Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideCDSexon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGTTTCTCCGTTTTTCTCCTACTTCCGTTCGTTTTCAGAAAATTATTTCTTTTACGAAGTTGTAGATCTCGAAAAGTTCTTGAACTTTTTCTCAAGAATCAATCAATTCCGAGTTATAAATTAGACGTTATGAGCGTTCTAAAATCCTGCTGCAGTATTTCAATTTTCACTTTTCTCTCCTCTCTCTTTTGCTCGTGCACGCACAGCCCCTTGCTGCTTGTACCTCGTGACTTCGTGCACGCAACCCTCACCCCTCTCCTTGTTGCTTGCTGCCCTCGTGCCTTCGTGCACGCAGCCACTCGCCTCACACACTCTTGGTCCCTCTCACAGCCCGTGCACTCGTCGTGCCCTGCTGCTGATGTGCTATTGCTGTTGCTGTGTGCGCTGCTCTCGCCCAGCCACATGCCCAGCCCTCGCCCCTCTTTCTCGTGCCCCATCCGTGCCCCTCGTCCCTCTCGTGCCGCACTGCTGTGCGCGCAATGCTGCCTTGCTCTTGTTCTTTCGTCCGCGCGCGCGCACACACGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCTTGTCCGTGCATTCAATTATTTCGCCCAATCACAATTAATTCGTGGTTGTTCCGTGCTATAGGCCGGATTGGTATAATTCTCTTCTTCCTTGCCTATTCTATTTNGCTATAGGCCGGATTGGTATAATTCTCTTCTTCCTTGCCTATTCTATTTCAATTCCGTATTTAAAGCATATTATTATTATTATTATTATTATTATTGGTTTTGATTAATTAAAATGCTGGGATCGGTTATGAACACCGAATTTTGAGGATTTGTATGTTTGAATTATTGAAGAATGTTTTGAATTGAAATATTATAATTTTCATATTTGAAGTATATATTAAAGCTTCAATTTTTATTAGTTTTAATGGTTTTAATTACAAACTATGATTGGAGTTTTAATCTAAGCCTTATGGGCGATTGATTAGCATAATTAGATGATGAATTTAATTATGATAATCAATTATATTTTTCAGAATATTGTAAAGACTTAAAACGTCGACTTTTAATGGTTTTATACATGAAAATAAATTAATTTCATGCTAGGGTTTTAAACGATTGATTGAGACTATTATTTTATTAATGAACGATTAAGTTCTAATTAATTCAAGTGTTTTAAAACTAAACAAAGTTGCTAGAAATTTAGTAAACATGGATAATAATTAAGTTTCTCCATTGTGTTTATAGGAGTTTATTTCTAGTAAGTTGTGATTCGCACAGTGGCCCCCGTACTTAGGTATTCCAGGTACGTACAAGTCTAGGGAGACCACATTAATTGTCAAGGGACATTACATGATTGTTTATGAATGTGAATTGTATTACGTGAACTTGGTGAATTCATAGTTGATTTGGTGAACGATCATGTGAATTATTATTGTTGGAATTATTGATTTGTTGATTGAACAAGCATGTTGGGACTATTGTGAGGATGGATTTCATTGTCAATCATGTTGTTCAATATTTATGCATGTATGGTTTGTTTCACATGCAAGGGACGGATTATTTATTTGTATGCTATTGTACGGGATGTCTAGCATACTTTGAGACAATTATTCGTACTTCGTTGTACTATTTATTTTACCACATGTGAAGGGTTAGCTCACGTAAGCCACTGCACATGTATGGTTTAGTTGGGAATATTTTGTATGAAATGAATTAGGATTTGTCGTGCAAGGGCACAACCCTCATGTTAATGGCATGATGTGGAATCTCACTTTCGTGAGGAGGAACATGGTAGTAATTTCACAAGTGTCTTGCTTTGTTGATCACACGTCCTAAGGCATTAAAATAAGATTGTTTTGGTTGTCGTTTATTAATTGTATATATGTACATTGTTGAGTCTTGATTCACCTTTAATAAAATATTAATAAACATAAAGTGCAACCCGAACAAGCTTCAAAACTCTTGGAACGTATATACCTTGAGTATGAAGAATGGGGGGAGTCTTGCCGGAAAGCTCGTACTCCTACTAATGATGCAAGACGTTGTTTCATTTATAATATGCGCAGGGATTCCGTCGGTATGATCCGACACTCGGTATGGCCCGATTTTATTATATATTATTTGGTGTATGGTTGGCTCCCATCACCTTTTCCTTTATGGAATATTATTTTGGCCTGTTCGAAGCTTATTCTAATTAAATTGTGAGTCAAGAGTCGAGTCAAGAGTCGAGTCCTGTATTCATGATTTGCTTGTTATTTATTTATTGGCTTTTGCATGTTGATTAGTACTTAGTGAGTGATGCATGTTTATAGTTTTATCTCACTCTAGCCTTGTAAGTACTCAGCTTTTTACTGACTACGTGCTTTGTGTCTTTTGGTCATGGCCTTTGCCTTAATGACCCTATGATGATCCATCATTTGCACTTGCATTGTTGGGGAGTAGAATAATATAGCAGGTTGGTAGATCAAAGTACGATCGAAATTATGTGGCTTGGGATGATTGAGAGAGTTGCATGCTTTGGTATTTCGAACTACTTTATTTAATACTTTAATTATGTTTGAATTCGTTAAACTTTTTATACTTTGGTTTTTGGGCCGTCATGGTTCCAATTTGTAGAAGGCCTCGATATTTAATTAATTATGTTTTTTAAAAGTTAGTTGACATTAAATTCCGCTGCGTAATTCTGGTACTAGCCTTAACCGTTATCACGGTGGCGGTAATACTTTAGTAATTCCTTTATTTTAAGTTGGAAAATGGTTTTAGAAAAGCAAGGAATTATTAGGGTGTTACAAAGTGGTATACTAGAGCTTAGTTTCATTCCTTCTTTGTAGTAAGCAATACTACAAAGTGGTAATCGCAGACTAATGCTTCTTTGTAGTAGTTCATACTACAAAGTGGTATTTGCGGAACTTTAGGTTTTTTAAATATTATTTTCCTAAAGTCAAAACGTATTATTTTGAGTACTCAATATTTTAAAGGTCAAATACCAATTATTTTGTATCGTTGAAATGAGTTGAAAAGTTTGGATTATTATTTAATTTAATTAATTTTTCAGAATTCTTTTTTTTATTCGAAATTTTCGAATTAAATTCGAATTATTTTTATTATCTTCGGATTTTCTCTTATTTAAATATCCGAATTTATTTTATTTATTTATTTATTCGAATCTTTTTCGAATTTATATTTTTTTATTTAATTTCATTTTCGGATTCTTTTTTTAAAAAATTTCCGAAATTAATTAATTTAATTAATTAATAATTCTTATTAATTTTCGATTTTAATTTTAATAATTTCAACTAAGTTAGGAGTTATTTCTTAATTAATTCCAAAAATTAATATTACTTCCAAGTGAGGAATGGGTAGATTAAGAAGGGCATATTAGTTTAAGTATGCATTTTATACGATAATGTGATTTATTAATTGCCATGTATATGTTTTGACCATGTTTTATCTTGCTTTATGTGACTATTTGCATCATATTTCACGTTGAACATATACTTGTGCATTGAAATTGTCTGGCTCCACGAACTATTTATTGTATCCTTGGGGGTTGAATTTTGTTGGGAACACGACTTTTAAGTGTGTGTTTTTAGGACTTAAAATGTTGCCTTCAAAGTTTTCCAATTTAGGACAGTTAGAGAACCTTGATAGTGAGACTCCATATGTGTATGTGAAGAAGATTGAGCTTGCATACAACTATTTTGGGACGCTTAAGGATTTCCACATTTGAGGAAAATTGATGTTATGCCTGAGATGATTGTATATTGTTACCCAATAGTACACCTTATATAGAGCTTAAGCATAAGTTCAGTGATATGCATTTTGAGAATGATACACCTAGTTGGAGGAAGTTTGTATTGTAGATGGTAGATGAAGGTATGATACTGAGGTTATGACTACTATCATTGAATTAGCAGAAAGGTGCTATGAAGATGGTATGATTGCTATTGGATTAGGTCTAGGTGACATAGATGATGATGAGTATGAGATAGTGATGACGATGATGATGAGTATGAAGTGGAAGAAAATGAGAAATTGAATGATGATGGTGAAGTTGTTGAAGTTGAAAATCCGAATCCAGTGGTTCATGAAACTACTATTGAGTTGTCTAGTGGCTTTGAAATAGAACCGAAAGATAATAATGAGGTTAATAGAGTGTCACAACAGGATGATGAGGTTATAGATAAATATTCTGATCGGGAAGACAACATGGATGATCCTAATGATCAAGAATTTACCCCAGAATAATACAAAGAAAGAGATGATCGTCGAGATGACATTAGTCTTTAAAGAACTGTAATCCTTAGTTATTTATTTTGTTGATTAATAAAGTAGCAAAGCTACTATTTATGGTTATTAGCTCAATTATGGTTTGGAGAAATAAAAGCAATGTTATTGATGGATGTAAGGCCTTTTCTTTGAAGTATTAATAAAAGCATCGAATTCCTTTTGTTATCTCTTGAGTTCAAATCTCGATTAAAAGTTTCGTGGGTATCGCAAAGGGATTATGTGTTTTATTTCTCGAATTAATTATTAACTAAGTGCATCGTGGTTAGATTCCACTTAGCTATGTGGTTCGAACAAGTCAAGGGGGTGGCTAGTAGGTGGCTCCACTTTCCCCATCATGTTCGAAATTTTATGCATTGTTGCAAAGTAATTTGATTGGTTTATTGGTCTATAACCTTAGCGTTGTCCATGTCAAACCCAGTCATTAAAGTGAGTCTTGCATGAGCAAGGAATAGCCAATGTTGTTAGGCAACTAGCCGCCGTACTTCAGAACCTAGCAGAGACTAGGCAAAATTCAATTAATGATCCTGCTTGGGGAATATTAAAGATGGTAGTCCAGAGTAATCTTCCTCTGTACCAAGGGGTGTCTGACCCAAGTGTACTGGAGAAATGGCTTAGAAAGTTTGGTAAAGTGATAGTTGTTGTGAACTGTCCAGCGAACCTTAGGGCGA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ATGTTTCTCCGTTTTTCTCCTACTTCCGTTCGTAGTGGTTATGATCGATTCGATAGAAAAGAAGGAATAGTCTGTATTTTTCGTTGGGGATTCCCTGGAAAAAATCGTCGCATCTTCTTCCGATATCTTATAAAAGATATTCAGTCTATTAGAATAGAACTTAAAGAGGGTATTTATACTCGTCGTGTCCTTTATCTGGAAATCAGAGGTCAAGGAGCCATTCCTTTGACTCGTACTGATGAGAATTTGACTCCACGAGAAATGGAACAAAAAGCGGCTGAATTGGCCTATTTCTTGCGTGTACCAATTGAAGTATTTTGA