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Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideCDSexonthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGTCTCTGACCGTTTTTGGCTGTTGCAACATTCATTCCGTCGGAGTTGCGCTAATCCTGGAGGGCGACCGCATTCTGTTCTACCGCATTCTGTTCTTCGTTCAGTTCATCGAATCAGATAAGTTTGTTCTAATTTTCGCTTTAATCGCAACACAATCAACCTCCCAAAAAGGCGGGTTCTTCGGGCTTGGGCTCGAAGAACCCGCCCATAGAGTGATAAACTCCTTAGGAAAATTCCATGACAGGAATTTCCTTAGCATATTTAGGTTCAAAACATGGTGGTCTACTCAATGGGTAGGAAAATGTGGGTCGGATTTACAAATGGAAACTCAATGGTTGTTACTTGAAATTCCTGAAATTAAGTTATATGCTCTTATTGTGCCCTTAATTGAGGGTGGGTTTAGGGCTGCCCTTAAACCTGGGGATGATGATGATCATGTAATGGTTTGTGTGGAAAGTGGTTCTACTAGTGTTAGGGAATCAAACTTTAAGTGTATAGTTTATGTTCATGTTTGTGATAACCCTTATAATATAATGAAAGAGGGTTTTAGTGCTATTAGGGTACACCTTAACACATTTAGGGTTCTAGAAGAGAAGGGCACCCCTAGTATTTTGGACAAGTTTGGTTGGTGTACTTAGGATGCATTTTACTTGAGTGTTGAACCTAAGGGTGTGTTTTATGGGGTGGATGAATTTGTACAAGGAGGGTTTTCGGTTCGATTTTTGATTATTGATGATGGGTGGCAAAGTGTTAATTGTGATGAAGATGAGCTAAATGAAGATAGGAATGGCCTTGTTTTAGGTGGTGAGCAAATGAATGCAAGGCTTCATAGGTTTGATGAAGGAGAAAAGTTTAGGAAATACAAAGGTGGTTTGTTGTTAGGGCCTAACCCTCCTCCCCTTAAAGATGGTCAGTTGATCGGATCTGAACCAGCCCATCCTGACACAACACATAATGGATCATGTGGGTCAGATCCACTTATGACCCATAATTCGACCCACCTTGAGTTAACTAAGGCAGGCCGTGTGTCAAATATCTTCAACCCACAACCCACCAAATTCACCCATGACCTACCTTACCCGCCACGTTGGCCATCTCTATCTCCCCCTTATAACCCTCTGAAGCCAAAGTTGCTCATCTCGAAAGCTATCGAGATCGAGCAGGCTCAGAAGGACCTTAAGAGGTTTGTTCAAAAGGGACTTGAGGCTGATTTCTCTTCCCTCGAAGAGAAGATCCAAGTGTTAAAGCATGAGTTAGATGAGTTGATGGAAGGTGAAAACGAGAGAGAATCAAATGATAAAAGTAATGAAGTTGAGGAGTAAGTTTAAAGGGTTGGATGATATTTGGGTGTGGCACGCTCTTTGTGGTGGTTGGGGCGGTGTTAGGCCGGAAACAACCCATCTTAATGTAAGTGTAGTTCCTTGTAAATTGTCTCCTGGTTTAGCTGGAACAATGGATGATCTTGCTGTGGATAAACTTGTGGAAGGTGGAATTGGATTAGTTCATCCTGATCAAGCTGGTGAATTCTATGATTCAATGCATTCCTACCTTTCTAGTGTTGGAATTACTGGTGTTAAAGTTGATGTTATTCAAGTAAGTAATTATTTACCTTGATATACTACCTCTGTTTCGATATAATGGTTACACGTACTTCTAATTTTGACATGTACTATACACAAACTCCAGTTTGGACATCGTTTGTGATGTATACGTAAGGAAAAATATATACTTTGTCCCTTCTCTTTTAATTGCAACGTTTTGACTTTGATAATTAATAGTATCTCAGTATAAGTAAGAGTTATAAAAAGTTGATTGATTCTGTTAAAATATAAATCGAGATGAATCTAACAAACAAGATCTCACGTGAATATGTTTTAGTTTATGTATAAATAAATATTACAACTAAAAGAGAAAAGAGGAAATATATCGATATTATTCATGTAGGATCTTGTTGGATTTCTTAATAAAGAGGAAATATATTGTTTTTCTTTTTCATTGTCTTGTTTGTTTACTTAAGGTGTAAGAATAATTGTTTGTTTTGCTTGGGTAATTCTTTTTGTAGACACTTGAATATGTCTCGGAGCAATTTGGAGGTAGGGTGGAGCTTGCAAAGAAATATTATGATGGATTATCCAAATCTTTGGAGAAGAACTTCAAAGGCACTAACCTCCTTTCAAGTATGGAACAATGCAATGACTTCTTATTGCTTGGAACTAAACAAATATCCATGGGAAGAGTAGGTAAGAACATGGCTTCGTTAACTCTTTTTCACCTGAATTTCCCTTATATGAACTTAAGCTCTGTTTAGTTCAACTAAATTTGATTGGAATTAACTTATCTGAACTTAATTGAACTTATTTTTGCTGAAAAGAACTTTTTTGTGTTGAATTTTCTGAAAACTTATATTTACCCTCAACTTACATAAACTTATTTTTGTTGAAATAAGTTGAAATAAACAGACCCTTATTCAAGTTATTATGATACGGAGTATGTTTCATATTTATTGGCGTCTAACTTGAATTTAATAAGAAATATAAGGGGTTTTTTGAATATCCTAGTCAATTATGTTTGTATTTGGCCTTAATAGTGTGTATGATATAAACAATAGGTGATGATTTTTGGTTCCAAGATCCAAATGGAGACCCAAATGGGGTGTTTTGGCTACAAGGTGTGCATATGATACATTGTTCATATAACAGTTTATGGATGGGTCAGATAGTCCACCCTGATTGGGATATGTTCCAGAGTGATCATGTTTGTGCTAAGTTTCATGCCGGCTCTCGCGCCATTTGTGGTGGACCGATCTATGTAAGTGACTCACTTGGTGGCCATGACTTCGACCTAGCTCCTTAAGAAGCTGGTTCATCCTGATGGAACCATCCCCAAATGTCAAAACTATGCACTCCCAACTAGGGATGTTTTGTTCAAGAACCCTCTCTTTGATCAAGAATCTATTCTTAAGATATGGAACTTCAACAAGGTAGTATTAATTGTTTTGTTGCCTTCTAAGGTTTTTGTCACAAATATTATGTACCCCATATTTTTTTGGTCAGAGAGATCCACAAAGGGCAAAACCGACTATACCCTGTATAAAAGTACTAATTTCACGTTATACTTAGCTAGGTTCGGGTATATATTAGGTTTAGGTCATATGCAATGAGTCTTTCCTTTCAAATTAGGCCGATTTCGGACAAGTTATATTCGGGTAAGGAACGTACGGTCAATAAACTAACAAGAAAAAAGTTGAAAAATAGAGTAAATAGACGGTCCATGTAAATACTAATCTATTCATATGTTTATTTTTACGTAATCTATTTTATTTTACTAAATTATTGCCTTTACATTGACCCCGACCCTTTATCCAATGTACTACCCTGTTCAATAATCAGGTCTAATACGTACAAAGTACTAGTGTATTATTAACCTAGAGATTTTGGCCGGGCTGACTTTTGTGTATAATTTATGTTTGAAGTATGGAGCTGTTATTGGAGCATTTAATTGCCAAGGAGCAGGGTGGGACAAAAAAGAGAGAAGGATCAAAGGCTACAAGGAATGTTACAAAACTATGGAAGGTTCCATACATGTAAAGGACATAGAATGGGATCAAACATTAGAAGGTATAGAAATGGGTTGTGTTGAAGATTATGTTGTCTACCTTAACCAAACAGACTCACTTCTTTGAGAGTGATGGATAGCTCAGTTGGTTAGAGCTTCCATCCCGATTCCAGGTGATCTTGGGATCGATTCTCATCCCCGCCCTTGTGGCTCATTAGCACCAAAAAAAAAAAAACAGACTCACTTCTCTTGGTTACAACCAAATCCGACCCAATCCGGGTCGTATTGAACCCCTCATCTTTCGAACTTTTCACCTTTGTTCCGGTCAAGAGGCTAGGACGAGTTGTAAAGTTCGCGCTAATTGGTCTAACCAATATATTTAACAGCGGAGGTACGGTCCAATTAAGAACTCGAGTTTGGGGACTTGAGTGCTAAGATTAAGATCAAAGGAGGAGGGTGCTTGTTGGCCTACTCAAATGAGGAACCAAAGAAGTGTATTGTAAATGGTGAGGAAGTGAGATTTGAGTGGTCTAATGATCAATACAAGTTGATGTTTAATTTGTTTTGGATTGAAGAGGATAGTGGTGTTTCTCAAGTCATTGTTCAATATTGATTAAGAGTGTAATGATTTTGAGAGCTACTAATAATTTTGGGTTTTTCTACGTTATATCTCTATATTTCATTGATTTCTACGCTATATCCAAGCATTTTAAGATTCACATACCCTCGTAATTGCAAAACTTAACCGTTTTTATCGTTGTCGTTAACCCAATGTTAACCATTTCTATTATATTTTTAAAAGATCAAGAAATTTCTACATTAAGTTGAGTTAACAACAAGCATAAGGTTGATTATAATATAGAAACACCTTAGTTTGTTTAAAAAGTAACCGAGTTTTTAAACGTGAGATTAACAACAAGGATAAGATTGACTACATATTACAATCACAGGGGTACAGTGTGGAAAATTTTAAAATGCATGTGTACAAAGTAGAAATCAAAGAAATACAGGGGTACAACGTAGAAAAACCCAATAATTTTTATCTTTGTCTCGATGATCTATTAATATTGATTTCATTTTTATCCATAACCTGACATTGGAAAAACTAGATCGAGTGAAAATCAAAGTAAATAAATCGTTAAACAATATTAAAATAACACAAAAAATCCGAGCATTGAACGGTCAAAACTAGTTCTATATGATATACAGAGTACTCTCGTCTCGTATTTATTAGAAAAGAATACGAAATACAAGTTTACTTTAGTGCAATGTAGTTAATCGAGTGTGATCATGTATAATATTATTTTTTTGGACCCCAAATTTATTTTTCCCACCTTTGAAAAAACACAATGTTTTTACCTAGTATTTAAAAAGGATAACTATAGATGATTAGATGACATGTGTCACCCCATCTTTTATATACCCATGCATAATTTTA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MSLTVFGCCNIHSVGVALILEGDRILFYRILFFVQFIESDKFVLIFALIATQSTSQKGGFFGLGLEEPAHRVINSLGKFHDRNFLSIFRFKTWWSTQWVGKCGSDLQMETQWLLLEIPEIKLYALIVPLIEGGFRAALKPGDDDDHVMDAFYLSVEPKGVFYGVDEFVQGGFSVRFLIIDDGWQSVNCDEDELNEDRNGLVLGGEQMNARLHRFDEGEKFRKYKGGLLLGPNPPPLKDGQLIGSEPAHPDTTHNGSCGSDPLMTHNSTHLELTKAGRVSNIFNPQPTKFTHDLPYPPRWPSLSPPYNPLKPKLLISKAIEIEQAQKDLKRFVQKGLEADFSSLEEKIQVLKHELDELMEAGTMDDLAVDKLVEGGIGLVHPDQAGEFYDSMHSYLSSVGITGVKVDVIQTLEYVSEQFGGRVELAKKYYDGLSKSLEKNFKGTNLLSSMEQCNDFLLLGTKQISMGRVGDDFWFQDPNGDPNGVFWLQGVHMIHCSYNSLWMGQIVHPDWDMFQSDHVCAKFHAGSRAICGGPIYYGAVIGAFNCQGAGWDKKERRIKGYKECYKTMEGSIHVKDIEWDQTLEDTILNPIQNSAIKRSCASIRCRQFQMINTSILSYNASNLPIPGIKRFNKINIINAVKMELTLTRPDDWHLHLRDGDLLAAVAPYSARHFGRAIVMPNLRPPVTTTAAAIAYRESIMEVLPADSDFNPLMTLYLTDTTSPNEIKLARKSEVVYAVKLYPAGATTNSQDGVTDLLGKCLPVLQEMAEQNMPLLVHGEVTDPDVDIFDREKVFIETVLRPLIQKLPQLKVVMEHITTADAVNFIESCNEGTVAATVTPQHIILNRNSLFQGGLQPHNYCLPVLKREIHRKTILSAVTSGSKQYFLGTDSAPHERQRKESSCGCAGIFNSPVALSLYAKIFEEAGALDKLEAFTSFNGPDFYGLPRNTSKIKLKKEPWKVPEHLSFPFGEIIPMSAGQTLDWKPSF Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo17682.