Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGAGACTATGTTCTCTCACTTCACCCAACCCCTGCAACACCACCATTATCATCACCAACAACAAAAATGTCGGAGTAGCCAAGAGCTACACCAACAATTGCAACCCTAATTTCAATTCCAATCATCAAAACTCTCCTAAAAAATCTTCAATTGGTGCTGCCGTAGCTGCTGCTGCACTCTCATTCAGCCTCTTACTATATCCACCTGTTTCGATTGCTGCTAATTCGCCGGCTTCTGATCAATCGTCATCGTCTGATGAGTATTGCCGCGAAGATGGGGGATTATTGGGGGATGATATGGCGTTATCGGCGCCGAAATTGGGGACGAATGAGGGTATTGTGGAGGAAGCTTGGGAGATAGTGAATGATAGTTTTCTTGATACGGGTCGTAGTCGTTGGTCGCCGGAATCGTGGATTGTAAGACCCTCTTCTCTCTCTTTGATTCGGTTATGATAATCGATTTATATTGGTTTATTTTGTATTTTGATGAAATTGCATATTTTTTTTTATTTAGTAATTGAGTGATTGCAGAGAATTAGACTGGATATTGCTAGAAATGCATTTCCATGGTGTAGTTCTGGTGGAGGAAAACTCTTCGAATTTGAGTTTTGATCATATACCTCACTATCTATAGTTACTTATAGTTGGAAAATTTAAGAAAATTGATTATGATCAATGGAAATTAAGATTAATTGGGAAAAGGGTAATGGAAATAGATTTTTGTGGAGCAGTGCATTAAATTATAAAGACATTTTTTTTTTCTTTCTTTCTGGTGTGGTGCGGATGAGGCAGAAGGGCAATAAATTACAAATAGCGGTGGGTGATTCGAACCTGACCTATCGTAGACAGACCCTCAATCTTAATCACTAGGCCAAGACCTCATTGGTCTTAATCACTAGGCCAAGACCTCATTGGTCTTAACCAATAGGCCAAGACCTCATTGGTATGGAGACATTTGATTTGAAACAAGCGAAAATGGGAAGGACATTCATTATGAGATGAAGGGCCTAAAAACTTATTATTGTATCTTATTATTATTTTATACCATATACCTAATTCTTAAACTTCAAACTGCTACGTTTTTAATTGCTGCATCATTCTGCTCTCCAACGTGCATCAACTCATAATAGTTTGTAAGCTCAAGCAGAATGTATGGTGCAACATCGACGCTGTTGAGCTAGAGTTCTAAAGATGGAGGTGTAATGATTAATCAAAAATAGGATTTTGAAGAAGTCTTTAAAGCTTTTCATCTTGTGTGCTGTGTGAAGGAAAGTGGATTCCGCGAACACTGGTCCGCTTGGAGGGTGCAACCGGCACGTTCACGGAGGGAGCGATTAGTGCTAGCTAAGGGAAGGAGCTAACATAAAAAGAGAAGCTTTTTAGCCGGAGCAGATGAAGATTGTCGGCGCGCAGCTCCGATGAGGAGGAGCGGAGCGAAGTCTGTCGAAAATCGGCTATTTCTTCCTCTCGAGCCGCATCAATTTCCTTATCTCATTCCATTTTCTACTTAAGACGTTTGGTTTGTTGAGCATTTGCACCATCCATTTCAAATGGAATTTGTTTCGTGGACACATGAGCAATCATAGTTACCATTTGAAATGGATGTTACCTTTGCTTACTGAACATAGTCAATATGTTCTTGCACCTTAAGTTATGAAATCTTCATGTGCCTGCTCATGAAATTTCAAATGAGCAATATTATCAAGCAAGATTCAATTTAAGAGTATCTTCTTTGACCTTGTTGTTGTGGAGTGTGGATTCAACATTTGGCAGCACCGTCAAGTTATGAGTGTATCACTTTGGTACCTTTTCTCTTATTATGGGGAAGATCACTAGTGTTCATTTGAAGTTTTAATGAGGTGGATGATTTCTGAGGCTCATGTGTACATGTATATATATATTTGTGTCTAAGTATGCATGAATTAGTTATATTGCTTATGGATTCCTTCAAATTTTCTAAGATCAATTATGAAGTGTTCTATATATTTGTGTCTAAGTATGCATGAATTAGTTAGATTGCTTATGGATTCCTTTAAATTTTCTAAGATCAATTATGAAGGGTTCTATGCATGTGACCTTGTTGTAAGCCTTCCAAGTACATCATACATGATCATGACCTTTGTTTTGAAATAGGATGACTAAATTTTCACCGGTTGTTTAAAGCCCATTTGTCGTTTGCTACTGTCCACTAAATTTGATGCGCTTCACCTTTATTGTCTAGTATTCCTCCATCCCAATTAATATGTCCCACATTAACCTTTCTTTTTGTCTGAAATTTGAGTTTATCCAACTAATACATACTTCAAGGAACTTCTCTTTGTATCTCCTACCATATTATCCTTCCTTATTTGTATACAAAGTTTAAACGGGGCTCTTAGTTTGGGAGAAAGGGAATAGTAAATTTCTTTGCCATAGGGTGCCTGGCTTGGTATGTTTTGATGAAACCTTAGTAGCTAAAGAGGTCATTGGGGATGTAGCTAAGTATGTTACTAGAACTTATGAATACCTATTGCTCTTGAGTATAAATCATTTTTTGACCTATCATAGGAATTCCAATTTAGGGAGAGCACATGATTTTACTTCCCTTGTGCTTTGATCTTTATCAACATGCCCTAAAGTGACGGGTAAACTTATGGGTTAAGAGAAAAGGTGAAATGGTTCTCACTGAGTGTTTAGTAAGGCTTCATCAAGGTCCACGAGAGTAGATAGAGGAGGTGGGCTCTTTTGTCTTTATAAGATTCTTGTAATTTAAGTGGACTGTCGGAAGTCCTGAGATTCATTTTGTGCTTTTGGAGTTGTTAGATGAGATATCCTCCTTATGCTTTCCTTGTGATGTGATTGTGGATATTTTGAACTACTTCCTCTATTAACTAATATATTGCCACATTTAGAGTTTTACACTTTCTAACCGTTAATATGTTTAATTATCTTTTAGTAAAAATTCTAAAGATTTGATGTTTTAGAAATATAGATCGAGTGACAGGCTAAATCGCACTCCTATCAAAGATAAACCTAATGTTCACCAACTAAAAATATAGCAAGGGAAGTAGGGATCGTATACACAGGAAAACAACGTTCTTTCTACCTAGGATGCTCGGACTCGGGTACGGGTTTCCGACTCGGGTACGGGTCCAAGGGTCGGACCTGAATTTTTTTTAAAATCAAGGACTCGGGGACACGTTTTAAAAGTGTCCAAAATTTAGAAACGGACTTGGGGACACGGCAAGCATTTAAATATTTATATTAATCCGCATAAATATAATAAATGAAAGTATTATTTTTGTGATTTTAAAATAAAATTTAAAAGTAAATGTTTTGTAAGTTGAAACTACGGAGTCATGTGATGATGTGATCTCTTTTCCCAAAATAAAAGTGGTTTAGAAGTCAAAAAGAACGAATATCAAAACTTATTAAAAAAATAAAAATTTACTGACAGTTGTACTGTACCACCTATTTACTTTTTTTTCTTTTTTTTAGTGGGACCACACCTGTTTACTTACCCAGTTATCCCACGTTATTATTTTAAAAAGAGATGAGTAGTAGACAGTTGTACCTTACCTGTCCCACACCTAATTTTACTTATTTTTTTTAAAAAAAAGAAAATCTAAGTTTTTTTTTTTTAATTTTAACATCGAACTTATCGACTTCCATGGAGGTCGCTTCCATGGAGTCTGTCTGCAGCATCCAAGAGTATCAAACCCTGCCGGAGAATATTCCTGGTGAGCTCGCAATTCTCAGTTGATTGCCTTTCCCTTTGTTGAAACCCCCCAACCAAACGCCCCCTAAGTTCTCAGTCTCTGTATCCCTGATTTAAGGCCTCTATTTTTAGATCTGGGTTTCCAAAACCCTAAAAAGACGAGTCCATTTTCCCCATGGCGAGTCCGGTCCGGATTCCGTGTCCGCACCCGCGTCGTGTCGTGTCGACACCTGTACGGCCGGGTGACAGGAAAAGTGGTTAGTTTGAATATTATAACTACGACAATAATTAAATCACGATAATATCAATATAAAAAGGTCTAGGGCATAGGTTCACCAATGAATAATACTCCGGGATGAGACATAACAATTAACAATCAAAGAAATCATTAATCAGACTGACATGCTATCTCGAGTCCATATTAATCATAAAATTAGAAATAACACTCTCACAATTTATTAACACTAATTCTATCTATTGAAACTAGCCTTAGCATCGAGTTGCATCTCTCGATTATTAACTCAATGCTGCCCAACTATAACAATTAAACCTGCCCAAGTCTAATTGCATGGTAATGAAATCAATCAATGGGAAATTAATCAACAACACCAACAATCAGCAATAATAAATCATCCCTTCATATTAATTCATGGATTCCCAAAACTCTAGAAAATAGACTACTCACACATAATAATGAATAAAACAATTAAAATTAGGGAAAGCATGAAATACATAATTAATTAATAATACCAATCTGAAGAAATAAATGTCGAGTCTTGAATTGAAATAACGAGTGTAATCGACAAAAGTTTAGAGCGATATAGATACCAAAAACTACGAAACTTTTAATACTAGAATAAAACTAAGGCCGAGTTAAAGATGTCCCATTAAAAGAAAACTAAGTTTAATATATAGGCTTCCCCTAAAAGCGTAAGAAGAAAACTGACTAAAGCAGGGAAAAGCAACGAAAACCGGTCGGGTCTCGAAAACCGGCCGGTTTTCGGCACAACAAGCTGTTCTTGATTCCTGCGTACTCAAATCCGCTGCGATCGGGTTTCAGAACTCGGACGGTTGCGATTGCATCTCAGATATCTCCTTGTGCTCTAGCCCGGTCGGGCGGAAAACCGGTGCCACCAGTTTTCGTTGCATTTTGTCGTATTTCCGTGGGCCTTGAATCTTAAGGCCCAAGCCTAACTCCTTTGGGTCTAAATTGTCGTTTGTGGCCCCTTGAAGTTGGCTAGATCACCCCGTACATGTTCGGGATTCGTGTAGTCATCCAGGAATAATAGAAACGGGT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ATGAGACTATGTTCTCTCACTTCACCCAACCCCTGCAACACCACCATTATCATCACCAACAACAAAAATGTCGGAGTAGCCAAGAGCTACACCAACAATTGCAACCCTAATTTCAATTCCAATCATCAAAACTCTCCTAAAAAATCTTCAATTGGTGCTGCCGTAGCTGCTGCTGCACTCTCATTCAGCCTCTTACTATATCCACCTGTTTCGATTGCTGCTAATTCGCCGGCTTCTGATCAATCGTCATCGTCTGATGAGTATTGCCGCGAAGATGGGGGATTATTGGGGGATGATATGGCGTTATCGGCGCCGAAATTGGGGACGAATGAGGGTATTGTGGAGGAAGCTTGGGAGATAGTGAATGATAGTTTTCTTGATACGGGTCGTAGTCGTTGGTCGCCGGAATCGTGGATTCGCAAGAAGGAAGACATATTGAGCACTTCTATTAAGACTAGATCAAAGGCTCACAATATCGTTCAAAAAATGTTGGCAAGTTTGGAAGATCCTTATACACGTTTTTTGTCTCCAGAAGAGTTCTCGAAGATGGCTAGATATGACATGACTGGTATTGGAATAAATGTCAGGGAGATGCCTGACAGCAGTGGAAGCTTCAAACTGAAGGTGCTTGGACTCGTATTGGATGGGCCTGCTCAAACTGCTGGAATTAGACAGGGTGACGAAATCTTGTCTGTTGATGGGGAGGATGTGAGGGGCAAATCAGCTTTTGATGTATCGTCAAAGTTGCAAGGTCCCAGTGAAACTTTTGTAACAGTTGAGGTGAAGCATGGCAACTGTGGTCCTCTCCAGTCTGTCAAAGTTCAGAGACAGCTGGTTGCTAGACCTCCAGTGTTCTACCGGTTGGAGAAAATTGACAATGGTGCAACCTCTGTTGGATATGTGCGTCTTAAAGAGTTCAATGCACTGGCCAGAAAAGATATAGTAACAGCAATGAAGCGCCTCCAGGACCAAGGTGCATCATCTTTTGTTCTGGATCTAAGAGACAATTTTGGTGGCCTAGTGCAGGCTGGGATAGAAATTGCAAAGCTGTTTCTGGATAAGGGGGATACGGTGATTTATACTGCTGGAAGGGATCTGTCTCAGAATGCTTTTGTGGCAGAGTCTGCACCACTCGTCAAAGCGCCTGTCATGGTTTTGGTGAACCATAATACTGCAAGTGCCAGTGAAATAGTCGCATCAGCTCTTCATGATAATTGCAAAGCTGTTCTGGTGGGGGAAAAAACTTATGGCAAGGGTCTAATTCAATCAGTTTTTGAGCTCCATGATGGATCTGGCGTGGTTGTGACAATAGGGAAGTATGTAACGCCTCACCACTTAGATATCAATGGCAATGGAATTGAACCCGACTTCTCTAACATCCCACGGTGGAGCGAGGTGAAAGAATATCTTTCTACTTGTAATCGATTGACACAAGGATGA MRLCSLTSPNPCNTTIIITNNKNVGVAKSYTNNCNPNFNSNHQNSPKKSSIGAAVAAAALSFSLLLYPPVSIAANSPASDQSSSSDEYCREDGGLLGDDMALSAPKLGTNEGIVEEAWEIVNDSFLDTGRSRWSPESWIRKKEDILSTSIKTRSKAHNIVQKMLASLEDPYTRFLSPEEFSKMARYDMTGIGINVREMPDSSGSFKLKVLGLVLDGPAQTAGIRQGDEILSVDGEDVRGKSAFDVSSKLQGPSETFVTVEVKHGNCGPLQSVKVQRQLVARPPVFYRLEKIDNGATSVGYVRLKEFNALARKDIVTAMKRLQDQGASSFVLDLRDNFGGLVQAGIEIAKLFLDKGDTVIYTAGRDLSQNAFVAESAPLVKAPVMVLVNHNTASASEIVASALHDNCKAVLVGEKTYGKGLIQSVFELHDGSGVVVTIGKYVTPHHLDINGNGIEPDFSNIPRWSEVKEYLSTCNRLTQG Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo30040.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902232875|gb|KNA22820.1| (hypothetical protein SOVF_030520 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 941.0 bits (2431), Expect = 8.000e-271 Identity = 478/479 (99.79%), Postives = 478/479 (99.79%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731373636|ref|XP_010666703.1| (PREDICTED: carboxyl-terminal-processing peptidase 1, chloroplastic [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 727.6 bits (1877), Expect = 1.400e-206 Identity = 386/475 (81.26%), Postives = 415/475 (87.37%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. NCBI nr
Match: gi|743903903|ref|XP_011045311.1| (PREDICTED: carboxyl-terminal-processing peptidase 1, chloroplastic isoform X1 [Populus euphratica]) HSP 1 Score: 613.2 bits (1580), Expect = 3.800e-172 Identity = 307/439 (69.93%), Postives = 373/439 (84.97%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. NCBI nr
Match: gi|224114365|ref|XP_002316739.1| (peptidase S41 family protein [Populus trichocarpa]) HSP 1 Score: 611.7 bits (1576), Expect = 1.100e-171 Identity = 306/439 (69.70%), Postives = 373/439 (84.97%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. NCBI nr
Match: gi|1000965308|ref|XP_015574941.1| (PREDICTED: carboxyl-terminal-processing peptidase 1, chloroplastic isoform X2 [Ricinus communis]) HSP 1 Score: 610.9 bits (1574), Expect = 1.900e-171 Identity = 309/450 (68.67%), Postives = 375/450 (83.33%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RTF0_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_030520 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 941.0 bits (2431), Expect = 5.500e-271 Identity = 478/479 (99.79%), Postives = 478/479 (99.79%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8B7H3_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_003960 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 727.6 bits (1877), Expect = 9.600e-207 Identity = 386/475 (81.26%), Postives = 415/475 (87.37%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: B9I114_POPTR (Peptidase S41 family protein OS=Populus trichocarpa GN=POPTR_0011s02860g PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 611.7 bits (1576), Expect = 7.700e-172 Identity = 306/439 (69.70%), Postives = 373/439 (84.97%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A067GHB1_CITSI (Uncharacterized protein OS=Citrus sinensis GN=CISIN_1g012084mg PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 607.8 bits (1566), Expect = 1.100e-170 Identity = 309/445 (69.44%), Postives = 371/445 (83.37%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: F6HMG8_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_10s0003g02730 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 607.4 bits (1565), Expect = 1.500e-170 Identity = 308/441 (69.84%), Postives = 364/441 (82.54%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: CTPA1_ARATH (Carboxyl-terminal-processing peptidase 1, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana GN=CTPA1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 551.2 bits (1419), Expect = 1.100e-155 Identity = 286/452 (63.27%), Postives = 352/452 (77.