Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGATGCAATTGGTCTTCTCCTTTCTTATTGTATCTCTGTCAACTATTTCCTCCTCTTTGAATACGCCAAATCATATCATCATAACATATCTGCTTCAAGGTAAGAGTGTGTTCTTACTTTTTTTTATTAATTTAATTATATTTCGTGAGTGTTCAAAAGTAGAAAAGTGTGCGAAATATATAAGATTCTAAAAATGGGGAAGAGATAAAGATTTTAGAGAGAAATAATGGAGCGTTTGTTTCCTTTTAGGTATGGAGGTTTGAGTAATGAAAATGGAGGATTTCGTATAAAGAAATAGAACTAGAAAGTGGAGAAGCAGCTAGGCGGCGGAAAATGAGTGAAAAAAGAAATCAAATCCACAAATTTACAAGGCTATTATAGTAAGTTTAATACTCCGTGTTTTGTTTTCTATTCTATCCAATAATTCCCAATACAGTTCCTACATCATGCCACACAAGAGATAAGGATAAATTTAATAAATTACTTATGTCAAATTCTATATCCCTATCCTATTCCTAATCCCTATTCTTACCTTTGTCCTTATCCCTATCCCTCTCGCATACCAAACGAGCCAATACGAGTGAATTGATCCTAGTATGGATGGGAGTTTGAAATGGAGTTTGGTGTCAGACTCTTGGGATAATACGGTAAAATACTACAACTAGTTTGAAGGTGGATTTAAAAATTCAACACTCAATTAAATCTCTACTTTTTCTCCAATCATATTAACTCATGCACACCATCACACTTTATCATACTTAATTATATTTTTTAGGAGTTTAGGTGAGTATGAGATGAGTGTATGGATAATGTGTAAAAATAGAGAGAGTCTTGTGTGAGTATGAATAATGAAAAAGTAGGTAAAAGTTAGTGAAAATATGATGTGATAGAGTGTGGAGTTTGTGGTTGAGTGTGAGAGATAAACTAACTATAGAATTTAATTATCTTCCCTTAAACTTATCAATAAGTGTACCTATTTAAAATTTCTCTTAATTCTTAAATTATTGTTATTAGAAGTTCTACATGCAGGGGCGGAATTAGGGGGGTTGGCGGGGGCCATGGCCCCACCATGATAGGTTTAATTATTAAATATGCACTATAAAAACACATGTCTAGTGTAGCTCAAGTGGTTATTTTCCTTAAAAATTAGAGCTCCCTTGGAGGTACAAGGTTCGATTCTTAGCTTCCTCAATTTTATACTTGGTTTTCTTATTTTATTTTTGATTTTTAATGTTATAAAAATTATATGTTAAAATTTGCCCCCCTCTATGTATAATTTCTGGTTCCGCCCATGTCTATATGCCTTGTATCTTGTAGAAGTTTTAACATGTATTTGTTAGACCTGATCAAATGGCGGGTCGGGCCGGGTTCGGGCCGGGCTTGGGCATAAAAATCAGGCCGCTATGTCGGGCGGGGCCAAGTTTTTGTGCCCAAACCCGCTATTTTCGTGCCTAAACTACCGGGCTATTCGGGCCATTTTCGGACCGGGCCAAATTTATAACTAAAAAGTGTATTTTTGTGTTTCCCAATTCCGCCCAAAAAATAAAATTTTCGGGTCGGGTCGGAAAATTCTGCCCAAACCCGCAAAATTTCGGTCGGGCCGGCCGGGCTCGTCTTGATCAGGTCTAGTATTTGTGTGTGTAAAGAGTTGACTAAAGAGAATTACCAATGAAAAATGATGTGCGCTTTTGATTTCAGATTTGGGTACCACCCTAATTAAAAATTATAACCAACTATTCTATATGAGATTCACAAAAGTTTCAACACTATCGGCGTGGGGTCGTGGGTTGTATAATAGGAGCCTAATTGACGTGCGTTTGAAAAGAAACCAAGTCTTTCTGATGTTCTAATTGCTCGTGTTAAGCGCATGTGTAGCGCCCCAATCTCTAATTCAAGTAATTAATCAGCGCAATTAACCTAATTTGGTCGGGACATTACTATCGTAACTCCCTCTTGGAAATTACAAGGCAAACATCGTAATTTCAACTTTAAATCACCACAATAATATAATTGTCTTTTTAATTCCTTAAATAAAGTAACTTACATAACTCATTAAAAGTCTTTATTTGAACTATTACAACTTAAATATTTAACTAGGTGAATTTACTTAAGTGAAATGGTGAGCCGAAGACTTAGTAAGGTAAATCCATTTTAATTCATTTTTGTTGATAAAACAGGGAGAGTAGAATAGGGTAAAACATTTAATGAACATTATATTAATTCCTTTTCCACTATATTTTTTTTATGGTGCCTGTATTTAGTTCGAAAGTGGTGCTGGACGCAATCAAATCTGGACGACCACGGAGGAAGGCAAAGGGGGTGGCGAGTTAATTAGATATAGAAAATGAATATGATAATCAAGTCGCGAAGCTTCAAACGCCGCCATTAAAGCCTCCTCTGAAGCTCCAGACACTGCCATTGAAGCATCCTCTAAAGATATATTTCGATGGAGACAAATTGCAAGATGACAAAAACTTCCTAAGAGCCGAGGTTGAAGAGAACGAAGATGATAAAAAATGAAGAGAAGGTGAATAGGGACGATAAATTGAGGAAATATAATTGAAATTAGAATGAAATGGTTGACGAAGGGAGAAAATAAGTAGTATGTGAGGGTAAATCGTCATTGTTGGAGAAATTATGAATTTATGACATTTATTTCTTTTATTTACCTTAACTATCACTTATTTATTTCACGAGTTAATTTCATAGATTAACTCGAAAAATCTATCACATCCCCGAACATGGACCGAACACCCACCAAAAATCAAAAACTATTTTTGCACGTCCCTCTTCGATGTTCAAGTCGGAGTTAAATGGTCAAATAATACTAACCGTTGTTGGTCGGATGGCCTGGGTTATCAATATCATCACGTTCTAAAAAGCCGGTCATTCTTCAATTTATCTGGTCTCTCCTCCCCCGCCAATTTTTTTCTCCAGACATTGGAAAAAATCACTTCCAAATTTCAAGAACCCTAAATTAATCACTTACGACTTCATCATTTAGGAGGGATGTTCACGCAATTCGGAGCAACTGCGGATTCGTTCAGCAAAGCTTCTACGATGGTGTTTCGGATCGGAACTGACGCACACCTCTATGACGATCCCGAAGATGTCAACATCGCTCCTCTTCTCGACAGCAAATTCGACTCCGAGAAGTGCGAAGCTCTCAAACGTCTCCTTGCTCTCATTGCTCAAGGCTTCGATGTCTCCAATTTCTTCCCTCAGGTGACAATTTCACTAAATTCATTTGAATTTCTAGTTTAAGTTGATGTTATTACAAAAATAAAATAAATTTGTGTTTATGAGCTTGAATTTTAGTTCAGATTTAATTCAGAGTGATTAGTGTTCATCATAGTAAGCGCAATTTGACGCTAGAAGAAGAATTAGCCTAAATGCAGATTGTTTTTCTCATGTTTAATTGTTTTGGATGAATCCTTCACTGAATACTAGAAGAATTAGCTTAAATGCAGATCACGCTCCACATTCTGTGTCCACACGCGTCGCCTGTTGTATTGTAACCTCAAATTTTCCTACATTGTTGGAATAATGAAATTGAAGCTGTTGTTATGTTGAAAGCATACGTAGAGCCTAGTGGATTTGTTTTGTAATTGAATTTGGATTGAATTTTAAGCATTCTTTCCATTGCTCACTCAATGTAAGACCGTTTAAAAGATTTTAACATGTTAAAAGAAATTAGTGTTACTTGAGTTGTTAGTACTGCCATGGTGGATTTAGCCTCTTCATCTATGTCAGTTAAACTTCATCTAGTGCCCGGTTCCATGATATGGCTTTCATCAACTTGGTTTGGTGACGAATTGATATGGCTTTCATCAACTTGGTTTGGTGATGAATTCATCATTTCTGAGACTCTGAATCATCGGAAAGGGGAGCCGGGTTCATATTGGAACTCTATAAGTCATGTTTTTCCATTCTCCCTTTGTTTTCTTCAGGTATCACATTTTGCCAAAAAGATTTCATTTGGCTCTTCAATCAGTGATACTTACTTTGGGCATGTTTATATTTGTCTTGTGTACAGGTTGTAAAAAATGTTGCATCACATTCTTTGGAAGTGAAGAAGCTGGTTTATGTATACCTACTGCATTACGCCGAAAAGTATGCTTCATTAAGTAATAACTAATTGTCCTACACCTCTTCCCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCTATCTTGATTTTTGCATTCATATCTGCGGAATACATACTCCCATTGCCTTTTGCAAGGGACTGCAACTAATAGAGTAACAGTCTTACTTTACTAGTGAGATAATGCTTATGTAATAAAAGCACTAATTTAACACTTTTACATGTCGTTCACTATCGATGGACATTTTTAGCATTCTTCTAAATGAACTATGCAAATGTTTTTTTTTTTTTACGAAGGTGAAAAGGAAGTTGACGAGTGTAAAACACTATCCTGCTAGCTGAAAAAAAACCTGATAAAGTTCTCAAATTTTGATGCAAAAACTGATATGTTGGGGGAGAACTAGGGTTTTTCATTTCTCCCTTTGTTCATATCTCAGCATTTTGTTTCTTCTGCAATTTTCTAGGTATATTGATGGACAACTTAACCCTTAATTTTAAGAGCTTATGTAGTCATTCCATCAGTCAGGCTCTCGTCCTTGAAGACAAAAATCTTAATGAT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Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
Homology
BLAST of Spo01780.1 vs. NCBI nr
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BLAST of Spo01780.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731315278|ref|XP_010690685.1| (PREDICTED: AP3-complex subunit beta-A isoform X1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1880.9 bits (4871), Expect = 0.000e+0 Identity = 971/1140 (85.18%), Postives = 1042/1140 (91.40%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731315280|ref|XP_010690690.1| (PREDICTED: AP3-complex subunit beta-A isoform X2 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1762.7 bits (4564), Expect = 0.000e+0 Identity = 912/1076 (84.76%), Postives = 981/1076 (91.17%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. NCBI nr
Match: gi|359486795|ref|XP_002278568.2| (PREDICTED: AP3-complex subunit beta-A [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 1434.1 bits (3711), Expect = 0.000e+0 Identity = 752/1143 (65.79%), Postives = 896/1143 (78.39%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. NCBI nr
Match: gi|596050770|ref|XP_007220590.1| (hypothetical protein PRUPE_ppa000482mg [Prunus persica]) HSP 1 Score: 1403.3 bits (3631), Expect = 0.000e+0 Identity = 746/1139 (65.50%), Postives = 889/1139 (78.05%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RLJ5_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_052910 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 2205.6 bits (5714), Expect = 0.000e+0 Identity = 1139/1141 (99.82%), Postives = 1141/1141 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CX65_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_2g024870 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1880.9 bits (4871), Expect = 0.000e+0 Identity = 971/1140 (85.18%), Postives = 1042/1140 (91.40%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: D7TLS9_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_13s0019g01530 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1434.1 bits (3711), Expect = 0.000e+0 Identity = 752/1143 (65.79%), Postives = 896/1143 (78.39%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: M5X762_PRUPE (Uncharacterized protein OS=Prunus persica GN=PRUPE_ppa000482mg PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1403.3 bits (3631), Expect = 0.000e+0 Identity = 746/1139 (65.50%), Postives = 889/1139 (78.05%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A061FTS2_THECC (Affected trafxn,cking 2 isoform 1 OS=Theobroma cacao GN=TCM_042748 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1401.0 bits (3625), Expect = 0.000e+0 Identity = 742/1141 (65.03%), Postives = 888/1141 (77.83%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: AP3BA_ARATH (AP3-complex subunit beta-A OS=Arabidopsis thaliana GN=AP3BA PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 1037.3 bits (2681), Expect = 1.300e-301 Identity = 578/1018 (56.78%), Postives = 738/1018 (72.50%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: AP3B2_HUMAN (AP-3 complex subunit beta-2 OS=Homo sapiens GN=AP3B2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 384.4 bits (986), Expect = 4.400e-105 Identity = 328/1094 (29.98%), Postives = 530/1094 (48.45%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: AP3B2_MOUSE (AP-3 complex subunit beta-2 OS=Mus musculus GN=Ap3b2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 371.3 bits (952), Expect = 3.900e-101 Identity = 266/793 (33.54%), Postives = 418/793 (52.71%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: AP3B1_HUMAN (AP-3 complex subunit beta-1 OS=Homo sapiens GN=AP3B1 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 357.5 bits (916), Expect = 5.800e-97 Identity = 270/856 (31.54%), Postives = 437/856 (51.05%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: AP3B_DICDI (AP-3 complex subunit beta OS=Dictyostelium discoideum GN=ap3b-1 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 355.1 bits (910), Expect = 2.900e-96 Identity = 293/1055 (27.77%), Postives = 499/1055 (47.30%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G55480.2 (protein affected traf#64257;cking 2) HSP 1 Score: 1254.6 bits (3245), Expect = 0.000e+0 Identity = 688/1146 (60.03%), Postives = 856/1146 (74.69%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G23460.1 (Adaptin family protein) HSP 1 Score: 129.0 bits (323), Expect = 1.900e-29 Identity = 77/211 (36.49%), Postives = 124/211 (58.77%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G11380.2 (Adaptin family protein) HSP 1 Score: 128.3 bits (321), Expect = 3.200e-29 Identity = 89/255 (34.90%), Postives = 139/255 (54.51%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01780.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G11490.2 (adaptin family protein) HSP 1 Score: 79.0 bits (193), Expect = 2.200e-14 Identity = 53/216 (24.54%), Postives = 103/216 (47.69%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo01780.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo01780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo01780.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo01780.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 4
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
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