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Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATTTGTCACAATTTTCGGACTATAAAAGATCATTTTTGACAAAAATTCCTTTATTGTATTAAAAAAAAAAAATCAAAAACAATAATTAATCCTGCACCACCCACGCCGGAAACTATCTTGTTACGTGGCCCAATATAAGATAACACATCCAAATTTTTTACTCCATTGTTGTACTGTTCTATCAACACCTTCCTCCAGAGCTCCAAAGTCCAAACTATGAGGAATCTGGTAATCATCACAGGTTCTTCATCCTCCATTGTTGCCTCAAGTCGTTACAACCACTACCATTTATTAACCCCAAAACAACCTCCATTTCTCTCTCTTCACAACTTCATCTTCCTTTCTCTATCGAAACCCACCTCCACAGCTCCACCTTCTTCTTCATCTTCTACCTCTACACCCCTCATTTCTCCCCATTTTTACGCACCGAACTTCAATTCGTCTAAAGTTGATCTTAAATTCTATGCGGAAATAGCTTCGAAGCTGGTTGATGATGGGAGATTCGACGATTTTGGGATGGTTGTGGAGAGTGTATTGAGCTCCGGAGCTACTGGGTCTTCGTCTTTTGGTAAATTGTTGAATTCAAAACTTGTAGTTTCAGGAATTATTAAGGGATTGAAGGAAGACAGAATTAAGGATGTTGTTGGATTGTTGGGATGTTTGCCGCAATTGAATGTTAGTATTTTGGGGATGTTTGATGGGTCAGCTATGGAGTTGCTTAAAAAAGAGTGTTTCAGGATAGTCAATGAGGGCTATCTTCAGGAAGCGGTTGAGTTAATGGAAGCATTAGCAGGTAATTCTATTTCTTTTTTATGCTTAAGAAATCGGGTACACGAGCATTTTACGACATTCTTTTTTGCATAATTGTGACCTGTGAGAGTACACCTTTCTAAGTTGGTCGGAGTGTGAAAATCAGTTCCTGCCATAAATCATTGTTTGCACCTTACTGTTGCTTAGTACTATCTCGTCTTTAAATTATTGTCACATGATAGTTTAGAACTTGATTTAATCAAAGTTTTAAGGCTATTGCTTTTACTTGATTATTAGAGATGACAATTGACATGAATGTGCTTGATCGGAGGGGATATTGTGTTCACATTACCGATAATGTCTTGGTCTAGTGGTTAAGACCGAGGGCCTATGTACAATAGACAATAGGTTTCAGGTTCAATTCCGCCCGCCCCCATTTGTAAGTTATATTGCCTTCGTGCCCCATATTGTCTTAATTTTCTTGTCATTTTTACTTACTGTTGGTGCGTTCTATTAAGAATATGGTCGTAGACTTGTAGATCACTTGAAGATGTTTCCATTACTTCAATTCTTGAATGCCTAGTACACATTACCTTGTTGTTTCCAATTACTTATTGCCTTCTAAAATAGTTACGAAATTTGTAATTTAGTTTTCTTCAAACTTTTCATTGAATTATGCAGGTTTCCAATTCTTGATCAAAGACTTGATAAAGCCCAATGATATGATAAAAATATTAGTCAACAAACGTAACCCTAGCTTGGCCGTAAGGTATTGTTTCTATTCCCAGTTAATTTGTTGGTATGTATGTTTCATCTTACATTGTTTTGTGGGACGAAAGAACTTCTTGTTGTGCTAATTTGTTAATTTAATTCTCCTGTGATCCGGTCATTACATCTCAGTAAAGATAAGTAGTGACTTCAAAACTGCATTTATCCTGTAATTCCCTTGTGAAAAGTTAAGTTCTGACTTCATGGTGCATTCTTCTAAAAGCTCTTAAAAATGATCCGTTTATGTGCAAGCGTCAACTTAAGACTTGGCTCGAAATCATATGGCTTCATCTTTTAATTGGCTTGTTTGGAGAGAGGGCTGCACAGATGTTACAATTTTATTGATAGGCACTTGCAACTATCATTACACTCTAGTATATTCCAAAATGAAGCTAAATTACCTTGATGCTGTTAGAAAGTTCTGCTTCATCTAGGCTCCATTTGATTAATATAATCACATGTTAAATTCTGAACGAAATACATTTCCACTAAAAAAATACAGTAAATGACATTATAATGAAAAATGGTAAGAGTAAAACGTGTTCTATTTATTCATTTTGGTTTGAGTTGGAAATGCTATTAAAAATAGGGCAAAGCTCAACCTATTCTCTTCTAGAACGATGACAATTTCTTCTGTATGAGGAAGCATCAAATAAGCATAGTATCTCCAAATTAGTGTATTTGTGTTATCAAATTAAATAGAATAAGGTGTTGAAAAGCTGAAGAAAGAAAAAAAGAGAATGTGCATTGATTTGAGATTCATTTTCTGGATGACCTACAAGCATCACCTATCCATTACCACATGTTAGGAGTAAATTATAGACTATACCTTCTGTGTTGTATTTGTTACTCCCTCCGTCCCTTAATACTCGCACCGGTTTGACCGGTGCGGAGTTTAGACATTTGAATTGACTTATTAATTTAATGAGTGTTTGTTGATAGTGGGGTATTTTTTTAATATAGTTAGTGGGAAATGTGTAAGGGGTGGGAAGTGGTGAGTGAGAGGTGTTGATTTTTAAATGATTTTTTGTAGGGAATAGGGGTGTAGGTGGGGTAGTAGGTAAGTGTGAGAAATAATATAATATTGGTAAAGATTTCCATTTATAGAAGCGGTGCAAGTATTAAGGGACGGCCCGAAAAGGAAAGCGGTGCAAGTATTAAGGGACGGAGGGAGTATGTTATTTTGTAATAATGGAAGGCACTGGTCCCCTGTTCACTTGGCTTGGGTTCTTTAGCACAGCTCGGGATCCAAATGATGTTTGTGTTCAGATCTGTGAGTCTGATCTTCTGATTGGTTACTTTTTGTGTATTTTTGTCCTGTAAGTACATAAATTTATGAAGTTCTGTTCAATGAATTTTACTTTACGTTTTTTGTAGATCAATTTATTTTTAGAATATGATTCATAATACGTCCATAGATAAACTGTAAAATTATATGTCCTCTTAGGTATTTACAAAATCTAATTTGGCAGGTATGCCTGTCTACTTCCGCATGCAGAGATATTGTTTTGTACCATAATTAAGGAATTTGGGAAGAGAACGGACCTGGTTTCTGCTATAAAAGTATTTGAAGCTTCCAAACAGAAGTTGAGTGGTCATAACATGTATGTCTACCGCACTATAATCGATGTTTGTGGCTTATGTGGTGATTGCATCAAGTCCAGGTTGATCTATGAGGTAGCTTCTTTAACAGATACATTAGGATAAAACTCTGCTATGTGTCATGGTGGATACTGAACATTTTGTTTTAATTGTACATTTGACTGGATTATGGTGCATGAGGTATGAATAGATTGATAAGCTGCTTTCCCTTTTGTAGTCCCTTCTCAGTTTTGTTTCTTTACTGGATCATAATTACTACTTTAAATGTATGGTGTATGCCGTGAACATTTATGTTTCTTAGTTGCTTTTGATTTGTGTGCTTGTGTTTGGGGAGTCTTTCTAAAGCCTGTATTGAGCAGTGAAGTAAGAACAAACCGTTGAGAATTCCTCAACATTTATGTTTCCTAGTTGCTTTTGATTTGGGTGTTTCTTTAGGCTTTGTTTGCCTTAATGGAAAACATTTTTAATGGAAAATGGTTTCCCATGAAAAAAAATTGGAAAATTTGCCAATTACTACCTCGCTCTTTGGTGAGTTTGTGAATTACTACCTACATCTTTAAAAGTTGTCAATTACTACCTACATCTTTAACATTTGATGTCAATTACTACCTAGTTGTTATTTAATCCATTTTCTAACCAATTAGTCAACTAATAATACCATAATCACCCTAATTATATATTAATTATTTTAATTACTAATTAAAAATTGAAAACATCTAAAACTTTTAAAAAAAATAAAAACAATCAATTTTATATTTCTACTTCTCTTCGTGGTCTGCTTCTTATTCCTCTTCGATAAAGCTCTTCAATGGAGTTCTTTAATTCTACTCAGTTTTTTTCTCTTAAATTCTCTTCTTCCCTTCTGCTCGAGTTATATATGAAGAAAAGGCAGGAGTTCCTCGTACATCCACCAGCTTGCCAGTGAAAACATACTTTCTGATTTTGATAGTGTTGTGGTTGTTTGTTTCCGAGTCGATTGAATACTCGATTACTGTCGTCGTTTGAATCAAAATCCATTGTAGGAAAGTTAAAATTGGAGAAATATTTTCCCTTCATCTAGAACCCGATTAGAAGAGAAGAGGAGAATTGAAGAAAAGAAAAATCTAGTAGTAATTGAAAATCTCCATTGAAGAGGAATAAGAAGCAGAACAAGAAGAGGGGAGTAAAATTGATCGGTTTATTTTTCTCTTTTTTAGGTTTTGGGTGGGTTAATTTTAAAGTAATTTTGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTTTTAGATTTTTTTAATTTGTAATTAATAAGTAATATATAATNTTTTGGGTGGGTTAATTTTAAAGTAATTTTGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTTTTAGATTTTTTTAATTTGTAATTAATAAGTAATATATAATTAGGGTGATTATGGTGTTTTTAGTTGACTAATTGGGTAGAAAATTGATTAAAGGAACTAGGTAGTAATTGACATCAAATGTTAAATATGTAGGTAGTAATTGACAACTTTTAAAGATATAGTAGTGATTGACAACTTTTAAAGATCTAGGTAGTGATTCACAAACTCACCAAAGAGCTAGGTGGTAATTAGCAAATTTTCCAAAACAATTTCAAGGAAACACAATTGTAAAATAGTTTTCCTTTGTTTGATTGTGTACCAGATTATAAAGAAAAATGATATGGAAGTGGAAAGGAGAGGATGGATGGATGGGAGGAGAGAAAAAGGGATCTATGGGGTTCGAGAGGAAACGTGGAATTCTTTCCTCACAAAAGGAAAATTTCTTTCCACCTTTTGGAAAATTGTTTTCCACCCCTTTACCAAACAAACAACGGAAAATGGAAAAATCATTTTCCTAGAAAGTGTCTCCGTCAAAACAA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MRNLVIITGSSSSIVASSRYNHYHLLTPKQPPFLSLHNFIFLSLSKPTSTAPPSSSSSTSTPLISPHFYAPNFNSSKVDLKFYAEIASKLVDDGRFDDFGMVVESVLSSGATGSSSFGKLLNSKLVVSGIIKGLKEDRIKDVVGLLGCLPQLNVSILGMFDGSAMELLKKECFRIVNEGYLQEAVELMEALAGFQFLIKDLIKPNDMIKILVNKRNPSLAVRYACLLPHAEILFCTIIKEFGKRTDLVSAIKVFEASKQKLSGHNMYVYRTIIDVCGLCGDCIKSRLIYEDLLIQKVTPNIYVFNSLMNVNAHDLTYTMEVYKKMQNLGVETDMTSYNILLKSCCLSGRVDLAQEIYREVLQLESTGAIKIDVFTYSTIIKVFADAKMWQMAIKIKEDMLSAGVTPNTVTWSSLISACANGGLVDQATQLFEEMIVAGCQPNSQCFNTLLHACVEGCQYDRAFRLFNAWKSNGSPENFIEDDIANQDGTSSVLQTDENSYTNTPHIMATSRQLSFAKSIPFSPTTTTYNILLKACGTDFYRAKSLIDEMKSLGLFPNHISYTILIGICGAAGNVEGALQILKSMIDSGIRPDVISYTTAIKVCVESKNLNMAFSVFSEMKRHRIKPNLVTYNTLLRARTKYGSLQEVQQCLAIYQDMRKSGYKSNDYYLKLLIEEWCEGVIQGSNQEGQPNSRNKADIGEMRSLILERVASHLRKNVVKSLAVDIQGLTKVEARLVILAALRLIKENYKSGSSIKDDLTVIIGITNVGVECMVKDAITKLLKKELGLEVIAVNPSLTVDRTLYKEGAFYPDSNSRDAPRMSELPNSFDAPARRPAVLQRLLVTKKSLNHWLQRRSDSGTRD Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo15524.