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: CTPA_SYNP2 (Carboxyl-terminal-processing protease OS=Synechococcus sp. (strain ATCC 27264 / PCC 7002 / PR-6) GN=ctpA PE=3 SV=2) HSP 1 Score: 267.3 bits (682), Expect = 3.200e-70 Identity = 144/349 (41.26%), Postives = 227/349 (65.04%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: CTPA_SYNY3 (Carboxyl-terminal-processing protease OS=Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) GN=ctpA PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 266.2 bits (679), Expect = 7.100e-70 Identity = 137/357 (38.38%), Postives = 230/357 (64.43%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: CTPA_ACUOB (C-terminal processing peptidase, chloroplastic OS=Acutodesmus obliquus GN=ctpA PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 217.2 bits (552), Expect = 3.800e-55 Identity = 134/371 (36.12%), Postives = 214/371 (57.68%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: CTPA2_ARATH (Carboxyl-terminal-processing peptidase 2, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana GN=CTPA2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 216.9 bits (551), Expect = 5.000e-55 Identity = 138/370 (37.30%), Postives = 204/370 (55.14%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G46390.2 (Peptidase S41 family protein) HSP 1 Score: 551.2 bits (1419), Expect = 6.300e-157 Identity = 286/452 (63.27%), Postives = 352/452 (77.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G17740.1 (Peptidase S41 family protein) HSP 1 Score: 216.9 bits (551), Expect = 2.800e-56 Identity = 138/370 (37.30%), Postives = 204/370 (55.14%), Query Frame = 1
BLAST of Spo30040.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G57680.1 (Peptidase S41 family protein) HSP 1 Score: 211.5 bits (537), Expect = 1.200e-54 Identity = 124/383 (32.38%), Postives = 220/383 (57.44%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo30040.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo30040.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo30040.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo30040.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 3
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
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