Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideCDSexonthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGAGCAGCATCGGAACCGGCTACGACCTCTCGGTCACCACCTTCTCACCAGACGGTCGAGTTTTCCAAATTGAGTACGCTTCTAAGGCCGTCGACAACAGCGGGTCTGTCTTTTTTTCAGTCTTCTCTGGTACATTTGATGGCGAATTCTACTTTCTAATGCTTATTTTTTCAATTTGATTTTCTCCAAATAAAGGACTGCCGTGGGCATCAAATGCAAGGATGGAATTGTTCTGGTAATTTTTTTTTGGGTGATCTGAATGTTTTTTGGCTGTATTATTTTGATGGGTTTTAATTGGATTTGTGAGATGTTGAATAGGGTGTTGAGAAGCTTATACAATCGAAGATGATGTTACCGGGCTCGAATCGACGAATCCATTCTGTTCATCGGCACTCTGGCATGGTTATTACCTATCCCTTGTTTTTGCTTTTGTGCTGCAAGAAGTTTAATGCTGGAATTTTTTTGTCACCCCTTTTATATGTCTGATGTTTGATTGCTTTGAACGGGAAAAGATATTGAGGAAATAGAATGGAATCTGTTCCATATAGTGTATAGGATTGAATTCAATTATATTGTTCCATTTCTTTTGAAAGGGTCATTTTGGTAGTAAGAATTTAAGATGACTTGGCGTCTTGGAGATACCGGTAGTCAAGTAATGGTGGTGTAGGTAGGTGGCCAGGGTGATGATAATGAGTAATGCAGGTTATGTATCTGTTACTCTGAATTCTGAACCAATGGTATTTAAAACCCATTGAAGGGATAGGGTTTTAGTAAGGAGATTGGGATTCACCATAGTTTGGAACTAAAAGGGAAATTAGTGAATCAAATGCCAAATGTCGGAGCGGGATTTTCCTTTCTGATTCTGTACACACAGAATTTAAACACTTCCCTAGCTTGTAGCTGGTTGGTTGTTGAAGCGCTACAAAATATTTTGTGTTGGAAATGGAAAACTTGTTAGTTGGTTGGATTGGCTGCTGTGCAATTTGATGCATTTCGGGGAAAGAAATTGAGTAAAATAACAAGATACAAATACCAACGGGAAATTAAAACAAATTATCTTTGTGTTCTTTTTTTGGGTGTTTCATTGGACTCAAACTTTAAAGGAAAGAGATATTCTACTATCCCACCTTAAGACACTAAAGGTGTGTTCTTTTTAACTTATAGACCTTATATGATCTTGTTTAACTTGTAGGATGTTATCTCTATTTTATACGGAGTAAGTGAAAACCCGAGGGCTTTTTGGTAATCACGCTTTTGGTGTACCCAATCTAAAAGACTAAAATACCCTCGGTTACTTTACAATTTAATTAATCACGCATAAAATCTTCCTTATGAAATCAACAAAAGTCAACAAAGAATATAACGGTTTCCAGAAATCAATCCAGCAAATCTGTCAAATTCTAATTTTATGCACGGAATCAATCAATTATCTCCACCAAATCTTATATGCACGAAATCAATCACTTTTCAAGTTATATGCACGAAATCAATCAATTATCTCCACCAAATGTGTCAAATTCTTATTTTAAAGAAATTTAGTCAATAACGGCTAATCTACTTCCTAATTCTACGCTATAGTCAAAGACTAGTATAACACCCGTGCGATGCACGATTTACAATCTAGTACGCTAAATATTAAATTTGCATGAAATCTAATCTATTTTTAAGAAAATTAATCAAAACAGAACTTGTAGATATTTTTCTATTTAAAGTTAATTATGGATAGATTTGTTATTGTACCATTTCGTATCTTATTTATTAAAAAAATAAAAATAAAACAAATTAAAGTACGTAGATAAAATCACTTTCATTCACATTCATTACCCGTGTCTAACATAAATTAAGTCTCATATACCCTTATATCTATAGTATACCCATATAATACTCGGCCCACCATTTACCTCATTACCCGATCACTTAACACTTACACACATATATCATGTACTTTATTCAGCTAGAAATGATTTTTAGTCAAGGCGGGGCGGGTGCAGAGGATTGTCCCTCCACACCCGTACCCACCTAAAAATATCACCCTTATCCTCACCACCCACGATACGTATGTTACCTATCTACAAATAAAATTCATTCTCGCTTCATCACCCACCCATTTATCCAAACTCACCTCAAACCCACCATATATACCCTTTTTGTTTGGTAGTTTTCAATTTTAAAACCCTATTTTAAAGTATTTTGCAATTTAGTTGTCTTTTTAGGGTAATTGAATAAATAAATAAAATGTTATAATATGTAGTTTAGTTGTAAAAAATGCTATTCAAAATCAATTACTCAGTAGATGAAGGATGTGTGAGGTGGGAGGGTTCAATCTAAATTTTTTCCTTACCTTGTCACCCGCGGCAAATACATTTCTATCTGCATCATCCACCAAATTAACTTTCCTCCAACCCTTCCCACTTGGGGCGTTGCATAAGGGTCTCCCAAAAACCCGTCCCCCTAACAATCTGACATACCTATATTTAGTCAAAAATCCAAGTTCCCTTCAATTAACCTTCTAACAAACTCACTCCGACCTTTTGATTACTCCATACCTAAAATTCACTTAATTAAGAATTGAGTGTAAAATGTGTACTTGAGTTGATAAAATGGTCATATGAGATAAGAGATAGAGAAACATCAAGTAGGAAAACTTTTCGTTTTATGTATGGATCGAGTATTCTAAAACGGACACACCAATGATGGAGATGAGGCAAATAAAGAGACGAAAGGACTATTGAATAAAAGATTTGTGAAAGAGTAGGGAAGTGATCTTTTTGAGATAACTTCCTTCCTTTCTATATAGTTGGAACATACACTTTTTCACACTTTAAGAAAAAATACTCAAACTTCTTTAATATAAGGGTAAAAATTAAAAGTACATGGTTCTATTATTTTATTTGTGAATTGCTTGAGAGGTTATAGTTAATAAAGAGAGTAAAGTGAGGGTGAAATGTCATATCATACAAAATAGTTTTCCATCTACAGTGTGTTGCAAAATTTTCATTTTAGGGAAGTGTTGAAAATAAAATAAAAAAGCAGAGAAAATATTATTTTATACATTTTTTAAAAATAATAGTTAAGATTCTTATATTATAAGTACTACGTAAATGGAGTACGTATAATTTTTAATAGTCCTATTATAAGTGTTACAGAGTTGGAATATGTATAATTTATTAATAATATAGTCATATTATAATTTTAGCAATATTATACTGCGCAGTGTACATAGAATGTATGCATACCCATTTGGAACAAACATACATTCAGTACGTTTTTGGTCATATATTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTTGACAAAGGCTAACTAAACAACATTAATTATGGGAAATTGAAAAACATATTGGTCATACATTTATGTTAAGAAAAATTAAGAAAAATATAATTTTTGAACAACCTAATAACACATATATTATAATTTTTGAACAACCTAATAAACATATATTCTAGTACGAAGTATATATATTTTATAAATTAATTTGATCATAAGGTTTTGTTAAATATCTTGTTAGTTACTGTAAAAAGGATGTCAAATAAAGATTATAGTATTTTAAAATCGAAAGTGACCGACCCGAAAGAAAGTATAGGCATACGATGTAATCTCAATTAAGTATAGGGTAGGGCCCCTCATAAAAAAGTATAGGTATATTCACTTTCTGGTTGTCACATAATTGAGATTATATCGTATGAGATTGAGATTAATTAGTTGATTCGTGCATTGGGTTTTTAGTAGTTACGCTCATATGAGAATATACATTTAAAGTTAGCACAAATTATAATGTTTTAGATTATATGTGTTGTGAAAGTTTGTTATGAATAGTATCATGGTTATTGAGATTGGAAAGATATATATTTTTTTTGGCATTAGCTTACTAAAATTGGAAGAGTATGTCGTTGGAAGGAGGAGCATTTTGGTGAGCAACATTTATTTTTAATTGGAGAAGCTAAATAAAAAATAATAAAATACTAATAATGACATGCGTAATATTTTTTGGATCTTTATTAGTTTTAGAGAAAAATAATATACCGTAGTTATAATATTTAACATATATATGGAAATATTTTTTACAATAAAATATATTTTTTGCTAAGTTTTAATGGTATGTACTCCATAATTCGTATATTTAGTAATACAGGAAAGATATTATTTTGTGTTATATTTTTTAAGTTTAATTATTTATACAAAAGAGAGGAGAATCATATAGTGACATTTGTCATCACCACATTGATTTCCTCTCTTTTAGTATATTATATAGATTACAAATCTTTGATTGATTTACAGCTAGAATAAATCTTTGATTGATTTACAGAATAATATAATATGCTTTGACTTATTTACACAATCCTGTAATATAATTAAATGTCATATCTATTCTATCAAAATCCTCAAAGGGTTTTTCTAGAGAGAGCCCAAGAAAACCCCAACAAAATCTCTACTAGCCGTCGCCCTCCATTTTTAGTCGTTTCTTCAGATCTTTGTAACACAAACCATTTTAAAGACCAAGAAATTCAAAATTAACCGAAATAAAATTAGGCATCACCACACCACCGACGACGATACTGTGGCGGAAACCCAAGGTGGTTAGCCTAAATAAGAAGGGCGAGATGAGATACTTGATGTGCATGTCGTATGGGTTTTGAGATTTTAAATCAAGAACTAATTCAATCAATTGAGGGAGAGATTGAAATCAATACCAATTAGGGAGGTAACAAAAGTGGCGAGAACGACAATGTCGGCCTACGAGTGAGGGCGACGTTGGCGCTTTACAGCCGTGGCAACCAAGAGCAAAGAGGAGAGAGAGAGAAGCAACAACAAGATAAACAACTGCATCAGCGATGCCGACTTGAAGGAGGTGGTGGCCGGCGACGCAAAGGAACGAGGAGGAGAGGTGGTGGCCGGCAACGCAAAGGAATGAGGAAGAGAGGTGGTGGCTTGGTTGGTGGTTTTC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ATGAGCAGCATCGGAACCGGCTACGACCTCTCGGTCACCACCTTCTCACCAGACGGTCGAGTTTTCCAAATTGAGTACGCTTCTAAGGCCGTCGACAACAGCGGGACTGCCGTGGGCATCAAATGCAAGGATGGAATTGTTCTGGGTGTTGAGAAGCTTATACAATCGAAGATGATGTTACCGGGCTCGAATCGACGAATCCATTCTGTTCATCGGCACTCTGGCATGGCAGTTGCTGGATTGGCTGCAGACGGAAGGCAAGTAGTTGCTCGTGCTAAGTCAGAAGCTACAAACTATGAGAGTGTGTATGGTGAAGCTGTCCCAGTGAAGGAACTTGCTGATCGTGTTGCTAGTTATGTTCATCTTTGCACACTCTATTGGTGGCTCAGACCTTTTGGATGTGGAGTCATTCTTGGAGGTTATGATAGAGATGGGCCACAATTATATATGGTTGAGCCGTCTGGGATTTCATATAGATATTTTGGTGCTGCTATTGGAAAGGGAAAACAGGCTGCAAAAACCATATACAAGGTTCATGATGAAGCAAAGGACAAAGCTTTTGAATTGGAGATGAGTTGGATTTGCGATGAGTCAAAACGTGAGCATCAAAAGGTTCCTGATAACCTTGTAGAAGAAGCCAAAGCCGCTGCAACTGCTGCATTAGAAGAGATGGACGCTGACTGA MSSIGTGYDLSVTTFSPDGRVFQIEYASKAVDNSGTAVGIKCKDGIVLGVEKLIQSKMMLPGSNRRIHSVHRHSGMAVAGLAADGRQVVARAKSEATNYESVYGEAVPVKELADRVASYVHLCTLYWWLRPFGCGVILGGYDRDGPQLYMVEPSGISYRYFGAAIGKGKQAAKTIYKVHDEAKDKAFELEMSWICDESKREHQKVPDNLVEEAKAAATAALEEMDAD Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo22439.