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Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TCAGTAGTGCAGGAAGAAAAAGTCGGCCTTACCGAGCAATTCCGAAACTTACAAATAGTAGATGTTTTTTTCCAAACTAACCAACATTCTACAATTTCTTTCCCCTCTTTCTAGAACACCAATACCACCTTAATTTTTCTTCACTTTCTAGGGTTACTCTTCTGATTGCAGATCATCAATTTCACTTGATTCCCCACCCCAAAATTTGGGGATTTCAGCTGATTAATTACAACCAGTGCTGAAATTATTTAATGATGTTTTAATATTTATTAATTTAGAGCTAAATTAGTTCTTTCATAATGGATTCGAATAATTGGCGACCTGCTCAAAATGAGGCGCCACCTATGGACGGTGGCGATTGGCGGAGTCAACTTCTGCCGGAGTCCCGCCAACGAATCGTCAATAAGATGTGAGTTGTTTTTGTTTTAAAGCTTTGATTTTTAATACTTGTTTGATGAAATTATGCAATTTTGTTTTCCCCCCCGGTGAATTCGGTGTGTTTGAGAATTGGGGTTTAAATTCAGAAATATTGATGTAACTGTGTTTGGTTATTGAATGAGATAGATGTTAGAAGTTGTGAATTTGGTACTTTTATCATTGTTTTGATGAGTGATTGGCAGCTTTTAATGGTATTAATTCGGCGAATTCATATTTTCTAATATTGTACTAGAAACGTTTATGTATCAATGATCCATCAAACCCTTTGGGTGGAAGTGGAGTCTTAGGGAGTGTTTGGTATGAAAGTTGGAAAGGAAGTGGAATGTAAACAAATAAGAAGGGGGAAAGGTAATGTTAACCATTTCTATTATTGGTTATTTGGTATATCATAGGAAAGGAATCACTTGTATAAGATTGTTTCACTTAATATTTATATGTATAAATGAAAAAATCATAATGAATCGAAACTAGTACAAATTAACAACAAATAAAACATTGAAGAACAGCCATACTCCTCCCCTGTTTAATTGTTTATAGCATGTAAATAAATATGTACTTTGTATTATATTTATGTAAATAGTTAGTATTAGGACAGCTCATCTTTTGTTGTACGTATATGGGTTTTATCACCTTTTGCTGAGTAATCCAATTAGTTGAGTTTTATAGCACTGTATAAGAAGAGCTTCATCTTCTCCAGATTTTCCCGCCCACCCACCCACCCACCGTCCACCATTGACCCACCACCTTCACCATCGCAACAACCGCCAATAAACTCCGCCTCATGTGCAGCTATGGAGGTCACATGGTCCCTCGCCCGCACGATAAGTCTAGTTTCAATTGGGAGTAAGTTGAGAGGAGAGAGGGGTGAGAGAAGAACAAAGGAGAAGGAGAAAGCAAGGAGGTGGTGTGCATTGTGCATTTGAGGGGAAATGGTAATTGTTACCGTAGCCCTTGGAGCAGTAACGAAGTAGGTGAATCAATTACCCTTGAGTAACGGTAACGGTTACCGTATACTCCATACCAAACGGCTTATAACGTAAACGGTTATCTGATTCCGTTTCCAACTCTAAAAATTTAGATACCAAACATCCCCTTAGTTCCTGTAAATTGGGTAATATGGAGGGTCAAAGAGTTGTTTAATTTGGCCTTTTGCTCTTTTCATGCTATGTGATTTCATTTTTAATGCTGACACAAAGACTATCGGTGTAAACTAAAGCCGTGAAAAACTGACCCGATCTGAAACGACCCAAACCCGTAACCGACCGGGACCCGAAATGTTGTTTAAATAGGAAACCCGTAACCCCACCGTATCCGACTCGACTAAAACTATAATCGATTTTAACCCAATGTTGTATGACCTGACCTCGACACCCGATCGGAAGATGACCGATAACAGTTCTCACCCGAGTGGACAATTATCCGAACATGATTCTACACCCGACCCAACAATGATATGAACCCGATTATAACCCGACACAACTTGTTAGGGACCCGACCTATGACGACCTGTTATCTGTGTTGTCCGATTTAACCCGACCTGTTGATAACTCGACTTGTCATTGGCCACGCTAAATAGTAACTCCAAACTTCAATTCAACCTGATCCTTCTTACACTTCTTACACTGACCAGATCGAATAATATTTTTTTGTCCTAGTTTTATAACTTTATCCATAGTGATTCTGCCTTCCTATTCACAAGGCTTGTGTCTGTACAAACTTTTTGCTATTTTGTTTTGGTCTGTTATCTATCAAGAAGAAAATTTCAATTTTTCTTAGTAATTTTTCTCTAGAGAAACTTCTTTGATCATCCAATCTGGTGACCGTCTCACTGATGGCAGTGTTTCAATGGCGGACCTAGCTAAGAAACGGGGGTTGGGTGGGGGGAACGTGTCACACCCGGAAAAAAAAACTGAAACTCAAATTCAATAGCAAACGTTAATAAAGACATATAATAATTGGGCAGAAGCACATAACATAACATGTCGTAGCGGTTATCAGAGTGTTGCAGAACCTACATCAGGTTCGGATACCATTCTAACAAATTGGGTTTTTTTTCCCTTCCTTTTTTCTAATTAGTCATTTTTAGCTATCACTGTATCTTCTGTTGTTAATATTTTGTATAAGTCGAAACAATTTTTTTGCCTTTTTCCACCTTCATGTACTGCGTAGTTCTTACTACATATTTAATTGGACTGCTCTTCTAAATATAAAAACATTTAGTAATAAAATAATTTTCTTAGACTATTACTCTATCATAAACCATAATAGTAGTCATCTTCGGTTTTGTACATTCTTTTTAGACTTTTAGTGATACATTTATAAAAAAAGATTCTCAAGTAATTTGAACTTTGTGGTGTATGCAACTATGCAATCAACTATACGATTTTTCCATCATGAAAAGTCCCTACAAGTTACCCACTTTTAGTACACGAATTTATAACAAAGTCTTTTTATACACTAGTTATACTAGTCGTATTACTTTTGTGTCACCCTTGACTTGCAATCCTGGTTCTGCCACTAAAAGGTCAATTGGCTTTCTGTTCATTCCTCCGTCTTGGAATTGTGATGTTCCTCTTCAGGGAACTTCTTTAGATCATATCTTGGATTATTCTCTATTCCTTGTATTGTTGAAAATTTGTTGATACTATTACATTTTCTCCCAACCCCGTTGAGCTTTTAAAAGCATTAGTTTTCCTTTTCCAAAGAAAGTGCTTACACTATACAACAGAATGGGGACAACAGCTAAAAGAAATTGAGGAGGCAACATTTGGTTTATATTTTTTACTTGCCCAGTTCTTTATCTAGTGCAACATTTGGAGTTTTCTTCTTTTCTTATATATGTACAACTTTTACCATTTATATCTTTAAATATGGAGTATATTTGAGTTAAAATTATAAATCATTGATATTTTAAAAGCATATATGAGACGAATCTTATAAGATCCCAAATGATTATATTGTTCCTTACGTAAAAGTCACAATAAATGATCAAAGGGTAGTGTGTGAACAGTGTAAAAACACAAATGCTGCAATAAAAAAAGAACAGGGGAAGTATTCCGCTAGGTTTAATTACTTTTTGTGCTTGAAGCTTCACAGGAAGCGGAGTCGTTGTGTGATGGTTGTTGTTGTATTTTTATTCTTCTTAAGCCTAGTCAATGCTGCAGTTTTGCACATTGATGATATTTCCAGTTGCATACTATTTAAACTAGAGGTCTTGCCTCTTATGGCCCAAAACGTTCATGAAGAAATTATCTTTATTGTTAGCATGAGGTCTGGAACCAAAGCTTATGTGTGCTAACGCAGGAACACAACAATAACAATAATGCTTATTTAAAGTGACTTTTTATCAGTTTCTTCATGGGCAAAGCTTGCTGGTGCTTCCCAAATTACTCTGTAGGGAAGATATAGAGGACTTGGTTTAAGTTACTTTCTCTGGACACCTTGTCCTTCTTGTGTATTACCTTCACTGAAGACTTAATAAATTATGTTTTACATATAAAAAGCAATAATGCTTATTTTTTGTCATTTAACACCTTAAACAAATTAGTTTTTGTAATTAAACACCTTACTTATTTTTTTATTATATTTAAACACCTTAAAAATCTAAAAATTTATAAATCAACACCGCTTAACGATTTCCATAAGAAAAAAAGGTTGATTTTTAATCATGCTATAACTTCCAAAGCATAATTTGATGGTAGAAGGAGTTGTTTACCACCATATCATGCCTTGGGAACTTTAGCATAGTTAAAAACTAATGTTTTTTCTAACAAAAATTGTCAAGTGGTGTTGATTTCTAAATTTTTTTGTTTTTTAAGGTGTTTAAAAACAATAAAAAATAAGTAAGGTGTTAAATTACAAAAACTAGTTTTTTTAAGGTGTTAAATGACAAAAAATCCTATTTTTATTGTATGTATGAAACTTTTAGATGAGTGGTTAGTAAGAATCACGATCTAGTAACTAGCATTGGTCAGTGAAGAAATTTGGAAGAAACATGTATAGCTGCACAAAGAGAACACAATGTTAAATGGTTATCAAATATCATCAAGTCCTTAACTTTGTGAGGCTGCGCGGTAATGAGGATCTAACTTTTAGGAGTTAAGCATACTTTCAGGATTTAATGTTTCATTTTTTTTTTATTGTTAAGGACCTGTATTTATATTTTGCATCGTTAAGGACCTCAATTGAAACTTCCGTTATTTTAACCAAGAGTAAACCCAAGAGGGTAGTTAACAACATATAAAAGCAAAGTAAAACACATCTTTAGGACCTAAAGTTTCATTTTTATTAATTTTTTTTAATTGTTTGGACCTAAAGTTTATTTTGCATTATATGGGACCTAAATCCAAACTTCGTACTTTAACCAAGAGTAAACATAAAGGAGAGTTAATAACATATGGAATATAAAACAGAATTAACACAATACAAATTAATATATTGTTTGTTGGAATAAGGAAGACATTGTTCAGCTTTATATGTGCAGCTTCTTTCTTCAGTTTGACCTCATCCACCTATCTCCTATAGCTATATATATATATATAGATGATGATGATGAT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MDSNNWRPAQNEAPPMDGGDWRSQLLPESRQRIVNKIMETLKRHLPFSGQEGLQELKQIAIRFEEKIYSAATSQSDYLRKISLKMLTMESKSQNSLPNALPSNSSGMSRNPQDSVPSQNMQSQVQSQSQSVPHQMASQSQSRQQVLAQNMQNNIASAGMQTTASLPNSLPQVNSLAQNMPNASQNTNMQSISGISQNSMGSTMNPGVSSNMFTNAQRQMQGRQHTQQAGSHQQQQSQNSQQYMYQQQLQHQMLKQKLQGNIQQPVMQTPLQQQQPQSQAQQNLLQATQQPIMQTSSVMQPSMMSGLQPNQQSSIQQPSQSVLQQHQQSVLRQQQQPQSQPQSQPQPQPQPQQTSINQQQQTQLPQQSMMTSQGQQQQLMGQQPNSANVQQNQLVGQQSNISDMQQQQQQQQQQPQQQQRMSGQQNNLQNLPSQQQTSHQNMQQQHMMGQQSNLSNMHQQQLGHQSHAGGLSQQQLMGTQSGNANMQTNQHSVHMMQQQKGVVPQQNQNASLLPGGGQPAQSQSQSQQQLMSQLQSQPALQQQLGLQQQTNSLQHNMQPRMQNPSSLLQQQNMIDQQKQMFQSQRALPEAPSSSLDSTAQTGNTNAGDWQEEVYQKIKTMKDMYFADLNEMYQKITMKLQQHDTLPQQPKMDQLEKLRIFKNMLERLMQVLQITKNNIQPNHKEKLPSFEKQIVGLLNTNRPRRPVPSMQSGQILPPQMQSMQQAQQPHSQITQAQSHEVGVNPQLQSMNLQGSVTTMQQSNVPSLQHGSVPSISAITSSQQSMGGPLQTNPNLDSGQGSTPSSVQQVAMASLQQNPVGAPQQGNMNSLQSQNGVNMLQPNIQSSSNMLQNQHLKQQQEQQIMQNQQLNLKQQLQNRHMQQQMMQKQQLLQQQQHLHQQVKQQQASQISAHQMPQLHQNDVNEKMRQGLGLRSGVFPQHLSSAQRFAHQQLKPVASFPVSSPQLFQAVSPQINQHSPQIDQQNLQQSVSKGGTPLQSANSPYVPSPSTPLAPSPMPGDAEKPAVSSLSNVTNIGNQHSGVPAASQSLSIGTPGISPSPLFECAGLDVAHGNSSALNSGKSSLTEQPLDRLLKAMKSISPKALNASVCDIGSVVSMIDRIAGSAPGNGSRATVGEDLVAMTKCRLQARNFQTQDGSTGTKRMRRYTSAMPLNVAATVGSMNDNFKQFAGYETSELESTATSSVKKSRTEVNHTLLEEIREINERLIDTVIDVSDEDTDPFVAEGSEGTIVKCSFNAVSLSPKLKSHYTSAQMSPIQPLRLLVPVNYPNCSPILLDKLSVDVSNEYEDLSAKAKSRFSISLRSLSQPMSLKEIARTWDNCARAVICEYAQQQGGGTFSSKYGTWEKCLTAA Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo04114.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731318998|ref|XP_010670024.1| (PREDICTED: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15a [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1983.8 bits (5138), Expect = 0.000e+0 Identity = 1162/1393 (83.42%), Postives = 1240/1393 (89.02%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902190536|gb|KNA11645.1| (hypothetical protein SOVF_132680 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 1621.7 bits (4198), Expect = 0.000e+0 Identity = 947/949 (99.79%), Postives = 948/949 (99.89%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. NCBI nr
Match: gi|255579228|ref|XP_002530460.1| (PREDICTED: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15a [Ricinus communis]) HSP 1 Score: 1402.1 bits (3628), Expect = 0.000e+0 Identity = 911/1425 (63.93%), Postives = 1095/1425 (76.84%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. NCBI nr
Match: gi|568821583|ref|XP_006465237.1| (PREDICTED: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15a isoform X1 [Citrus sinensis]) HSP 1 Score: 1390.9 bits (3599), Expect = 0.000e+0 Identity = 907/1421 (63.83%), Postives = 1083/1421 (76.21%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731413874|ref|XP_010658921.1| (PREDICTED: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15a [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 1385.2 bits (3584), Expect = 0.000e+0 Identity = 898/1391 (64.56%), Postives = 1059/1391 (76.13%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CUG2_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_2g038450 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1983.8 bits (5138), Expect = 0.000e+0 Identity = 1162/1393 (83.42%), Postives = 1240/1393 (89.02%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QWM1_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_132680 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1621.7 bits (4198), Expect = 0.000e+0 Identity = 947/949 (99.79%), Postives = 948/949 (99.89%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: B9SWU1_RICCO (Transcription cofactor, putative