Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TATTCACTGGAAACCGGGAGTGTTACCACATTCCACAGCATCAGCTGGGTCCATCTTCCAAAAATGACGAACATTGTCTGACTTAAACGATCATCTCGCCATTTCCCCCCAATCCAGTATGAAAGATTCTTATATTCCCTCCAATCTGAAATAAAGTCCCCTGATTCACACTCTTTCTCTCTCCTCCCTGCAGCAGTGACGCTTCTCCATTGAATTTGTAGAAAATTCTGCAAAAATTGAAGAAAATCAAAAGCCAAAATGTCGGCGATTTGTAATCGCAGTAGAGTGTCGTCGTGTTTGATCAAACGATTGAAGTATCATATTGCGATGGTTTCGAATCGCAGATCGTTTACTACTTCTGAAGGTCATCGTCCTGCTATAGTCAACAAGCGTAGTCTGGACATTCTTCATGATCCTTTGTATAACAAGGTCTATTTCCCTCTCTTAGTTAATTAATCTTCGCAATATTTTGGATTCTGATGTTTGATGTTGATTATTAATAGTTTTTTGTTATTATTTGATTGATTGAGGCATTTGCATTGAAGTATGATCAGTTATAATTGTTGCGATCTTGCGATTCGTTTCATTGATTTATTGCTGATTTTTTTTAGAGGCTTTTATGTGAATTTATGTTGATTCAGATGTGTTCGTTTGATTGAGGAGTAGGTTTGTGGAACTTGTCATAACTTGGAATGTTGCAGTTGATTGATCATTGATACTACAACAAGTTGATTTAATTCGTGTCACTTAGTCACATTATGCTTGACAAGGTTAATGAAAATCGCCAAAGCTCCCTCCATTTCGTACATGGAATTTTAAGGTTCTAGTTAGTGGAGGATTCAGGAATTTAGGAATGGTGTGTCACAATTGACTGCGTACTAAACAAAACTAAAAAAACAAAAGAAATATACAAAGCAAAGTAAACATCATGTAATGTTAGCATAATGTTATATCTTTCCTCATGAAGTTCTCTGCATCTATATCTAAGTCACTGTTTAGATGTCCCTTGATTTTAGTTTGTGTAAAAAAGAACACTAGAACCGTACTTATTATTGTAACCTAAAATCATATACCTTCGTCTAAATTAAATTAATACTTGGTATGTATTTATACTAAAAAATGAGTTTTCCAATACAACTATTCACTTTTTTTGTTTTTGCAACACAAAAGTATTGCTCTTTAAAGTACAATTTTGGTTTTTGAATAAACATAAATAAAAAAACAAACGGGGAAGGAAAAAAAAAATATATTTAAAAAAAATGAAGGGAGAATTTATATAAATAAATAAATAATAAATAGGGAAGGTAAAAGAACAAGGGGGTGCTGACATGCAGTAAAAGAGGACGTTAAAAATGATTTTTTAAAAAGGTGCCAAAAGCGTCGGGCAGAATCTAACACGTGTATTAAAACAAAAGTAGAAAAAGAATCACGGATGTCCACTGGACCAACGGATGCTTTATGTTATTATCTACACGCTAATGTATCTATTCTGTCTTTAGACTTTTTGTTTTAAAGTTCGAGGAATGTTTTGTCACGTGACACACCATGCCCAAGTGTCACGGTCTCGAGTATTTTGACACCGAATCATGCGGTGCACTCTTTCCTATGGGACGGCAAGGGCAGCAAGTATATCTCAAGGCTTGATGGGCCACGAGCGGGAGCGGGTGCTTGGTTCAGAATGGTCACACTTGTCTATTGGCGACAAGAGTGAGGGTCGAGGGTCGATCGGGGCACTTATGTGTGCAAACAGCACAAGCAGGACCGACGACGAGAATGTATCTGTTTTTGGAAAGACTTTGTAAGTATTGAAAATCTTAAGAACGAGCGATGTCACAATATCTATAAAGGCTTACAGCAACACTAGTAATTAAGCAAAGACAACTTCTGATGAGAGGTCTTGATCCATACCCCTCATAGAGGTTCATTTTGAATTAGCTTTAAACTTTTAGTGAACACTTGATTGACAAAAAACATAATAATTTATTCTAATGCCTAGAAAACCATTAGAAATGTCCTAGAAAGAAATATATAAGCAAAATACAAGTAGAGGAAGATTGAATACTAACATCCTCCCCTACTTAAACCGTCGACTCACAAGAATTATAATAGATAAAAGAAAAAACTCTTATCCTAAATTATGCAGTCTCTTTTGCGCCGTTGGTTGATGGCCGTTGCTGAAGTTTTCTTGAATCTTGGTTGTTGGGTGAGCTTTTGGAGGAGTCTTGTGAAGTGTTTCTTCTTGGAGTTGATGCTCCTTATGAATCCACATTTTCCTTGCTTCTGGTTTCTTGCTCGATGCTGTTTGGCGCGAGCTATCAATTTGTATCTTGTTTATGATGCCAGGTGCATTCTTCTGGGGCTCTATCACTCGCATTGCAGAAAGGTATAGACCCTTCTCTTTTGCATCTGTAGAAGTACTTGTACTTCGGACGAGACAAGTCTGTCCGCCTGTTACAAGCAAAGAATTCAAGTGAGGCATTACATTTTCTTTCCTGGTGCGGAGGAACCAACACAAGGTTGAAGTCGTCCATGTTAACGACAATGAAGTTTATTTTTCTTTCCCACTCTCCCAACTTTGTTTCCTCCTTTTAGCCATAATGTGAATCGGCTTGGCTTTAGAATTGACGAATTTCATATTTCCACCTTCTTTCTTGAGGACCAACCCCAATCTCCGGGCTTCTGTTTCGTGACAAAGTTGTGAGAGGCGTCGGTGTCTAACATGGCTCAAGCTTTCCTCCCATTCACTAAGAGGTCCACATACGTCAGGTTTGTGGAACGTTCTCTTATCTTCAGGGTCTCTTTCCCTATTATATATACTTCCTTCGTCCCTTAATACTCGTCTCGGTTTGACCGACACAGAGTTTTAGGCAATTTAATTGACTTATTAATTTATTCGGTGGTAGTTAATAGTGATGTATTTTTTAATATAGTTAATGAGAAATGTGTCAAATAAAGGGGTGGGGTTGGGAGAGGGGTTAGATTTTTTAATGTTTCTTTAGAAAGTAAGAATATATGTGGGTACATAGTTAAGAGAGAGAAATAATATAATATTAGTAAAAGTATGTCATATATAGAAACGGGGCAAGTATTAAGGGACGACTTTATATGGAAAGTGAGGCGAGTATTAAGGGAAAGAGGGAGTACATCATATAGACAACACCCATCCCCCAGGGCTCTTCGTCGTCGTTGCATGCTTCTTCTTCAGTTTCTTTCGAGGCTTCTTCCACGGACATGGCCGACAACTTTCTCTGCAGGTTATCGATCTCTCCTTTGTGCTTGCACTCACACCATTTGTGTGGGCCTTGACATAGCAAGCAGTTAAGCCTACTAATATTTCCCGAGAAAATGTTGACCTAGATTCTCTTGTTGATGGGAAGGTGACGACCGAGATTTCTACGAGTCGCCTCCTTTATTTCTTACACTCTTGGGTGAGCTTGCAGTCGGCCCCTCCTAGCTTGTAGGCGCCCCCCTTGATTCTTCTTCTATCGATGGCCCTTTTTTGCGTAGTAGTTCATTAGTTTCTCTGCAACAGTCATAGCGTCCGAGAGGGTGTCAACCTTCGCCTTCAGAATTTCACGCTGCACCCATTCTTTCAACCCGTGAACAAAATTGAACAATTGATCCTTCTCATTTATGTCTCAGATGTCCAACATACAAGCCGAATATTCTTTCACATAGTCGCGGATGGAGCCTTTGTGGCGGGTCTCATGCGGCTTCATATGTGCGGTGAACTCGGTGTTCTCAGGGTAGAACTGTTCTTTGGGTTCCTTTTTGAACTCCTCCCATGTGTCTATCTTGATCTTCCATCTTTGATTGCTTTCTGCGCCTCCTTAACTTTGTCTCATTTGACAGTGCATGGTCGTAGTATCAGTATTGCTCCATGTTGAAGAGTAAATTGTCAACTTCCTTCGAGTCTCTGGCCTCGTTGTAGTCTCGAGGCTTTGGAGGTTTGATTTTCATCACACCACCTCCACCTAAGTCTTTTCGTGCAACGCGCATCAGGGACGCGCACTTGTCTAGTGTTTCATCAGCTTGCCCCTGAACAAAGCTAAGTTGTCCATGAAGCACCTGTTTCTCTTACATGGTCGATCGAGTCTTTCGATTTGTTTTGCTTGGCCAATCACATTCCTAGAGTCGAGTCCATCTTTCTAACTTGCCCTCTAGCCAAGCTAGTCTTTCTTCGGATGATTCCATCTTGGGTTGTTTACTCGGGTCTCTTGATGCCTAGGGTTTGAACCTTAGCTCTGATACCAACTGTCGCGGTCCGAGTGTTTTGACACCGGGTCGTGTGACACGCTCTTGTCTATGGGGCGGCAAGGGCGCAAGCCTCGTGTGGAAAGTGTATCTTAAGGCTTGATGGGCACGAGCGGGTGCATGATTGATTTTGAATGGGTACTCTTGCGTATTGGTGACAAGAGCGAGGGTTGAGGGTCGATCGGGGCGCTCACCGACAACGAGAATGTATCTGTTTTTGGGAAGACTTTGTTGAGTCTTGAAAAACTTAAGAGCGAGCGGTAGCACAATATCTATGAATGCTTACAACAACGCTAGTAATTAAGCAAAGACAAATTCTGATGAGAGTTATTGACCCATACCCCTCTTAGAGGTTATTTTGAATTAGCTTTAAACTTCCACTGAACGCTGGATTGACAGAAACATAATAATTTTTATGTAATGCCTAAGAAACTATTAAAAGGTCTTAAAAAACAATAGATATGGAAAATACAAGTAAAAGAAGGTTGGATTCTAACACCACGGTTGGTTCCGCCAATGGTTGTTGTGCATGGATTAAGAAATATTTATATCTAGAAGAAGAAAGGGTCAATTGACTACTATATCACTCTATTTAGGATCCCTTCTTTTCATCTGAAAACCTTTATTTGAACTAGTTTGAACTTATATTGCCGGATGTGAACTTAATTAAGTTGTGCCTTGAACTTGGGTAGCTCTGGTCTAAACTTACTTGTGCTTGTCCTTATGTGAATTTATTTTCC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ATGTCGGCGATTTGTAATCGCAGTAGAGTGTCGTCGTGTTTGATCAAACGATTGAAGTATCATATTGCGATGGTTTCGAATCGCAGATCGTTTACTACTTCTGAAGGTCATCGTCCTGCTATAGTCAACAAGCGTAGTCTGGACATTCTTCATGATCCTTTGTATAACAAGGGGACTGCATTTTCCATGACGGAACGCAACAGGCTCGATCTCCGTGGACTTCTTCCACCAAATGTTATGACTACTGAGCAGCAAATTGATCGATTTATGGCGGACCTAAGGAGACTTGAAACACAAGCGAAGGATGGACCATCTGATCCCAATGCTTTAGCTAAATGGAGAATACTCAACCGACTACATGACAGAAATGAGACTATGTACTATAAAGTTTTAATTGCAAATATCACAGAATATGCTCCTATCGTGTACACTCCTACAGTTGGCCTTGTCTGCCAGAATTACAGAGGGTTATATAGAAGGCCACGAGGAATGTATTTTAGCTCTGCTGATCGTGGAGAAATGATGTCAATGGTATACAACTGGCCTGCGGAACAGGTCGATATGATAGTTGTTACTGATGGTAGTAGAATTTTGGGACTTGGAGATCTAGGAATTCAGGGCATTGGAATAGCAATTGGGAAGTTAGATCTATATGTTGCTGCTGCAGGGATAAACCCACAAAGAGTATTACCAGTGATGATTGATGTGGGAACCAATAACGAGAAGCTTCTTAAGGACTCTCAGTATCTGGGAGTGCAAGAACACCGTCTTGAGGGGGAGGAGTACCTTGCAGTCATTGATGAATTCATGGAGGCTGTTTATACGCGTTGGCCGCATGTCATTGTGCAGTTTGAAGATTTCCAGACTAAATGGGCTTTCAAGTTGTTACAGCGTTACAGGCATAATTACAGAATGTTTAATGATGATGTACAGGGGACAGCAGGTGTTGCAATTGCTGGGCTTCTGGGAGCTGTAAGGGCTCAAGGAAGGCCAATGGTTGACTTTCCTAAGCAAAAAATTGTTGTTGCTGGGGCTGGAAGTGCAGGTGTAGGGGTTCTTAATGCTGCCAGGAAAACAATGGCAAGGATGTTGGGGAATAACGAGGCTGCTTTTGAAAGTGCAAGGAGTCAATTCTGGGTGGTTGATGCAAAGGGACTGGTCACGGAGGAGCGTGAAGATATAGACCCAGAAGTCCGCCCATTTGCGTGGAAGGCAAATGAAATTAGCCGCCAAGGGTTAAAGGAAGGGGCAAGCCTGGTTGAAGTGGTCCGGCAAGTAAAGCCTGATGTACTTCTTGGATTGTCTGCGGTTGGGGGTTTGTTCTCAAAAGAGGTCTTGGAAGCACTTAAGGGCTCAACATCAACGAGGCCTGCAATCTTTGCAATGTCAAATCCTACAAAAAATGCTGAATGCACCCCTGAGGAAGCGTACTCTATAGTAGGTGACCACATAATATATGCAAGTGGAAGCCCATTCAAAAATGTGGATCTTGGAAATGGCAGGATTGGGCACGTTAACCAGGGAAATAACATGTACCTTTTTCCTGGGATTGGACTAGGTACCCTTCTCTCGGGCTCTGAGATTGTCTCAGATGGCATGTTACAGGCTGCTGCTGAGCGCTTAGCTGGATATATGACCGAAGAGGAGGTGCTCAATGGTGTTATCTATCCTTCCACGTCAAGAATACGTGACATCACTAAAGAGGTAGCCGCAGCCGTAGTGAAAGAAGCTATACAAGAGGACCTTGCAGAAGGCTACCGTGGCATGGATGTTAGGGAACTTCAGAAACTAAATGAGGAGGAAATTCTGGAGTATGTAGAGAACAACATGTGGTACCCAGAATACCCTACGTTAGTGTACAAGTAG MSAICNRSRVSSCLIKRLKYHIAMVSNRRSFTTSEGHRPAIVNKRSLDILHDPLYNKGTAFSMTERNRLDLRGLLPPNVMTTEQQIDRFMADLRRLETQAKDGPSDPNALAKWRILNRLHDRNETMYYKVLIANITEYAPIVYTPTVGLVCQNYRGLYRRPRGMYFSSADRGEMMSMVYNWPAEQVDMIVVTDGSRILGLGDLGIQGIGIAIGKLDLYVAAAGINPQRVLPVMIDVGTNNEKLLKDSQYLGVQEHRLEGEEYLAVIDEFMEAVYTRWPHVIVQFEDFQTKWAFKLLQRYRHNYRMFNDDVQGTAGVAIAGLLGAVRAQGRPMVDFPKQKIVVAGAGSAGVGVLNAARKTMARMLGNNEAAFESARSQFWVVDAKGLVTEEREDIDPEVRPFAWKANEISRQGLKEGASLVEVVRQVKPDVLLGLSAVGGLFSKEVLEALKGSTSTRPAIFAMSNPTKNAECTPEEAYSIVGDHIIYASGSPFKNVDLGNGRIGHVNQGNNMYLFPGIGLGTLLSGSEIVSDGMLQAAAERLAGYMTEEEVLNGVIYPSTSRIRDITKEVAAAVVKEAIQEDLAEGYRGMDVRELQKLNEEEILEYVENNMWYPEYPTLVYK Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo06404.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902174744|gb|KNA08463.1| (hypothetical protein SOVF_162370 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 1229.9 bits (3181), Expect = 0.000e+0 Identity = 621/621 (100.00%), Postives = 621/621 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731360725|ref|XP_010691974.1| (PREDICTED: NAD-dependent malic enzyme 65 kDa isoform, mitochondrial [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1157.9 bits (2994), Expect = 0.000e+0 Identity = 573/621 (92.27%), Postives = 608/621 (97.91%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. NCBI nr
