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Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.CTTTTACAATTATACCCTTCCTTACAAGTTACAACATCGAAGAAAGAAAAGGAAAACACGAGATCATCGTCGACTTCCATTGTTGGAAGCTTGCAATTGCCACTGAAACTTTACCAATTTCCTGGGAAGCAATTCCACCATTTTCCCTCAATCAAATCAAGAAAAATTGATCTGAATAGCAGATCTGTCGCTAAACAAGGAAGGCGAAGATGGTGTTAGTAACTGCAGTTCGAGATTACATCAATCGGATGCTTCTAGATATCTCCGGCATGAAAGTTCTTATTCTCGATTCTTCCACGGTACTTTTGATTTTTACATCTTTCTGAGATTTATTTTCTGGGTTTTCTGAATTTGTTTATGTTGTAGTTGGGTTTTGTTCATTTGATTGATGATAAATTTAATATTAATGAAGGGAAATGACAAAGGTTGATTTGATGATTATTTTGGATTAGATTAAAACGAATTGTGGGAATTCCTGCTTTTCTTTAATCGACGAGCTAGAATTGTAGTTGTAATTCAGTCTAATATTTTTGAACCCGGTTTCACAAGAGTAACATCCCAATTCCCATGCGTTGTGTTATGCTGCCAATTTTGTTCAGCTGTTTTAACTTTAAGCCCTTTAAGGTTTTGTAGATTGTGAAGGTTCGTGAACAATTTAAGGGGGAGCTGTTATTGTTCCTGTTCTTTGTGTTTAATTTAGAATTGGTTAAAGACCTAAGAGGATTGTAGTTTCTTGGATATGGGGTCATACACTTTTGTAGGTTTTACCAGTTGTAAGCGAAAAAAGCGAGAAAGCAGAAGGAATTCACAGGCTATAACTTGATCTTTACTAGTTTCGCGTAAACCTTTCCATGTGTGACATTGGATCTCCACCAACAACACATACCCTCCTAGACCAGCTAGCTTAACTTGAACTACAAATTACTGGAAGCCACACTACACAAGCAGTTGTGGCTTCTATCCTTGCCAGCTACTCATCACGATTCATAACTGACATTAGTGTGATTTGAATTAACGTGTCAACTAATTTTGGATAGAGGAAGTAGAAGGACCTCGTGGAGAAGATACAATTATATCTTCATGTTTTTTCTTCTTCTGTGGGGGTAATTAGAATTGGAAATTTATAGACAAAATTAGATTACCCCGAGAGAGAAGTCAAGGCTTAATAAATATTAATGCCGCTGTTAGTGAATCCCAAGAGCCAGGGTGGCAGCTCTTTGCAAGGTTCGGTACATAAACACAGGAATCTTAACAATTGCGGGTGAGAACAGGATGAGGGCTGGTCTATGAAGGTGATCAACAAGGACAAAGACAGAAATAGCGTTAAAGTTACTATCCGTGATATTTTATCGATGCGACCAACTTTAATATTGATATAATTTTAAATACCCTTATGCTACTAAAATATAACGGTCAATGCTTTGAATTCAAATTCAAAGGGGGTTTATTATTTGAACGTGAGGGATCCATCGCAAAATGATCACTCGTTCGGAGTCCTAGTTTAATCAAGCGCTACAGGCAAGCCTGCCATCTACATGACCATACTAGAATGCCTTGATTTCATTGTTCGTCTTCATAGTGCTGGTGCAGTGAATTTCATCATGTCTATGATGTTCTCGAGACTTTGTTTCTGCGTAAAGCACTCTGGTGCATTTTAGGGACCCCCCTCCCCCTCCTAAAAAACAACAAAGAAAGGGACCAATATTGTTAATTACTGAGTACTGACAGCAATTATGTAAATTCTTTTTACAGGTTAGTATTGTCAGTGTTGTCTATAGTCAGTCTGATTTACTGAAGAAGGAAGTGTTTTTGGTAGAATTGGTGGACTCCATCTCCAAGTCAAAGGAATCCATGTCCCATCTTAAAGCTGTGTACTTCCTTAGACCCACATCGGAAAACATCCAGCACTTGAAACGTCAGCTTGCTAGCCCTAGATTTGGAGAGATTCACCTTTGTAGGTTTTGTTATATTTGGTTTTTACTAATTACTTGAATTCACCTGTTTCTTCTTGAAGTGTCCTGTTAGAGTTTAAAGTTAATAGTCCAGTTACACCTTGTTTGGATAAGAGGAAATGGAGAGAAAGGGAGGGAAAGGAAAGGGAGGGGGAGAAGTTCCCTTGTTTCGATAAGGGGTTGGGGGAAGGAAGGGGAGGGTGAGGGATGGATGCCTCCCTCCCTCTTTAATAAATACCATCCCTCCATATTTGGAAAGATCAGGAGGGAAAATTGAGCTCCACGGGCCTCCACCTTCTCCCTCCCTCTCTTTCTCCTTCCTTTCCTTTCTATTTTACTATCCAAACAAGTGTTGAAGTTGTATTTTGACTTTTTGAACATGTTATTGAATCATTATTTGTATGTTTCTGCTTTTGCAGTTTTTTCGAACATACTGAACGATACTCAGATTCACATTTTAGCAGATTCAGATGAACATGAATCTGTGCTGCAAGTTCAGGTACGAAATGCGAAGGAAATAATAGTGTAAAAATCTTATAGTTGACTGACTATTTTGTTGTATTTCTTGTGCAATTGAGAATTTTATGTTCTTTTAGATTCTATGATTGTAATGATACTCAACCTTAGATCAATAACCTATATGCTATTCCCAAGGCCAAGACGTGCATGTTGCTTGTTTTGGCCAACCTCATGCATGCCTATTAAGCAAGATCTGCTTGATTTCTTCTATTAGTAATCTTAGACAGATCAGCAAAAGGCTTTCTGTTTCTAGCTTATATTAGTTTATATTCATTCTTATGTTGTCTTCTTCTACTCTTATGCCCTTGATTAACCACTAATAGATGTCTCTCAATTATATCACTCCCTCCGCCCCTTAATGTTTTCCCCATTGTACTTTAGGGTCAAATTTTAAAAAGTTTGACCATTAATTCTCACTAAGCTACAACAAATAATATAGTCATGTGTTGTCTTGTTAGATTCGGTTGAATGTATATTTTTAGAATATGAACTTTTTTTAACTTTTACGCGTGTAGAGTTGGAGATATATGAATTTTAAGTCGCGTCTTGAAGACCGTGACAAGTCAAATGGAGCAAACACAAGGGAAAAAAGGAGTATTGTTTTGGATTCAGATAATTAATATAGTTACTATAAAAGGAATCGATGTGCACACGAAAGAGGAAACCACCCTTTTCAAAAGAGAACAAAAATATTGAGGAACATAGAATTCTTATTTTTGTAACTATTAAACCACCCTTTTAGTAAGGGAAAATCTCTATTATATAAAGGAACGCTTGAGGCGTCGTCAAAAAGGTGTTTGTCTCTTTTACCCTTTATTTAAATCAGAAAAATAAAAACAAATTAAATGTAAAAACCGTTAATTTTATACGTAGTATTATAATATAAAAGGGAATCAATATAAAGGTTTTTTTTTTATTTATTTTATTTTTGTTACACATCGGGAGTAAAAGATACTTACCAAAATCACAAATATAAAAATTGACTAGAAAAAAATATCAATAAAAAAAGCAAGAAGTAATAACCATTTAAATACTATTGTGTATGCATTTTAAATTACAAGCACGTATTGCATGCATATAAATCTAGTCACCTGTGTTGAAGCTGGGAAATTCCTTGTTCTGCTCGCCTCTTAAAGGTTCTGGATCAAGTACACTTTGCGGGAGCAGCAAATTTCGTAGAATCTTAACTTCTGTACAAAATAAACTGCTTCAGAATGATGATTTATGTCATCCCTAACGTAATCTATATTTTTGGAAAGTTGTTACAGTTGTTATATGATTACATAGGTGAGGATTATTAGGTTATGGAGGAATAGTTAGACAAGAATGAAAAGTTTGGGTATTAGTTGATCATCATCCTCAGGTTTGATTTTTATTTGTATGGTCTAAAAATAACATATATCTGAGGTCAAATGTGATGAAGTGACAGCATTGAATTGAATACTCAAATGCTTTGTGCTTAACAGCTTAACCAGATTGCAAGATATAGTGGAAATGAAATTAAGTTTTGATGTAGAAAAATATAATTCACTTGGGTTAAAATTCTGGCCCCTCTTTATTTTATTGAGATTTCCCGTTTGGGATCAATTCATTCATTTAATCAGTGAGGTGGAATGTCCTAATCTAAGTTCCAGTGATAATCACCAGGAAGGTGTTGTCTAACATGATTACATCGTTTTGCTAAATACCAGGATGGTAGTTTATCTCCTTCCTAAAGATTTATTGGAGAACACGAAGTTATCTGAAAATTGCTATGTTTTCACCGTCCATAAACTTTGTATACTTTATGGTTTTATGGAAGCTGATGTTGTTCCAACTGTATGCTGCAGGAAATTTATGCAGACTTTATTGCTGGTGATCCTTGTCATTTTAGTCTTAACATTTCTTCAAATCACCTCTATATGCTACCAGTGGCTATGGATCCTTCAAATTTGCAACACTATTGTGATCGAATTGTTGATGGCATATCAGCAGTTTTCTTGGCACTAAAACGCCGACCTGTTATCAGATACCAGAGGACATCTGATATTGCAAAAAGAATAGCACAGGATACCGTGGTAAATCCTGTACATTATAGTAAAGTATAAAAACTTAGATAATTCCCTGGGAAAGGGAAGAAAGATCTCTGATAAGTTGACCTTTCCTTAAGATACAACTGTATTTTTTTAATTTGAATACTTGATGGTTCTGCATTATGTATAACCCATAGCCTTCATTTTTTATCCTTCCCTGAAGTCCTTGTCTTTTTTAGTTCTCCTTTAGTGTTGGTTTGTAAGTAGTTGAATCTTTTTAACTTTTTCATTGCAGAAATTGATGTATCAGCAAGAGAGTGGTCTCTTTGATTTCCGGAGATCAGAAACGTTGTTGCTTGTATTGGATAGAAGGGAGGATGCAGTTACTCCGTTGCTAAATCAATGGACTTATCAGGTACTTTGAAGCTGTGCTTATCACTGTACATTGCTTGTGTATATAGTTCTGGCCAGCTGCTCATCTATTCAATGCTTTCCATAGGCGATGGTTCAT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MVLVTAVRDYINRMLLDISGMKVLILDSSTVSIVSVVYSQSDLLKKEVFLVELVDSISKSKESMSHLKAVYFLRPTSENIQHLKRQLASPRFGEIHLFFSNILNDTQIHILADSDEHESVLQVQEIYADFIAGDPCHFSLNISSNHLYMLPVAMDPSNLQHYCDRIVDGISAVFLALKRRPVIRYQRTSDIAKRIAQDTVKLMYQQESGLFDFRRSETLLLVLDRREDAVTPLLNQWTYQAMVHELINIQDNKVDLRTFGKVPKDQQEVVLSSEQDLFFKANMYENFGDIGMNIKRMVDEFQQIAKSNQKIQTIEDMAKFVDNYPEYRRMQGNVSKHVTLVTEMSKIVEERKLMVVSQTEQELACNGGQGAAFEAVTNLLNNENVSDIDRLRLVMLYALRYEKESPVQLMQLFNKLASKSAKYKPGLVQFLLKQAGVDKRTGDLFGNRDLMNIARNMARGLKGVENVYTQHQPLLFQTMESISKGRLRDIDYPFVGNHFQPGRPQDVVIFIVGGTTYEESRSVSLFNSTNSGIRFILGGTTVLNSKRFLKDLEEAQRMIRLDLLFTRKQMEEGNDREAIRLERVDSPGCELEENEVSADSNEAASNNQKENGEVGVTASINLNVGEGIQDDERAVCITPLQCDPIPLPLQNVEIENNVVPPKVGMVFVGWLEVEAYYRSYGKQVGFGITRVKAAYKGGKSKEKRSTTWRCECSGKPDMRRVRNGKKISKGLEVGGVLPRITDSLVGVRAPRRSKKCDCPAMIYASVNSQGEWVIRTVVLEHKNHIPNPSLSNCISQNRQPGMTACKRRKSFNDQDLGSERDGVEEMPFTQRDVQNVITKERRLKLRDGDANTIMAFIEKMQKVNQNFFHSHRYDEHGVLQDVFWVDARCKAAFEEFGDVVCFDTTYLTNEYELPLVNFVGVNHHGQTILLGCALLSHEDTVTFQWVFRTWLLCMGGKAPPVMLTDQTSVIGEALAAVMPTTRHRWCLWHIIQKLGNKLGRFDRYTQFKEELKNVIYDCLTAEEFQSQWSRVIEEYHLQSSEWLTQMYGEREMWVPAYMKHLFCAGMRTTQRVENIHSFFDEYVGRHTRLSEFTGKYCVAMEQRASMERDADANTARYVRGLATGFKVEKIFQKMYTDAKFAEVQRECARVLYCTGRGETWVTETEVDHLMEDRVWVVCKSSKTEIPSTKRRLYRVRFNTETSEVSCDCRLFESCGIMCRHIIKVYDMNLIEDVPEKYILRRWRKDIPRKYARVKVAYHDPSKTVEVIRFDKMMSAFELVCGNAMQMEEAMQVVINMVRAMDINVNECLGKISMSSVGQCQTMNVLQTPPSTGTVKFAGDAEIRSAETGSGTDAARDPLFTKWNRTVQSTSITEKSAQNSEQLVSEASVLEHDDDVDDDEGRKRKFEVMKKKKLDVVYSPQVIQVQPSAMHGECQGQQQELMSPGGMRLMEEAGPASYFTRNIDQEELGKEDDNIEHNMEPRSMGVAEIGGEGGPAAYLTRNIAAKNDMLQWNRISWE Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo11275.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731374198|ref|XP_010666890.1| (PREDICTED: vacuolar protein sorting-associated protein 45 homolog [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1016.1 bits (2626), Expect = 6.200e-293 Identity = 518/560 (92.50%), Postives = 540/560 (96.43%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. NCBI nr
Match: gi|802559235|ref|XP_012066072.1| (PREDICTED: vacuolar protein sorting-associated protein 45 homolog [Jatropha curcas]) HSP 1 Score: 963.4 bits (2489), Expect = 4.700e-277 Identity = 487/562 (86.65%), Postives = 528/562 (93.95%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. NCBI nr