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902178956|gb|KNA09255.1| (hypothetical protein SOVF_155200 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 1677.5 bits (4343), Expect = 0.000e+0 Identity = 861/861 (100.00%), Postives = 861/861 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731368818|ref|XP_010696356.1| (PREDICTED: pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02830, chloroplastic [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1306.6 bits (3380), Expect = 0.000e+0 Identity = 664/864 (76.85%), Postives = 751/864 (86.92%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. NCBI nr
Match: gi|225439759|ref|XP_002273255.1| (PREDICTED: pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02830, chloroplastic isoform X2 [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 949.9 bits (2454), Expect = 3.100e-273 Identity = 505/860 (58.72%), Postives = 635/860 (73.84%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731398976|ref|XP_010653452.1| (PREDICTED: pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02830, chloroplastic isoform X1 [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 941.8 bits (2433), Expect = 8.400e-271 Identity = 505/870 (58.05%), Postives = 635/870 (72.99%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. NCBI nr
Match: gi|1009162792|ref|XP_015899625.1| (PREDICTED: pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02830, chloroplastic [Ziziphus jujuba]) HSP 1 Score: 929.9 bits (2402), Expect = 3.300e-267 Identity = 494/868 (56.91%), Postives = 630/868 (72.58%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QPR7_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_155200 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1677.5 bits (4343), Expect = 0.000e+0 Identity = 861/861 (100.00%), Postives = 861/861 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8BAP7_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_7g179510 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1306.6 bits (3380), Expect = 0.000e+0 Identity = 664/864 (76.85%), Postives = 751/864 (86.92%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: D7TQ98_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_08s0040g03240 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 949.9 bits (2454), Expect = 2.100e-273 Identity = 505/860 (58.72%), Postives = 635/860 (73.84%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A061ETK8_THECC (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein, putative OS=Theobroma cacao GN=TCM_022071 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 897.9 bits (2319), Expect = 9.700e-258 Identity = 486/869 (55.93%), Postives = 629/869 (72.38%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0D2U0L0_GOSRA (Uncharacterized protein OS=Gossypium raimondii GN=B456_009G420800 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 884.8 bits (2285), Expect = 8.500e-254 Identity = 481/875 (54.97%), Postives = 625/875 (71.43%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PP361_ARATH (Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02830, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana GN=At5g02830 PE=2 SV=3) HSP 1 Score: 817.0 bits (2109), Expect = 1.900e-235 Identity = 436/869 (50.17%), Postives = 596/869 (68.58%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PP362_ARATH (Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860 OS=Arabidopsis thaliana GN=At5g02860 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 141.7 bits (356), Expect = 3.600e-32 Identity = 115/509 (22.59%), Postives = 240/509 (47.15%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PP247_ARATH (Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22470, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana GN=At3g22470 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 140.2 bits (352), Expect = 1.100e-31 Identity = 119/453 (26.27%), Postives = 215/453 (47.46%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PPR92_ARATH (Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana GN=At1g62680 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 137.1 bits (344), Expect = 9.000e-31 Identity = 99/407 (24.32%), Postives = 190/407 (46.68%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PP344_ARATH (Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g31850, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana GN=PGR3 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 137.1 bits (344), Expect = 9.000e-31 Identity = 104/390 (26.67%), Postives = 182/390 (46.67%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G02830.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein) HSP 1 Score: 817.0 bits (2109), Expect = 1.100e-236 Identity = 436/869 (50.17%), Postives = 596/869 (68.58%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G02860.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein) HSP 1 Score: 141.7 bits (356), Expect = 2.100e-33 Identity = 115/509 (22.59%), Postives = 240/509 (47.15%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G22470.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein) HSP 1 Score: 140.2 bits (352), Expect = 6.000e-33 Identity = 119/453 (26.27%), Postives = 215/453 (47.46%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G31850.1 (proton gradient regulation 3) HSP 1 Score: 137.1 bits (344), Expect = 5.100e-32 Identity = 104/390 (26.67%), Postives = 182/390 (46.67%), Query Frame = 1
BLAST of Spo15524.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G62680.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein) HSP 1 Score: 137.1 bits (344), Expect = 5.100e-32 Identity = 99/407 (24.32%), Postives = 190/407 (46.68%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo15524.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo15524.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo15524.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo15524.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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