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902188463|gb|KNA11157.1| (hypothetical protein SOVF_137810 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 764.2 bits (1972), Expect = 2.700e-217 Identity = 377/377 (100.00%), Postives = 377/377 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731325160|ref|XP_010673365.1| (PREDICTED: dihydroorotase, mitochondrial isoform X1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 655.6 bits (1690), Expect = 1.400e-184 Identity = 318/345 (92.17%), Postives = 332/345 (96.23%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902146310|gb|KNA05052.1| (hypothetical protein SOVF_193990 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 629.4 bits (1622), Expect = 1.100e-176 Identity = 305/344 (88.66%), Postives = 326/344 (94.77%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731408785|ref|XP_010656978.1| (PREDICTED: dihydroorotase, mitochondrial isoform X1 [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 618.2 bits (1593), Expect = 2.400e-173 Identity = 297/381 (77.95%), Postives = 333/381 (87.40%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. NCBI nr
Match: gi|703080712|ref|XP_010091494.1| (Dihydroorotase [Morus notabilis]) HSP 1 Score: 617.5 bits (1591), Expect = 4.100e-173 Identity = 290/345 (84.06%), Postives = 321/345 (93.04%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QV58_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_137810 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 764.2 bits (1972), Expect = 1.900e-217 Identity = 377/377 (100.00%), Postives = 377/377 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8FG47_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_3g065270 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 655.6 bits (1690), Expect = 9.600e-185 Identity = 318/345 (92.17%), Postives = 332/345 (96.23%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: Q8VXS9_BETVU (Dihydroorotase OS=Beta vulgaris GN=dhoase PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 655.6 bits (1690), Expect = 9.600e-185 Identity = 318/345 (92.17%), Postives = 332/345 (96.23%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QCQ5_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_193990 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 629.4 bits (1622), Expect = 7.300e-177 Identity = 305/344 (88.66%), Postives = 326/344 (94.77%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: W9QNF3_9ROSA (Dihydroorotase OS=Morus notabilis GN=L484_010336 