Spo06252 (gene)

Overview
NameSpo06252
Typegene
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
LocationSpoScf_03155 : 13017 .. 17793 (-)
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
CCCAAAAACTAGTTTAGTTCCTAAAAGCTGAGAGTCTTTCATAATGCATGAGCTTATATGATAGCAATGTTGAATGGAGATGAATGGTTTGTCAAGCCTAACCTTATTCATTGAAGAATTAACACCCAAGTCAATAAAAGATGTTGCAATTAATCAGTGTGTGAGTGAAAAAGAAGGTATTCGGGGTTAACACTTAACACAGGTCGAGGTAAATCGGATACCGATTTTTATCGATTCAAGTCGATTAGGGTTCTTATCGGGTATAATCGGTTTTGGGATTGCTATCAGATCGGATGGGGTTTTGGTTCGGTTAAATGTTATCAGAAGCAAATCGGGTTGAGGATCTCCTCGGGTTGCCAGCGGTTCGGGTTCAAATCTTGAACTAACGGGTTAAATCGGATCGGTTTGGTTTTAAGATCCCTATTTCTAGGATATATTCAGTTCAAAAGTTAGTTGATTTCTGTTTCTCAAGTCTGTTCACTTTTTGATAGCCTTACTGAAACATCCTTAATTTGAGCCCCTTTATGCTTTGTCGGACAAATATGTTGGAGACTTCTCAGAAGAAGAAATTGAAACTTTTATTCTTATTTACCTTGGCAAGTGATTTTGAAAAGAAGACTTGTGACACCATTATTTTTCACCATCCCGTATGTAATTCCAGCAAGTTAGAAATCTTTCTCAAACACAATAGTGCTTTTACAAAGTTGTATAGTAATTTACATGCCACTTCTTAAAAAATTTCAGCTCTTAAACGGAACTCTCAAAAGATGTACTCTAGTGTGATAAAAAAAAATTGGGAAATACAGTTCATTACAATGTGCTTCACTTCTAACCCATTGATCAAGACCTATCCAATATACTCCATGAGCTGTTGTGTGCTGATATCTACACCAGAAAGCCAACAACCAAATCCAGGATGCGTGCGAGTTGTACCATCCCACAGGCCACAGCCATCCCAGCCGCTACATGACAGATTGACAGCAACCATAAAAGTAGCAACACAGAAAGAATGATTGAATACAGTAGCAAACAACCCAGATTGAAAAAAACTACTTATTCCAAACATGTATAACGAATGTTGTCCTGGCATGAACTACAAGTAACCCCCTCCCCCCTTCCAATAACAGGTCGTACATTTGTTAATCCCATAGGTAGGATCCAAGGAGAGCGTGTGCATGATTAGTGTTGGAAGTTCTTGTTGGGAAACACAAAAGAAAGGAGTGTAAAATAAGAGGAATATTTTTGTCCCACATTGAAAGAACTCTTCATATTCTCCTTGTTTCTTGTTTGAGAAAGTGTGAGAGTAGTATGGGTGGACACATAACACGTGCGTCGGCTGGACCGGGCTCGGGCCACGACCCTTGGTACTTGGGAATGCAGTTCGCATGCGTGGAGGTGGGTTTTGTGGGCTTTACCTATTCTTTTTGGTACTGGGCATAAGTCCTTGTTACGGGAATATGTATTGATTAAGTAACCGTTGGATTATATAGAGAAAGGCTCCGTAAGAAAACTTCTTACGGTAAGAACACTCTCTACACCGTTCGATCAAATCTAATCTAACCGCCCAAATTTGATATGAGAGTAATGGCATTTTCGTAATTTCAGCTGCACACTACCCCTTCTTCCTCATCAGCATTCTCTCTCTCTAAACTCTTCCTGCTCCCCCTAAACACTCCTCACAACTTTCTCTCTCTTATCTCTTCAATTGCGGGTGAATTTTACCCCACATTCTCGCAAGTTTGAGCAAATTCGTCAAATTCTTCATCAAATTTATGATCTATTACACAATATCACCCTTCATCTTCATCAACTTTCCTCAAATTTCTTCAATTTCATCGGATTGTAATTCAAATTTGACGAACAATTTCGTCAAAATTAGCGATTTTCGTACGTTTAGGTTAATTCAGAGGTATGATTGTTCAATTTCCTAATTTTCGATTTATTTCCTCTCTTATTACCGACGCAACATCGTAGCAACAATCTTCATCAAATTGTGTGCAGGTGTTGGTGGAGGCGCAGTTGCCCGTGTCAGCTGCTACTGGTGGTGGTGCAGGTGTTGCTGCCGCCGGGGCTCCAAAGTAGGAGAATAAGGTTGAAGAGAAAGAAGAATCGGACGACGTAAGAACAACTCTATCATCCTCTATCTTGTGTTTGTGTTCTAAACTAGTGATGCATATGTTCTAAATTAGTGTTTTTATGTTCTAAATTATTGTGTGTTCAAAATTGTTTGGTCGAAGCTGGAAATTTGAAACTCATCTTTTCTTAGTAGTACAATTTAGGAATAATAACACTCAACTGGTGTCATTGAATTGTGATGGTGACAAACCTTATGAATACGTCATATTCTGAATAATTTTCCTTATTAGGAGTTTTCTTGCTTAACAAATTTCTTGTTATATTGTAATCTGGTGAATTTTCCATGAATTAATGTCGGTGTTATGTTCTGAATCATCATTGCTTATGTTCTAAACCAGTCATGTATATGTTCTAAATTAGTGTTTTTGAAATAGTTCCTGATTCAATATAAGTTTCTGAAAATTAGGAAGAAATTTGTGTTGAAAGAGACCTCGTGATCCAATTAAATTCATGTCAAGTGTATCATGTCCTATCTAAATCACCCTTGCTTATGCTCTAAATCATCCTTGGTTATGTTCTAAATTGGGAATGTCGCGAAAACCATTTGTTAGATATGTTAAGGTCCAGCCTGAAACCAATATTTGGCTATTCTCGGTGGACGATTTGGCTACATTTAATTATTCTCTGATACTGAAATGTGTGGGAAACCTTCAGGTCTGTATTTTCTTGCATCTTTGTGGTTTCCTGCGGTCTTAAATTTTATTTTTCGTGTTGGATTGTAACATGCATGTATTCTTTGTGTATTGATTTCCTTGGAATCAACACTTATTTCTCTTTCTTGTCGTCATTGGTACTCTTGTAGTTGCTAAGAACATGATCTGTATAGATTGGTGTTGGTTGATACTGTATTACATCTGAAGTCCTCTGTTGTTGTGAGTGTGTCTCCTATTGGATGGTCTCGTCTATCTATAGGTTGTGTGAAAATGAATTTGGATGCGCATGTAGGGGTTGGTGGTAGCGTGGGTCTGGCTGTGGTGTGCAGGGATGATGAGGGGCGTGTGTTTGTTGCAGAGGATAGGATTAGGAGTCTGCTACTGTTGTTTTGGTGTTCATCTAGCAAGTTACTTGGGATTCATGGATATTATTGCGGAGTGCGATGTTACAAACGTAGTGCATGCTATCAACTTCTCCCCATTAATGTTATTTTATAAGGATATAGCTAGGATGAGACTTGAGTTTACTTCCTTTTCTTGTTGTCATGTACGAAGGGGGGGAGTATGTATGATTTCAAGTTAACCTCGAAGCCGAGGTTCAAGTTTGGAAATTAATGGATAGACTCATAATCAGCTGGTCCATGCCATAGGCTGGTTCTGGTCATAGTTGATCTTAAAGTTTTGGAGTCTAGATCTAATCTTGCTTATGTTCTAAGGTGTTATTGTCTATGTTCTAATTAGTGTTGCATATGTTCTAAAGGTTTATACGAATATTAAGTGGTTATGTTCTGAACTTTATGTCAAGTGTATTAAGTGGTGCACTAATTCAACTACTACCAGATTGGTTTGGTTGCAAGAAATGAGAGGAGGAAGTATGACTTCCTAGGAATTGGACATGAGTGATAAGGTCGTATGTTCTAATTATTGTTTCATATGTTCTAATTATTGTTTCATATGTTCTGAAATACAATTTCATATGTTCTAAATTGCAATTGCATATATTCTGACCACATTGTAGTTTCTTCAACTCTTTTATGGGCTATGCAGGAAGTTACTCGTGTTTAATGATCGGGATGCTCAATGCATATTATCTGTTCCTCTCAGCATCAGGTCGACGATTATCGACGTGACATACATGTTTTCGGTTTTGTTATTCTAAGACAATACATACGAGTCCGTAACTAGCAGACACCAGTATTGCTTCTCAACATCAGGTATTCAGGCCCTAGCTATGAAGTTCATTCCATAGAATTCTGAACTCCTGAATCAATTTTCAGTGCACTTATTTCTGCTATGATAGTCGAATCCCTGATGACTACTAATTATTGTGCTGCTTACTTCTGATCCTGATTTTTATTTCAGGTCATCCCTGGATAATGGCAGACGACTTGGCTCCTGATAAGCTTCTTGATCACTCAGTCATATCACGGTTGACACAGTTCTGTTTATCTACGGGTAAGTATTTCCCAACTTGCCAAGAACAGGGAGGAAGAAGGGAAAAACGGAACCATTACTGTTTATCTAGATTGATTTCTTAATTGTATTTTTAAATACAGGTTATTTCTGATAGGCTTTCAGATGAAGAAATTGCAGAGGTCGAGGAGATTTTTAAGATAATAGACAGATAACAGTAGGTAGATTGCTCAAATGTTAGAGCAATGTGCCATTGCACATGGATGTCCTACGTTCCAATATTCTTTCTATTTTGTTTATAGCCATGAATTTTGGTCCATCATGTGAAGAAATATGTTGGACACAGATTTTATTATGTCAGTCGGAGCAACTCTATTATGGTATATTTGTGTGAGCTCGTAACCATTCATCCGTACATTATAATTTGGAGCTGATTATGGTTTTATTAGGTGTTCTTAAACCTATTAGCTCAAGTGGTAGAGCACTATGCAAATGCATAGAGTATGTAGGTTTGATTCCTACATAGGTTGTCTTTAAAAGATAATAAATAAATAAAACTCAAAAGTAAATTAAAA

mRNA sequence

CCCAAAAACTAGTTTAGTTCCTAAAAGCTGAGAGTCTTTCATAATGCATGAGCTTATATGATAGCAATGTTGAATGGAGATGAATGGTTTGTCAAGCCTAACCTTATTCATTGAAGAATTAACACCCAAGTCAATAAAAGATGTTGCAATTAATCAGTGTGTGAGTGAAAAAGAAGGTATTCGGGGTTAACACTTAACACAGGTCGAGGTAAATCGGATACCGATTTTTATCGATTCAAGTCGATTAGGGTTCTTATCGGGTATAATCGGTTTTGGGATTGCTATCAGATCGGATGGGGTTTTGGTTCGGTTAAATGTTATCAGAAGCAAATCGGGTTGAGGATCTCCTCGGGTTGCCAGCGGTTCGGGTTCAAATCTTGAACTAACGGGTTAAATCGGATCGGTTTGGTTTTAAGATCCCTATTTCTAGGATATATTCAGTTCAAAAGTTAGTTGATTTCTGTTTCTCAAGTCTGTTCACTTTTTGATAGCCTTACTGAAACATCCTTAATTTGAGCCCCTTTATGCTTTGTCGGACAAATATGTTGGAGACTTCTCAGAAGAAGAAATTGAAACTTTTATTCTTATTTACCTTGGCAAGTGATTTTGAAAAGAAGACTTGTGACACCATTATTTTTCACCATCCCGTATGTAATTCCAGCAAGTTAGAAATCTTTCTCAAACACAATAGTGCTTTTACAAAGTTGTATAGTAATTTACATGCCACTTCTTAAAAAATTTCAGCTCTTAAACGGAACTCTCAAAAGATGTACTCTAGTGTGATAAAAAAAAATTGGGAAATACAGTTCATTACAATGTGCTTCACTTCTAACCCATTGATCAAGACCTATCCAATATACTCCATGAGCTGTTGTGTGCTGATATCTACACCAGAAAGCCAACAACCAAATCCAGGATGCGTGCGAGTTGTACCATCCCACAGGCCACAGCCATCCCAGCCGCTACATGACAGATTGACAGCAACCATAAAAGTAGCAACACAGAAAGAATGATTGAATACAGTAGCAAACAACCCAGATTGAAAAAAACTACTTATTCCAAACATGTATAACGAATGTTGTCCTGGCATGAACTACAAGTAACCCCCTCCCCCCTTCCAATAACAGGTCGTACATTTGTTAATCCCATAGGTAGGATCCAAGGAGAGCGTGTGCATGATTAGTGTTGGAAGTTCTTGTTGGGAAACACAAAAGAAAGGAGTGTAAAATAAGAGGAATATTTTTGTCCCACATTGAAAGAACTCTTCATATTCTCCTTGTTTCTTGTTTGAGAAAGTGTGAGAGTAGTATGGGTGGACACATAACACGTGCGTCGGCTGGACCGGGCTCGGGCCACGACCCTTGGTACTTGGGAATGCAGTTCGCATGCGTGGAGGTGGGTTTTGTGGGCTTTACCTATTCTTTTTGGTACTGGGCATAAGTCCTTGTTACGGGAATATGTATTGATTAAGTAACCGTTGGATTATATAGAGAAAGGCTCCGTAAGAAAACTTCTTACGGTAAGAACACTCTCTACACCGTTCGATCAAATCTAATCTAACCGCCCAAATTTGATATGAGAGTAATGGCATTTTCGTAATTTCAGCTGCACACTACCCCTTCTTCCTCATCAGCATTCTCTCTCTCTAAACTCTTCCTGCTCCCCCTAAACACTCCTCACAACTTTCTCTCTCTTATCTCTTCAATTGCGGGTGAATTTTACCCCACATTCTCGCAAGTTTGAGCAAATTCGTCAAATTCTTCATCAAATTTATGATCTATTACACAATATCACCCTTCATCTTCATCAACTTTCCTCAAATTTCTTCAATTTCATCGGATTGTAATTCAAATTTGACGAACAATTTCGTCAAAATTAGCGATTTTCGTACGTTTAGGTTAATTCAGAGGTGTTGGTGGAGGCGCAGTTGCCCGTGTCAGCTGCTACTGGTGGTGGTGCAGGTGTTGCTGCCGCCGGGGCTCCAAAGTAGGAGAATAAGGTTGAAGAGAAAGAAGAATCGGACGACGAAGTTACTCGTGTTTAATGATCGGGATGCTCAATGCATATTATCTGTTCCTCTCAGCATCAGGTCGACGATTATCGACGTGACATACATACACCAGTATTGCTTCTCAACATCAGGTCATCCCTGGATAATGGCAGACGACTTGGCTCCTGATAAGCTTCTTGATCACTCAGTCATATCACGGTTGACACAGTTCTGTTTATCTACGGGCTTTCAGATGAAGAAATTGCAGAGGTCGAGGAGATTTTTAAGATAATAGACAGATAACAGTAGGTAGATTGCTCAAATGTTAGAGCAATGTGCCATTGCACATGGATGTCCTACGTTCCAATATTCTTTCTATTTTGTTTATAGCCATGAATTTTGGTCCATCATGTGAAGAAATATGTTGGACACAGATTTTATTATGTCAGTCGGAGCAACTCTATTATGGTATATTTGTGTGAGCTCGTAACCATTCATCCGTACATTATAATTTGGAGCTGATTATGGTTTTATTAGGTGTTCTTAAACCTATTAGCTCAAGTGGTAGAGCACTATGCAAATGCATAGAGTATGTAGGTTTGATTCCTACATAGGTTGTCTTTAAAAGATAATAAATAAATAAAACTCAAAAGTAAATTAAAA

