGTTTTCTCTTGCTTTATTTTCTCCTTTCGATGCCATCTGATCACTTTCAGTTGAAAAATGTATAATGCCATCTGCCTATTTTCAGTGAAAGGTTGTATATTTTGGCTCCCTGGATGGCTTGGGGGTTAGCTTTACAAAGTTAATGATTCCTGAGCTCTATAATGCACAAGATCGACGATGTTTGATATGTGGGTCAACTTAGAGTTGATTCATGGTATGTGATTTTTGTTCTTGTGAAGTGCTCAAATGTCAAAGGAAAAATTAATAGAATATTTGGTTGAAATTTGAATAGTAAATGCATGATCTAAAAATAAGCATCATATCGTTTGGACTTTGG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This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
Homology
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Match: gi|731351536|ref|XP_010687088.1| (PREDICTED: small RNA 2'-O-methyltransferase-like isoform X2 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1291.6 bits (3341), Expect = 0.000e+0 Identity = 660/862 (76.57%), Postives = 749/862 (86.89%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731351538|ref|XP_010687089.1| (PREDICTED: small RNA 2'-O-methyltransferase-like isoform X3 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1146.7 bits (2965), Expect = 0.000e+0 Identity = 584/772 (75.65%), Postives = 665/772 (86.14%), Query Frame = 1
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Match: A0A0K9RW60_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_021960 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1872.8 bits (4850), Expect = 0.000e+0 Identity = 952/952 (100.00%), Postives = 952/952 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RY65_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_021960 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1863.6 bits (4826), Expect = 0.000e+0 Identity = 950/952 (99.79%), Postives = 950/952 (99.79%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8BRX8_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_8g187790 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1419.1 bits (3672), Expect = 0.000e+0 Identity = 724/952 (76.05%), Postives = 827/952 (86.87%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: F6HLY7_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_10s0003g05070 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 973.8 bits (2516), Expect = 1.500e-280 Identity = 512/949 (53.95%), Postives = 672/949 (70.81%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: M5X724_PRUPE (Uncharacterized protein OS=Prunus persica GN=PRUPE_ppa000980mg PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 939.9 bits (2428), Expect = 2.500e-270 Identity = 507/944 (53.71%), Postives = 667/944 (70.66%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: HEN1_ARATH (Small RNA 2'-O-methyltransferase OS=Arabidopsis thaliana GN=HEN1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 714.1 bits (1842), Expect = 2.000e-204 Identity = 422/977 (43.19%), Postives = 592/977 (60.59%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: HENMT_DANRE (Small RNA 2'-O-methyltransferase OS=Danio rerio GN=henmt1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 145.2 bits (365), Expect = 3.600e-33 Identity = 80/226 (35.40%), Postives = 123/226 (54.42%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: HENMT_RAT (Small RNA 2'-O-methyltransferase OS=Rattus norvegicus GN=Henmt1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 144.8 bits (364), Expect = 4.800e-33 Identity = 88/250 (35.20%), Postives = 128/250 (51.20%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: HENMT_MOUSE (Small RNA 2'-O-methyltransferase OS=Mus musculus GN=Henmt1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 142.5 bits (358), Expect = 2.400e-32 Identity = 85/228 (37.28%), Postives = 119/228 (52.19%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: HENMT_CHICK (Small RNA 2'-O-methyltransferase OS=Gallus gallus GN=HENMT1 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 142.1 bits (357), Expect = 3.100e-32 Identity = 86/256 (33.59%), Postives = 130/256 (50.78%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G20910.1 (double-stranded RNA binding protein-related / DsRBD protein-related) HSP 1 Score: 714.1 bits (1842), Expect = 1.100e-205 Identity = 422/977 (43.19%), Postives = 592/977 (60.59%), Query Frame = 1
BLAST of Spo07441.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G20920.1 (double-stranded RNA-binding domain (DsRBD)-containing protein) HSP 1 Score: 425.6 bits (1093), Expect = 7.900e-119 Identity = 277/785 (35.29%), Postives = 430/785 (54.78%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo07441.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo07441.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo07441.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo07441.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 2
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
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