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 617.5 bits (1591), Expect = 2.900e-173 Identity = 290/345 (84.06%), Postives = 321/345 (93.04%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PYRC_ARATH (Dihydroorotase, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana GN=PYR4 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 595.5 bits (1534), Expect = 1.100e-168 Identity = 282/375 (75.20%), Postives = 328/375 (87.47%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PYRC_ORYSJ (Dihydroorotase, mitochondrial OS=Oryza sativa subsp. japonica GN=PYRC PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 572.8 bits (1475), Expect = 7.300e-162 Identity = 269/343 (78.43%), Postives = 305/343 (88.92%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PYRC_LARHH (Dihydroorotase OS=Laribacter hongkongensis (strain HLHK9) GN=pyrC PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 451.4 bits (1160), Expect = 2.500e-125 Identity = 221/341 (64.81%), Postives = 262/341 (76.83%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PYRC_SYNP2 (Dihydroorotase OS=Synechococcus sp. (strain ATCC 27264 / PCC 7002 / PR-6) GN=pyrC PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 441.4 bits (1134), Expect = 2.500e-122 Identity = 212/341 (62.17%), Postives = 259/341 (75.95%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PYRC_NITOC (Dihydroorotase OS=Nitrosococcus oceani (strain ATCC 19707 / NCIMB 11848) GN=pyrC PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 434.5 bits (1116), Expect = 3.100e-120 Identity = 206/340 (60.59%), Postives = 258/340 (75.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G22930.1 (pyrimidin 4) HSP 1 Score: 595.5 bits (1534), Expect = 5.900e-170 Identity = 282/375 (75.20%), Postives = 328/375 (87.47%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G01970.1 (stachyose synthase) HSP 1 Score: 301.2 bits (770), Expect = 2.300e-81 Identity = 136/199 (68.34%), Postives = 167/199 (83.92%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G40390.1 (Raffinose synthase family protein) HSP 1 Score: 261.2 bits (666), Expect = 2.700e-69 Identity = 112/180 (62.22%), Postives = 140/180 (77.78%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G55740.1 (seed imbibition 1) HSP 1 Score: 141.4 bits (355), Expect = 3.100e-33 Identity = 68/168 (40.48%), Postives = 103/168 (61.31%), Query Frame = 1
BLAST of Spo17682.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G57520.1 (seed imbibition 2) HSP 1 Score: 135.2 bits (339), Expect = 2.200e-31 Identity = 75/210 (35.71%), Postives = 109/210 (51.90%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo17682.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo17682.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo17682.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo17682.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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