Match: gi|870847516|gb|KMS99863.1| (hypothetical protein BVRB_1g017150 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1120.1 bits (2896), Expect = 0.000e+0 Identity = 554/598 (92.64%), Postives = 586/598 (97.99%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. NCBI nr
Match: gi|743804313|ref|XP_011017312.1| (PREDICTED: NAD-dependent malic enzyme 62 kDa isoform, mitochondrial [Populus euphratica]) HSP 1 Score: 1065.1 bits (2753), Expect = 4.700e-308 Identity = 536/625 (85.76%), Postives = 578/625 (92.48%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. NCBI nr
Match: gi|255571113|ref|XP_002526507.1| (PREDICTED: NAD-dependent malic enzyme 62 kDa isoform, mitochondrial isoform X1 [Ricinus communis]) HSP 1 Score: 1062.4 bits (2746), Expect = 3.100e-307 Identity = 530/624 (84.94%), Postives = 584/624 (93.59%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QP58_SPIOL (Malic enzyme OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_162370 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1229.9 bits (3181), Expect = 0.000e+0 Identity = 621/621 (100.00%), Postives = 621/621 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8BIM7_BETVU (Malic enzyme OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_1g017150 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1120.1 bits (2896), Expect = 0.000e+0 Identity = 554/598 (92.64%), Postives = 586/598 (97.99%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: B9SKH7_RICCO (Malic enzyme OS=Ricinus communis GN=RCOM_0658870 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1062.4 bits (2746), Expect = 2.100e-307 Identity = 530/624 (84.94%), Postives = 584/624 (93.59%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: B9MVC4_POPTR (Malic enzyme OS=Populus trichocarpa GN=POPTR_0014s04320g PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1061.6 bits (2744), Expect = 3.600e-307 Identity = 534/625 (85.44%), Postives = 577/625 (92.32%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: B9GP43_POPTR (Malic enzyme OS=Populus trichocarpa GN=POPTR_0002s13630g PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1060.1 bits (2740), Expect = 1.100e-306 Identity = 533/625 (85.28%), Postives = 576/625 (92.16%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: MAOM_AMAHP (NAD-dependent malic enzyme 65 kDa isoform, mitochondrial OS=Amaranthus hypochondriacus PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 