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902238707|gb|KNA25284.1| (hypothetical protein SOVF_007100 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 442.6 bits (1137), Expect = 4.200e-121 Identity = 227/249 (91.16%), Postives = 227/249 (91.16%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. NCBI nr
Match: gi|3914431|sp|O24362.1|PSA3_SPIOL (RecName: Full=Proteasome subunit alpha type-3; AltName: Full=20S proteasome alpha subunit G; AltName: Full=20S proteasome subunit alpha-7; AltName: Full=Proteasome component C8) HSP 1 Score: 438.7 bits (1127), Expect = 6.100e-120 Identity = 223/249 (89.56%), Postives = 227/249 (91.16%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731356420|ref|XP_010689667.1| (PREDICTED: proteasome subunit alpha type-3 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 433.7 bits (1114), Expect = 2.000e-118 Identity = 219/249 (87.95%), Postives = 225/249 (90.36%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. NCBI nr
Match: gi|823172900|ref|XP_012485277.1| (PREDICTED: proteasome subunit alpha type-3 isoform X2 [Gossypium raimondii]) HSP 1 Score: 432.6 bits (1111), Expect = 4.400e-118 Identity = 209/227 (92.07%), Postives = 221/227 (97.36%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. NCBI nr
Match: gi|763768369|gb|KJB35584.1| (hypothetical protein B456_006G121400 [Gossypium raimondii]) HSP 1 Score: 431.8 bits (1109), Expect = 7.400e-118 Identity = 208/227 (91.63%), Postives = 221/227 (97.36%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9S266_SPIOL (Proteasome subunit alpha type OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_007100 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 442.6 bits (1137), Expect = 2.900e-121 Identity = 227/249 (91.16%), Postives = 227/249 (91.16%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QP82_SPIOL (Proteasome subunit alpha type OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_157090 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 438.7 bits (1127), Expect = 4.200e-120 Identity = 223/249 (89.56%), Postives = 227/249 (91.16%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8BLM3_BETVU (Proteasome subunit alpha type OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_9g208510 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 433.7 bits (1114), Expect = 1.400e-118 Identity = 219/249 (87.95%), Postives = 225/249 (90.36%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0D2NR28_GOSRA (Proteasome subunit alpha type OS=Gossypium raimondii GN=B456_006G122000 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 432.6 bits (1111), Expect = 3.000e-118 Identity = 209/227 (92.07%), Postives = 221/227 (97.36%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0D2RUQ1_GOSRA (Proteasome subunit alpha type OS=Gossypium