Match: gi|568837845|ref|XP_006472930.1| (PREDICTED: vacuolar protein sorting-associated protein 45 homolog isoform X1 [Citrus sinensis]) HSP 1 Score: 961.1 bits (2483), Expect = 2.400e-276 Identity = 488/559 (87.30%), Postives = 525/559 (93.92%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. NCBI nr
Match: gi|567883669|ref|XP_006434393.1| (hypothetical protein CICLE_v10000721mg [Citrus clementina]) HSP 1 Score: 961.1 bits (2483), Expect = 2.400e-276 Identity = 488/559 (87.30%), Postives = 525/559 (93.92%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. NCBI nr
Match: gi|225457759|ref|XP_002263592.1| (PREDICTED: vacuolar protein sorting-associated protein 45 homolog isoform X1 [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 958.0 bits (2475), Expect = 2.000e-275 Identity = 486/562 (86.48%), Postives = 525/562 (93.42%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8B430_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_005240 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1016.1 bits (2626), Expect = 4.300e-293 Identity = 518/560 (92.50%), Postives = 540/560 (96.43%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: V4SIY1_9ROSI (Uncharacterized protein OS=Citrus clementina GN=CICLE_v10000721mg PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 961.1 bits (2483), Expect = 1.600e-276 Identity = 488/559 (87.30%), Postives = 525/559 (93.92%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: E0CQP3_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_18s0001g15600 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 958.0 bits (2475), Expect = 1.400e-275 Identity = 486/562 (86.48%), Postives = 525/562 (93.42%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0V0IQT4_SOLCH (Putative vacuolar protein sorting-associated protein 45-like OS=Solanum chacoense PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 951.0 bits (2457), Expect = 1.700e-273 Identity = 480/563 (85.26%), Postives = 527/563 (93.61%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: K4BT73_SOLLC (Uncharacterized protein OS=Solanum lycopersicum PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 950.3 bits (2455), Expect = 2.900e-273 Identity = 478/563 (84.90%), Postives = 528/563 (93.78%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: VPS45_ARATH (Vacuolar protein sorting-associated protein 45 homolog OS=Arabidopsis thaliana GN=VPS45 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 927.5 bits (2396), Expect = 1.800e-268 Identity = 468/563 (83.13%), Postives = 524/563 (93.07%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: VPS45_MOUSE (Vacuolar