1044.3 bits (2699), Expect = 5.400e-304 Identity = 522/621 (84.06%), Postives = 566/621 (91.14%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: MAOM_SOLTU (NAD-dependent malic enzyme 62 kDa isoform, mitochondrial OS=Solanum tuberosum PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 1025.0 bits (2649), Expect = 3.400e-298 Identity = 511/624 (81.89%), Postives = 565/624 (90.54%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: MAO1_ARATH (NAD-dependent malic enzyme 1, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana GN=NAD-ME1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 1021.9 bits (2641), Expect = 2.900e-297 Identity = 505/619 (81.58%), Postives = 562/619 (90.79%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: MAON_SOLTU (NAD-dependent malic enzyme 59 kDa isoform, mitochondrial OS=Solanum tuberosum PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 784.6 bits (2025), Expect = 7.700e-226 Identity = 383/583 (65.69%), Postives = 468/583 (80.27%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: MAO2_ARATH (NAD-dependent malic enzyme 2, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana GN=NAD-ME2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 766.5 bits (1978), Expect = 2.200e-220 Identity = 381/595 (64.03%), Postives = 471/595 (79.16%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT2G13560.1 (NAD-dependent malic enzyme 1) HSP 1 Score: 1021.9 bits (2641), Expect = 1.600e-298 Identity = 505/619 (81.58%), Postives = 562/619 (90.79%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G00570.1 (NAD-dependent malic enzyme 2) HSP 1 Score: 766.5 bits (1978), Expect = 1.200e-221 Identity = 381/595 (64.03%), Postives = 471/595 (79.16%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT2G19900.1 (NADP-malic enzyme 1) HSP 1 Score: 423.7 bits (1088), Expect = 2.000e-118 Identity = 238/569 (41.83%), Postives = 346/569 (60.81%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G25880.1 (NADP-malic enzyme 3) HSP 1 Score: 413.3 bits (1061), Expect = 2.600e-115 Identity = 234/569 (41.12%), Postives = 336/569 (59.05%), Query Frame = 1
BLAST of Spo06404.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G11670.1 (NADP-malic enzyme 2) HSP 1 Score: 412.1 bits (1058), Expect = 5.900e-115 Identity = 231/569 (40.60%), Postives = 336/569 (59.05%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo06404.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo06404.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo06404.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo06404.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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