raimondii GN=B456_006G121400 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 431.8 bits (1109), Expect = 5.200e-118 Identity = 208/227 (91.63%), Postives = 221/227 (97.36%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PSA3_SPIOL (Proteasome subunit alpha type-3 OS=Spinacia oleracea GN=PAG1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 438.7 bits (1127), Expect = 3.800e-122 Identity = 223/249 (89.56%), Postives = 227/249 (91.16%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PSA3_ARATH (Proteasome subunit alpha type-3 OS=Arabidopsis thaliana GN=PAG1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 415.6 bits (1067), Expect = 3.400e-115 Identity = 208/249 (83.53%), Postives = 221/249 (88.76%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PSA3_ORYSJ (Proteasome subunit alpha type-3 OS=Oryza sativa subsp. japonica GN=PAG1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 395.2 bits (1014), Expect = 4.800e-109 Identity = 196/249 (78.71%), Postives = 214/249 (85.94%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PSA3_ACACA (Proteasome subunit alpha type-3 (Fragment) OS=Acanthamoeba castellanii PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 280.0 bits (715), Expect = 2.300e-74 Identity = 141/243 (58.02%), Postives = 182/243 (74.90%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PSA3_DICDI (Proteasome subunit alpha type-3 OS=Dictyostelium discoideum GN=psmA3 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 268.5 bits (685), Expect = 6.800e-71 Identity = 132/245 (53.88%), Postives = 173/245 (70.61%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT2G27020.1 (20S proteasome alpha subunit G1) HSP 1 Score: 415.6 bits (1067), Expect = 1.900e-116 Identity = 208/249 (83.53%), Postives = 221/249 (88.76%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G47250.1 (20S proteasome alpha subunit F2) HSP 1 Score: 130.2 bits (326), Expect = 1.600e-30 Identity = 69/167 (41.32%), Postives = 94/167 (56.29%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G42790.1 (proteasome alpha subunit F1) HSP 1 Score: 130.2 bits (326), Expect = 1.600e-30 Identity = 69/167 (41.32%), Postives = 94/167 (56.29%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G53850.1 (20S proteasome alpha subunit E1) HSP 1 Score: 127.9 bits (320), Expect = 8.100e-30 Identity = 78/220 (35.45%), Postives = 113/220 (51.36%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22439.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G14290.1 (20S proteasome alpha subunit E2) HSP 1 Score: 127.9 bits (320), Expect = 8.100e-30 Identity = 78/220 (35.45%), Postives = 113/220 (51.36%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo22439.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo22439.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo22439.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo22439.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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