Coding sequence (CDS)

ATGATCTATTACACAATATCACCCTTCATCTTCATCAACTTTCCTCAAATTTCTTCAATTTCATCGGATTGTAATTCAAATTTGACGAACAATTTCGTCAAAATTAGCGATTTTCGTACGTTTAGGTTAATTCAGAGGTGTTGGTGGAGGCGCAGTTGCCCGTGTCAGCTGCTACTGGTGGTGGTGCAGGTGTTGCTGCCGCCGGGGCTCCAAAGTAGGAGAATAAGGTTGAAGAGAAAGAAGAATCGGACGACGAAGTTACTCGTGTTTAATGATCGGGATGCTCAATGCATATTATCTGTTCCTCTCAGCATCAGGTCGACGATTATCGACGTGACATACATACACCAGTATTGCTTCTCAACATCAGGTCATCCCTGGATAATGGCAGACGACTTGGCTCCTGATAAGCTTCTTGATCACTCAGTCATATCACGGTTGACACAGTTCTGTTTATCTACGGGCTTTCAGATGAAGAAATTGCAGAGGTCGAGGAGATTTTTAAGATAA

Protein sequence

MIYYTISPFIFINFPQISSISSDCNSNLTNNFVKISDFRTFRLIQRCWWRRSCPCQLLLVVVQVLLPPGLQSRRIRLKRKKNRTTKLLVFNDRDAQCILSVPLSIRSTIIDVTYIHQYCFSTSGHPWIMADDLAPDKLLDHSVISRLTQFCLSTGFQMKKLQRSRRFLR
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Spo06252.1Spo06252.1mRNA


Homology
[Close]
BLAST of Spo06252.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902036320|gb|KNA02640.1| (hypothetical protein SOVF_216730 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 84.0 bits (206), Expect = 2.800e-13
Identity = 41/41 (100.00%), Postives = 41/41 (100.00%), Query Frame = 1 

		  

Query: 129 MADDLAPDKLLDHSVISRLTQFCLSTGFQMKKLQRSRRFLR 170
           MADDLAPDKLLDHSVISRLTQFCLSTGFQMKKLQRSRRFLR
Sbjct: 1   MADDLAPDKLLDHSVISRLTQFCLSTGFQMKKLQRSRRFLR 41
[Close]
BLAST of Spo06252.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9Q6K4_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_216730 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 84.0 bits (206), Expect = 2.000e-13
Identity = 41/41 (100.00%), Postives = 41/41 (100.00%), Query Frame = 1 

		  

Query: 129 MADDLAPDKLLDHSVISRLTQFCLSTGFQMKKLQRSRRFLR 170
           MADDLAPDKLLDHSVISRLTQFCLSTGFQMKKLQRSRRFLR
Sbjct: 1   MADDLAPDKLLDHSVISRLTQFCLSTGFQMKKLQRSRRFLR 41
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo06252.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|902036320|gb|KNA02640.1|2.8e-13100.hypothetical protein SOVF_2167... [more]
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BLAST of Spo06252.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0K9Q6K4_SPIOL2.0e-13100.Uncharacterized protein OS=Spi... [more]
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BLAST of Spo06252.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo06252.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0005975 carbohydrate metabolic process
molecular_function GO:0005515 protein binding
RNA-Seq Expression