ATGTTTCTCCGTTTTTCTCCTACTTCCGTTCGTAGTGGTTATGATCGATTCGATAGAAAAGAAGGAATAGTCTGTATTTTTCGTTGGGGATTCCCTGGAAAAAATCGTCGCATCTTCTTCCGATATCTTATAAAAGATATTCAGTCTATTAGAATAGAACTTAAAGAGGGTATTTATACTCGTCGTGTCCTTTATCTGGAAATCAGAGGTCAAGGAGCCATTCCTTTGACTCGTACTGATGAGAATTTGACTCCACGAGAAATGGAACAAAAAGCGGCTGAATTGGCCTATTTCTTGCGTGTACCAATTGAAGTATTTTGA MFLRFSPTSVRSGYDRFDRKEGIVCIFRWGFPGKNRRIFFRYLIKDIQSIRIELKEGIYTRRVLYLEIRGQGAIPLTRTDENLTPREMEQKAAELAYFLRVPIEVF Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Match: gi|11497539|ref|NP_054947.1| (photosystem I assembly protein Ycf4 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 198.0 bits (502), Expect = 8.400e-48 Identity = 96/98 (97.96%), Postives = 97/98 (98.98%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902176660|gb|KNA08809.1| (hypothetical protein SOVF_159340 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 194.9 bits (494), Expect = 7.100e-47 Identity = 94/98 (95.92%), Postives = 95/98 (96.94%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Match: gi|372000971|gb|AEX65540.1| (photosystem I assembly protein Ycf4, partial (chloroplast) [Portulacaria afra]) HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 3.500e-46 Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Match: gi|372000975|gb|AEX65542.1| (photosystem I assembly protein Ycf4, partial (chloroplast) [Portulaca oleracea]) HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 3.500e-46 Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Match: gi|372000965|gb|AEX65537.1| (photosystem I assembly protein Ycf4, partial (chloroplast) [Maihuenia poeppigii]) HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 3.500e-46 Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QNH0_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_159340 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 194.9 bits (494), Expect = 5.000e-47 Identity = 94/98 (95.92%), Postives = 95/98 (96.94%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: H2BCE9_MAIPO (Photosystem I assembly protein Ycf4 (Fragment) OS=Maihuenia poeppigii GN=ycf4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 2.500e-46 Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: H2BCF2_PORAR (Photosystem I assembly protein Ycf4 (Fragment) OS=Portulacaria afra GN=ycf4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 