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Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TTTATCTGACTGTAAAAAAACAAAAACCTCCAATTATGGTCAGGTTTTGGATCGGAGCATGGCTCAACCCGATCAGTATACGCTGTATACCCAAGTCTCCCACAAAGAAAACCGGGGGGTCTTCGATGAGTTCGATCGTTCTCCATCTTCCTCCTCCGTATTCCGTAAGTTTAAAGTTTCTCCCATAGTCCCATTGTTGTCCAGAAAAACAGTCTAGGAATCTGCACAAATCACTCCAAATTTTAGTTCTTAATTCATCTAGAGAGAGATAAAGAAAGAAAATTTGGGAAGAAATGGAGAACGAAGGGACAGAAGCCTTGAAATACGTATGGAAAGGAGCTATACCCCTTCAAATTCACCTCCATGATTCTGAAGTCGCCACTCTTCCTCCTCCTCCCCCAGTTCTGGTCTGCATTTTTTTTTCATTATTCACTTTTGGGTTTTTTCTTTTTTTGTTTTAATTTGCTTTTTGTTGTTGCAGTTTTACTAATCTTTAATCCTGTGATTGTTGGGTTAATTCTAGTTCTTAGTTTGATTGTCATTTTCTTCTTCGTTTGGTCTTTGGTGTGACACTAATTAATGCAATTTGTTGCTGATTTAGGTTTGTTGGGTCTATGCTAGAATCTTTAGTTACTAGTTGGATTGCCAAATGAATATTGTTGTTGTCTAACACTACTCAATCTAACTAAGTTGTTGCCTATTATGGTAGGCTGAGCATTTTACAGAATCCAGTTAGAGGTGATTGTATGTTGTGTCGTCGAACTGAGTAAAGGTGTAAACAGTTTCTTTTTATGTGACGCTCAACAATGGTGGAGCCACTATAGGAGGTGAACTATTATGTAAGTTAGTTTGGGAGGTTAGTAGATTACCTCCAAATGGGGTTAATGGGTTTCCCGACGTCCCGTTGTGTAAAAAGTTTACTTCCAATTGGGGCAGTAGATTCATTGATCTGATTCTGACCACCACTCTCAGAACGAACCACCACTAGTGCCACCTCTATCTGTTGACCAACCCCTTAAATATTAGCCCCTAAATTGATTAATATTATCTCCTAATTCATGAGCATGGCGGTAGTGGAAATTGATGTTGGTGCTTCTGAGTTGAGCAGGTGAAACTTCAATGGAATGAATGATAAACGTTGATACTTTCATGTTTGTGGATTCAAGTTTGTGAAGAGAATTTCCTTTGTTCTGACATGTAGGTCCGAACTTGGTCTCATAATTTAAAAAGTGCAAATCACATCAGGTGCTGTGGTTTTTGTTTTGTGAATGTTTCAAACTAAGGTTTCATTTGTGAAGTAATAGGGATTTGTATTGGAGATCGGAGATCCTCTTGACAGAGAGGTCCAACAATTGAGATTATAAAAGAGGTTGTCCTTAGTTTGTGCATGTTGTTGAAAATATATCCACAAAATTAATAGTGACATCTACTCTATTAGGGTGGACTGGGAAAAGTAGTTTATTTCTTTTTGGATTGAGTGGTGGAGAGAGGATGGACATGATACAATAATCTAAATTATATTTTGATGAATTCATGTTACACCTATGTTTCAGAGAAATGGGATGATATGACTGTTGCATGGATGATCAGTAGTTTGGTCTCATGAATGAAAGGCAAGGAGAGTTTCTGTTGCATAGAAAATAGAAAATCTGATAATGGTGTCATCATCATAAGAAAGCTAGTGACCATGGTCCATGGTGATGGCCTTACTATATTATTATTATTATTTTTTTCTTTCTGTTTTCTTGATTGAAGAGGCAATGGTATTTTTTAACTGAACAAAGTCGGGAAGTTGATATGGCTTCTAATGTGACATGTTTATCTTTTGATTATGTGTGGAGATCATATATTGGATATTGAAATGAGAAATTAGTTAAAAAAGTATGTCTGTGGAGCTGATGAAATTAAAATTTTGGTTTATGGTGAGGACTGACTGAAGGAAATAGGTCCGGTTGTATGTTCTATTGGTAACTATTTTCTCCTTCCACAATCCACACCAATTTCAATGTCTTGCTATTTATGGTGAGAGTATTCTCCTTTGCGCCCCCATAATTTACTGTCAGCGTATTAAGAGTTGAGGCACTATTAGGATATGAAGAGCATATGTGATTTGTCAAAATACATAAATTAGTTTCCTCTTAAATTTTCCTTGTCCTTGCTCTATGAGCTTCTAACAACTAGTTTTTTCTTTTTTAATAGTTTACATCTTTTCTTGTCCTTAACATGATTCTCTTTGCTTTACTCAGACATGAGATTTCCTTGTTTTCATATTTTTATATGTATGCTGCTTGTTTTGGTACTGCAGATATTAGCTCCACGGATAGGTTATCTGCCACTGCTAGCACCTCAAATAAAACCCCTCTTCAGCAGTACACTTCCTCCAGGGGATGATACTGTTTGGTTTGAGTACAAGGGATTACCCCTAAAATGGTATAGTCCTGAACTTATTTTGTGAATGTCAGACTATTATATTGAATAGCATCATCATTGTATTCATGAACTCAAGTTCTTATGAATAAGCTTTATAAACTTTGATCCTCAATTTTTTTTCCTGATGCTACCTTTTGAGGTTTAGCAATTACTCCCTCCGCCCCTAAAAGACTGCCCCATAGGAAAAATACACTTTATTAAGAATTGGGTATAATCAAAAGCAAATGAGTAGGTAGGTTTGTCTTTTAGTTAGATTAAATAATAGTGTGTGAGGAGAGACATATGGAGACCACAAACTAAATAAGGTATGGGGCAAACAAACAGGGATATCCATTTATGGTATATGGGGCAATCTTTTATGGAGGGAGGGAGTATCAAACACCTTTATGGGTTAAAGGTAGTTGCATGTCATGATCAGCATAAATGAAATATCTCAGAGAAACTGGATGATCCTACATTAGATGTTTCTAATGAATGTTGTTTCTCTAGGGAGTATGAGAAACATAGCTTGTTCATGGTGGTGATCTGTTCCCCGGCTGGTTGTTGTTAACAAAGCAGCAGCGCATTTTGATTTGCTTTCTCAAAACTATGGAATTATTTTAATTTTGTAAATGTGCTCATGAGTTGCCGTATCATTATACCTTGCGCATATTGTTTCCATGCCATAACCTTATTTGCAGTGTTATACGACATCACTCACGCAAGTCTTAAACAATATGAGTTACTGACCTATATGTATAGACGAAAGTCATGCAGATGTTATCCTTTCCTATAGTCATAATTGAATAACAGATTTGGAGTTGTCATCACGGGTGTGTCTTTGTGCAGGTATATACCAACTGGCGTTCTCTTTGATCTTCTTTGTGCGGAGCCTGAGAGACCTTGGAATCTTACGGTAAGTTTAACTTGATATTTCTAAAAATTCATTTTATGACTGCAGGAACTGCAGATGAACAAGTAGTTGGACATGTAACTTTGGTTGTGTTTACAGTGCATAATTGCACTGGGCTAGAAATTAAGGATAGGATTCCAAATCATGTGCTTTTTTGGTTAGGGAAACCATCAATTGCATTTTATTTTGTTGTTGTTTCTTAAGCATTTCACAATTTTTGATGGATTTTGTGGCTTGTAGTCTACACTTTATTTTGTCATATCTAGTTGGATTTTGTAAGGGTACTCTGTTTTTCCATTTGTTGTTGTTGCTTCCCCCAATCGAAAAGTTAAAGCCCCTAGCTAAATTAGTCAAAGAGGCTGAATTATGAATCCATGTTGATAACGTCTTTTTTTCTTCTGGCCTGGTTTTATCTTCTTAAACCAAGAATCCATATGGATAACATTAGTCCCCCCCTTCCCCTTTGTGTTAATCTTTTTTTTTTAAAATTTTAAAATTTTTTTTAACCTTTACAGGTGCACTTTAGAGGTTATCCAAGTAACATACTGGCCCCATGTGAAGGCGAAGACGCAGTTAAGTGGAGCTTCATCAACTCTCTGAAAGAGGTAAATTGCATGGAAAACTAAATGCATTTTGTGGCTAGATACATATATATATATATATATTCCCTGCACATGCATCTTTGTGAAGGGAAGCTGTATACTCTGTTATAGGTGCTTGTGACTGTAGAAAATGTATGTTGACTTTCACTTGCTGAGTTACTGATGTGGTTTGTAGTGTGAAGCTCTCAGATTGAATATTAAATCATTGTATACGTTATGAATTTATTCCGCAGCTCTTTCAAAGGATCATCTGGTATTTACTGGAAGGACTTCAGGGGGGGGGGAGGAGTGTAAGAAAATCAGGAAAAGATGGTGGCGGCGGATGGCCTATGAAATGCTAGGAATTGGGGGTGGGGCGGGGAGGAGTATGAGCAAGTCAGGAAAGGATGGTGGTTGCAGTGATGTCTGAGGTGGCCTATGAAATGCTAGGAGTGGGATAACTTTTACCGTCGCATTAAATTTCGTTGGGTGGTTGATGTATGTGTTGGGTGAAGAGAGAGGGAAGGGAGGAAAGATCCTTGTGACCTGTTAGCATGCTCTTTCAAAAGTCCTCTTGGTCGGGAAGTTTTTGTGGTTAAAAGATCGATGGAGAGCATCCTTGAAAGTTTGGACAAACATGATTGATTTTACGGTTTTTACCCAGAAAGAAACTTTTACGAAAGCAAAAACTGCGAACAGGGCTCACTCTAGGATGTTTTGATGTAATTAATATGTTGTAGACAGTTAGACATGGAGGAAGTCATGTTTTTGAACAAAAAAACTGAAAATTGTAGTTATAAAGCTTGAAAATCTCTACCACATTGCATAACCCAGTAATATGAAAAGCTCCATCAGATGATTCAGATCTACTATATACCCATGAAATTATCTAACTAAAGAATATCAAACACAGCCTTCTATGATCACAAATAGCCTAGAATTGCAATGACATATTTTTTCCCTATGAATTTCACGTCTTTGTTCTTTTCAAAATCCAAGAGCACGGGGTATGAAACAACCTGCAGGAACCATATATCCTCTTATATATGGAACTACTTTCTTTGTACATAACTACTTTCTTCACAAAAGTT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ATGGAGAACGAAGGGACAGAAGCCTTGAAATACGTATGGAAAGGAGCTATACCCCTTCAAATTCACCTCCATGATTCTGAAGTCGCCACTCTTCCTCCTCCTCCCCCAGTTCTGATATTAGCTCCACGGATAGGTTATCTGCCACTGCTAGCACCTCAAATAAAACCCCTCTTCAGCAGTACACTTCCTCCAGGGGATGATACTGTTTGGTTTGAGTACAAGGGATTACCCCTAAAATGGTATATACCAACTGGCGTTCTCTTTGATCTTCTTTGTGCGGAGCCTGAGAGACCTTGGAATCTTACGGTGCACTTTAGAGGTTATCCAAGTAACATACTGGCCCCATGTGAAGGCGAAGACGCAGTTAAGTGGAGCTTCATCAACTCTCTGAAAGAGGCTACCTACATAATTAATGGAAACTGTAAGAATATTATGAACATGTCACAGTCAGATCAGTTGGAATTGTGGCAATCTTTAATAAATGGAAATTTGGAATCCTTCCTCAAGGTAACATCAAAGCTGAAGCTTGGAGCAGTTGACGATGATTACTCAGCAAAACTGTACCCAACAATAAAACCTTTGTCTGATGCCGGTAATACAGATAATCCTGGTGCCAAAACAGGTAGGATTCCAGTTCGGCTGTATGCTAGGATTTTTACCAAGGTGTTCGATGACTTGGAAGATGCCCCTGAGATTGACAGCTGGGAGAAAATTTCTTACATAAACAGACCCATTGGACTTGATAAAGATGAAGGTAAATGCTTTGCCCTAAGTGATGCTATGAAGACTCTTCTCCCAGAGTACTTTGGAGAAGGCAATAATGAGAAAACAACCGAAGCGGAGGTTAAGGAAGTACATTCAGAAGATGCTGACGACACAAAAGATGTAGAAGAGGCGACTACATCAGTTGGTGAGCATACTGAAACCAAACAACCATCAGTAAGTGCTAAAATCAAACTCATTCGAATTCAAGGCATTGAGCCAAAACCCGAGATCCCGTTCTCTTGGGTAGTCAACAACCTAATGAACCCAGATCACTACCTTCACATATGTGTGTATTTGATTCATTGTTAA MENEGTEALKYVWKGAIPLQIHLHDSEVATLPPPPPVLILAPRIGYLPLLAPQIKPLFSSTLPPGDDTVWFEYKGLPLKWYIPTGVLFDLLCAEPERPWNLTVHFRGYPSNILAPCEGEDAVKWSFINSLKEATYIINGNCKNIMNMSQSDQLELWQSLINGNLESFLKVTSKLKLGAVDDDYSAKLYPTIKPLSDAGNTDNPGAKTGRIPVRLYARIFTKVFDDLEDAPEIDSWEKISYINRPIGLDKDEGKCFALSDAMKTLLPEYFGEGNNEKTTEAEVKEVHSEDADDTKDVEEATTSVGEHTETKQPSVSAKIKLIRIQGIEPKPEIPFSWVVNNLMNPDHYLHICVYLIHC Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo19959.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902226457|gb|KNA20386.1| (hypothetical protein SOVF_052660 isoform A [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 740.7 bits (1911), Expect = 1.200e-210 Identity = 357/357 (100.00%), Postives = 357/357 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902226458|gb|KNA20387.1| (hypothetical protein SOVF_052660 isoform B [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 732.3 bits (1889), Expect = 4.200e-208 Identity = 357/368 (97.01%), Postives = 357/368 (97.01%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731366261|ref|XP_010694973.1| (PREDICTED: autophagy protein 5 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 654.1 bits (1686), Expect = 1.400e-184 Identity = 315/359 (87.74%), Postives = 334/359 (93.04%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. NCBI nr
Match: gi|747097906|ref|XP_011096936.1| (PREDICTED: autophagy protein 5 [Sesamum indicum]) HSP 1 Score: 489.6 bits (1259), Expect = 4.700e-135 Identity = 242/354 (68.36%), Postives = 277/354 (78.25%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. NCBI nr
Match: gi|590648662|ref|XP_007032216.1| (Autophagy protein Apg5 family isoform 2 [Theobroma cacao]) HSP 1 Score: 487.3 bits (1253), Expect = 2.300e-134 Identity = 238/352 (67.61%), Postives = 281/352 (79.83%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RLI8_SPIOL (Autophagy protein 5 OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_052660 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 740.7 bits (1911), Expect = 8.200e-211 Identity = 357/357 (100.00%), Postives = 357/357 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RNG4_SPIOL (Autophagy protein 5 OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_052660 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 732.3 bits (1889), Expect = 2.900e-208 Identity = 357/368 (97.01%), Postives = 357/368 (97.01%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8B9P7_BETVU (Autophagy protein 5 OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_4g096660 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 654.1 bits (1686), Expect = 1.000e-184 Identity = 315/359 (87.74%), Postives = 334/359 (93.04%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A061EFI9_THECC (Autophagy protein 5 OS=Theobroma cacao GN=TCM_017687 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 487.3 bits (1253), Expect = 1.600e-134 Identity = 238/352 (67.61%), Postives = 281/352 (79.83%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: V4U4U7_9ROSI (Autophagy protein 5 OS=Citrus clementina GN=CICLE_v10005246mg PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 478.4 bits (1230), Expect = 7.600e-132 Identity = 234/351 (66.67%), Postives = 281/351 (80.06%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ATG5_ARATH (Autophagy protein 5 OS=Arabidopsis thaliana GN=ATG5 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 436.4 bits (1121), Expect = 3.000e-121 Identity = 210/349 (60.17%), Postives = 263/349 (75.36%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ATG5_ORYSI (Autophagy protein 5 OS=Oryza sativa subsp. indica GN=ATG5 PE=3 SV=2) HSP 1 Score: 390.6 bits (1002), Expect = 1.900e-107 Identity = 194/357 (54.34%), Postives = 253/357 (70.87%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ATG5_ORYSJ (Autophagy protein 5 OS=Oryza sativa subsp. japonica GN=ATG5 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 386.7 bits (992), Expect = 2.700e-106 Identity = 193/357 (54.06%), Postives = 252/357 (70.59%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ATG5_NEOFI (Autophagy protein 5 OS=Neosartorya fischeri (strain ATCC 1020 / DSM 3700 / FGSC A1164 / NRRL 181) GN=atg5 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 129.0 bits (323), Expect = 1.000e-28 Identity = 74/200 (37.00%), Postives = 108/200 (54.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ATG5_EMENI (Autophagy protein 5 OS=Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) GN=atg5 PE=3 SV=2) HSP 1 Score: 128.6 bits (322), Expect = 1.300e-28 Identity = 82/227 (36.12%), Postives = 120/227 (52.86%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19959.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G17290.1 (autophagy protein Apg5 family) HSP 1 Score: 436.4 bits (1121), Expect = 1.700e-122 Identity = 210/349 (60.17%), Postives = 263/349 (75.36%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo19959.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo19959.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo19959.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo19959.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 1
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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