protein sorting-associated protein 45 OS=Mus musculus GN=Vps45 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 481.5 bits (1238), Expect = 3.400e-134 Identity = 262/558 (46.95%), Postives = 381/558 (68.28%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: VPS45_HUMAN (Vacuolar protein sorting-associated protein 45 OS=Homo sapiens GN=VPS45 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 479.6 bits (1233), Expect = 1.300e-133 Identity = 261/558 (46.77%), Postives = 380/558 (68.10%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: VPS45_RAT (Vacuolar protein sorting-associated protein 45 OS=Rattus norvegicus GN=Vps45 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 478.0 bits (1229), Expect = 3.800e-133 Identity = 260/558 (46.59%), Postives = 379/558 (67.92%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: VPS45_DICDI (Vacuolar protein sorting-associated protein 45 OS=Dictyostelium discoideum GN=vps45 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 468.8 bits (1205), Expect = 2.300e-130 Identity = 246/560 (43.93%), Postives = 375/560 (66.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G77140.1 (vacuolar protein sorting 45) HSP 1 Score: 927.5 bits (2396), Expect = 1.000e-269 Identity = 468/563 (83.13%), Postives = 524/563 (93.07%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G15090.1 (FRS (FAR1 Related Sequences) transcription factor family) HSP 1 Score: 298.5 bits (763), Expect = 2.300e-80 Identity = 183/598 (30.60%), Postives = 296/598 (49.50%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G76320.1 (FAR1-related sequence 4) HSP 1 Score: 296.2 bits (757), Expect = 1.100e-79 Identity = 188/620 (30.32%), Postives = 299/620 (48.23%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G38180.1 (FAR1-related sequence 5) HSP 1 Score: 294.7 bits (753), Expect = 3.300e-79 Identity = 173/595 (29.08%), Postives = 281/595 (47.23%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11275.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G22170.1 (far-red elongated hypocotyls 3) HSP 1 Score: 284.6 bits (727), Expect = 3.500e-76 Identity = 186/690 (26.96%), Postives = 318/690 (46.09%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo11275.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo11275.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo11275.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo11275.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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