2.500e-46 Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: H2BCF4_POROL (Photosystem I assembly protein Ycf4 (Fragment) OS=Portulaca oleracea GN=ycf4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 192.6 bits (488), Expect = 2.500e-46 Identity = 93/98 (94.90%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K0K8G5_9CARY (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Haloxylon persicum GN=ycf4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 192.2 bits (487), Expect = 3.200e-46 Identity = 94/98 (95.92%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: YCF4_SPIOL (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Spinacia oleracea GN=ycf4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 198.0 bits (502), Expect = 5.300e-50 Identity = 96/98 (97.96%), Postives = 97/98 (98.98%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: YCF4_CARCL (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Carpobrotus chilensis GN=ycf4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 191.0 bits (484), Expect = 6.500e-48 Identity = 91/98 (92.86%), Postives = 96/98 (97.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: YCF4_GOSHI (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Gossypium hirsutum GN=ycf4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 187.2 bits (474), Expect = 9.300e-47 Identity = 88/98 (89.80%), Postives = 95/98 (96.94%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: YCF4_GOSBA (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Gossypium barbadense GN=ycf4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 187.2 bits (474), Expect = 9.300e-47 Identity = 88/98 (89.80%), Postives = 95/98 (96.94%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: YCF4_SOLBU (Photosystem I assembly protein Ycf4 OS=Solanum bulbocastanum GN=ycf4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 186.0 bits (471), Expect = 2.100e-46 Identity = 87/98 (88.78%), Postives = 95/98 (96.94%), Query Frame = 1
BLAST of Spo16896.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: ATCG00520.1 (unfolded protein binding) HSP 1 Score: 166.0 bits (419), Expect = 1.300e-41 Identity = 80/98 (81.63%), Postives = 88/98 (89.80%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo16896.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo16896.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo16896.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo16896.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 1
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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