OS=Ricinus communis GN=RCOM_0011080 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1402.1 bits (3628), Expect = 0.000e+0 Identity = 911/1425 (63.93%), Postives = 1095/1425 (76.84%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: V4SUA9_9ROSI (Uncharacterized protein OS=Citrus clementina GN=CICLE_v10024717mg PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1382.5 bits (3577), Expect = 0.000e+0 Identity = 904/1425 (63.44%), Postives = 1080/1425 (75.79%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: Q8H6Q7_PONTR (CTV.22 OS=Poncirus trifoliata GN=CTV.22 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1377.5 bits (3564), Expect = 0.000e+0 Identity = 897/1430 (62.73%), Postives = 1079/1430 (75.45%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: MD15A_ARATH (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15a OS=Arabidopsis thaliana GN=MED15A PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 1027.3 bits (2655), Expect = 1.500e-298 Identity = 760/1412 (53.82%), Postives = 971/1412 (68.77%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: MD15C_ARATH (Probable mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15c OS=Arabidopsis thaliana GN=MED15C PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 218.8 bits (556), Expect = 3.700e-55 Identity = 267/884 (30.20%), Postives = 436/884 (49.32%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: MD15B_ARATH (Probable mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15b OS=Arabidopsis thaliana GN=MED15B PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 119.4 bits (298), Expect = 3.100e-25 Identity = 104/257 (40.47%), Postives = 139/257 (54.09%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G15780.1 (unknown protein) HSP 1 Score: 1027.3 bits (2655), Expect = 8.500e-300 Identity = 760/1412 (53.82%), Postives = 971/1412 (68.77%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT2G10440.1 (unknown protein) HSP 1 Score: 218.8 bits (556), Expect = 2.100e-56 Identity = 267/884 (30.20%), Postives = 436/884 (49.32%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G15770.1 (unknown protein) HSP 1 Score: 119.4 bits (298), Expect = 1.700e-26 Identity = 104/257 (40.47%), Postives = 139/257 (54.09%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04114.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G15790.1 (unknown protein) HSP 1 Score: 89.4 bits (220), Expect = 1.900e-17 Identity = 58/135 (42.96%), Postives = 85/135 (62.96%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo04114.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo04114.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo04114.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 3
BLAST of Spo04114.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 4
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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